Identification of epilepsy related pathways from methylome analysis
Epilepsi ile ilişkili yolakların metilom analizi ile saptanması
- Tez No: 392278
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 123
Özet
Epilepsi, dünya nüfusunun yaklaşık %1'ini etkileyen bir hastalıktır. Epilepsinin ardında bulunan sebepleri sadece genetik yapıda değişiklikler ve çevresel faktörler ile değil, aynı zamanda epigenetik mekanizmalarla açıklamak mümkündür. Önemli bir epigenetik değişikliği olan DNA metilasyonu, epilepsi ile ilgili biyolojik yolakları anlamak için önemli bir role sahip olma ihtimalini barındırmaktadır. CpG adaları, DNA metilasyonu ve gen ifadesi arasındaki ilişki oldukça karmaşık olsa da, üç kişilik ailelere ait CpG bölgelerinin metilasyon seviyelerinin farkı incelenerek epilepsi ile ilgili önemli biyolojik yolakların belirlenmesi bu tezin hedeflerinden birisi olmuştur. Illumina HumanMethylation450 Bead Chip adlı mikrodizi tabanlı analiz aracı yardımıyla 10 farklı 3 kişilik aileden (30 kişi) toplanan, CpG bölgelerinin içindeki metilasyon düzeyleri içeriğine sahip veri kümesi analiz edilmiştir. Her CpG bölgesine ait metilasyon seviyelerindeki fark göz önüne alınarak, önemli görülen genlerin listesi oluşturulmuştur. Veri kümesine çeşitli filtreler uygulanarak daha güvenilir sonuçlar elde edilmiştir. Epilepsi ile ilgili olabilecek bir takım önemli yolaklar tespit edilmiş, bunların içinde özellikle bağışıklık sistemi ile ilgili olanların tespit edilmesi önemli ve yeni bir bulgu olarak dikkat çekmiştir.
Özet (Çeviri)
Epilepsy is a disorder which affects approximately 1% of the world?s population. It is possible to explain the underlying mechanisms of epilepsy by not only alterations in genetic structure and environmental factors, but also epigenetic mechanisms. As a significant epigenetic modification, DNA methylation may play a crucial role for understanding biological pathways related to epilepsy. Even though the relationship between CpG islands, DNA methylation and gene expression is quite complex, in this thesis we aimed to determine significant biological pathways related to epilepsy, using the difference of methylation levels at CpG loci in family trios. Dataset was gathered from 10 family trios (30 individuals) and it includes methylation level information for each CpG locus determined by Illumina HumanMethylation450 Bead Chip which is a microarray based analysis tool. Considering the difference of methylation levels at each CpG locus, we prepared lists of genes that we marked as significant. Applying several filters to the dataset allowed us to gather more reliable information from the dataset. We identified a number of significant pathways that may be related to epilepsy, especially immune system related pathways stand out as a significant and novel finding.
Benzer Tezler
- Genetik absans epilepsili sıçanlarda beyin protein dağılımındaki yaşa bağlı değişiklikler
Age-related changes of brain protein distribution in genetic absence epilepsy rats
GÖNÜL BAMBAL
- Bioinformatics approaches to associate single nucleotide polymorphisms with human diseases according to their pathway related context
Tek nükleotid polimorfizmlerini yolaklar üzerinden insan hastalıkları ile ilişkilendirmek için biyoinformatik yöntemler
BURCU GÜNGÖR
Doktora
İngilizce
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Biyomagnetik olaylar
Başlık çevirisi yok
M.TOGAN ÇANDIR
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. İNCİ AKKAY
- Identification of disease related significant SNPs
Bir hastalığa ilişkin önemli tekli nükleotid polimorfizmlerin belirlenmesi
CEYDA SOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
YRD. DOÇ. DR. NİLAY NOYAN
- Çocukluk çağı arterial iskemik inmeleri ve sinövenöz trombozlarında ilişkili faktörler, etiyolojinin belirlenmesi ve nörolojik sonuçlar
Identification of underlying risk factors, etiology and neurological outcomes in childhood arterial ischemic stroke and cerebral sinovenous thrombosis
HATİCE BEKTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
NörolojiHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK YALNIZOĞLU
DOÇ. DR. ŞULE ÜNAL CANGÜL