Geri Dön

Identification of epilepsy related pathways from methylome analysis

Epilepsi ile ilişkili yolakların metilom analizi ile saptanması

  1. Tez No: 392278
  2. Yazar: ECE EGEMEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 123

Özet

Epilepsi, dünya nüfusunun yaklaşık %1'ini etkileyen bir hastalıktır. Epilepsinin ardında bulunan sebepleri sadece genetik yapıda değişiklikler ve çevresel faktörler ile değil, aynı zamanda epigenetik mekanizmalarla açıklamak mümkündür. Önemli bir epigenetik değişikliği olan DNA metilasyonu, epilepsi ile ilgili biyolojik yolakları anlamak için önemli bir role sahip olma ihtimalini barındırmaktadır. CpG adaları, DNA metilasyonu ve gen ifadesi arasındaki ilişki oldukça karmaşık olsa da, üç kişilik ailelere ait CpG bölgelerinin metilasyon seviyelerinin farkı incelenerek epilepsi ile ilgili önemli biyolojik yolakların belirlenmesi bu tezin hedeflerinden birisi olmuştur. Illumina HumanMethylation450 Bead Chip adlı mikrodizi tabanlı analiz aracı yardımıyla 10 farklı 3 kişilik aileden (30 kişi) toplanan, CpG bölgelerinin içindeki metilasyon düzeyleri içeriğine sahip veri kümesi analiz edilmiştir. Her CpG bölgesine ait metilasyon seviyelerindeki fark göz önüne alınarak, önemli görülen genlerin listesi oluşturulmuştur. Veri kümesine çeşitli filtreler uygulanarak daha güvenilir sonuçlar elde edilmiştir. Epilepsi ile ilgili olabilecek bir takım önemli yolaklar tespit edilmiş, bunların içinde özellikle bağışıklık sistemi ile ilgili olanların tespit edilmesi önemli ve yeni bir bulgu olarak dikkat çekmiştir.

Özet (Çeviri)

Epilepsy is a disorder which affects approximately 1% of the world?s population. It is possible to explain the underlying mechanisms of epilepsy by not only alterations in genetic structure and environmental factors, but also epigenetic mechanisms. As a significant epigenetic modification, DNA methylation may play a crucial role for understanding biological pathways related to epilepsy. Even though the relationship between CpG islands, DNA methylation and gene expression is quite complex, in this thesis we aimed to determine significant biological pathways related to epilepsy, using the difference of methylation levels at CpG loci in family trios. Dataset was gathered from 10 family trios (30 individuals) and it includes methylation level information for each CpG locus determined by Illumina HumanMethylation450 Bead Chip which is a microarray based analysis tool. Considering the difference of methylation levels at each CpG locus, we prepared lists of genes that we marked as significant. Applying several filters to the dataset allowed us to gather more reliable information from the dataset. We identified a number of significant pathways that may be related to epilepsy, especially immune system related pathways stand out as a significant and novel finding.

Benzer Tezler

  1. Genetik absans epilepsili sıçanlarda beyin protein dağılımındaki yaşa bağlı değişiklikler

    Age-related changes of brain protein distribution in genetic absence epilepsy rats

    GÖNÜL BAMBAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    FizyolojiKocaeli Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURBAY ATEŞ

  2. Bioinformatics approaches to associate single nucleotide polymorphisms with human diseases according to their pathway related context

    Tek nükleotid polimorfizmlerini yolaklar üzerinden insan hastalıkları ile ilişkilendirmek için biyoinformatik yöntemler

    BURCU GÜNGÖR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN

  3. Biyomagnetik olaylar

    Başlık çevirisi yok

    M.TOGAN ÇANDIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. İNCİ AKKAY

  4. Identification of disease related significant SNPs

    Bir hastalığa ilişkin önemli tekli nükleotid polimorfizmlerin belirlenmesi

    CEYDA SOL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN

    YRD. DOÇ. DR. NİLAY NOYAN

  5. Çocukluk çağı arterial iskemik inmeleri ve sinövenöz trombozlarında ilişkili faktörler, etiyolojinin belirlenmesi ve nörolojik sonuçlar

    Identification of underlying risk factors, etiology and neurological outcomes in childhood arterial ischemic stroke and cerebral sinovenous thrombosis

    HATİCE BEKTAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    NörolojiHacettepe Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DİLEK YALNIZOĞLU

    DOÇ. DR. ŞULE ÜNAL CANGÜL