Geri Dön

Development of a fast simple profiling methodfor sample screening using HRM of Y-STRs

Y-STR'lerin yüksek çözünürlük erime (HRM) tekniği kullanılarak örnek tarama için hızlı ve basit profilleme yöntemi geliştirilmesi

  1. Tez No: 392420
  2. Yazar: HATİCE NUR AYDIN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA FATİH ABASIYANIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Adli Tıp, Biyoteknoloji, Genetik, Forensic Medicine, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Fatih Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 63

Özet

İnsan DNA'sının çok az bir kısmı (%0.03) bireyler arası farklılık göstermektedir. Bu değişken kısımların genom içindeki spesifik alanlardaki konumları ve özellikleri belirlenebilir ve bu belirteçler insan identifikasyonu için kullanılabilirler. Bu polymorfizmler iki grupta sınıflandırılırlar; sekans ve uzunluk polymorphizmleri. Bu tezde kullanılan STR belirteçleri uzunluğu belirli bir lokustaki nukleotid tekrarlarının sayısına göre değişen uzunluk polymorfizmleridir. STRlar adli tıp, popülasyon genetiği ve genetik soy bilim çalışmalarında sıklıkla kullanılmaktadır. STR haplotipleme ağırlıklı olarak yoğun iş gücü gerektiren ve zaman alıcı olan jel bazlı kapiler elektroforez yöntemleri ile gerçekleştirilir. Bu çalışmada, Y-STR erkek haplotiplerini ayırt etmek için bir tarama aracı olarak, HRM yöntemi geliştirdi. 12 akraba olmayan erkek birey, yaygın biçimde kullanılan Y-kromozomuna özgü 9 STR lokusunun (DYS19, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS448) varyasyonu açısından taranmıştır. Bu 9-Y-STR lokusu EVA yeşil boya varlığında spesifik primerler ile amplifiye edilmiş ve daha sonra HRM analizi, gerçek zamanlı PZR cihazı, Bio-Rad CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System gerçekleştirilmiş ve yöntemin tekrarlanabilirliği için QIAGEN Rotor-Gene™ 6000 cihazı ile tekrarlanmıştır. Dört lokusun: DYS393, DYS390, DYS439 ve DYS448, farklı haplotipleri HRM analizi ile ayırt edilmiştir. Bu lokusların cinsiyet tayin edici lokuslar olarak HRM taraması için önceden çalışılmış olan STRlar listesine eklenebileceği gösterilmiştir

Özet (Çeviri)

Very small amount of human DNA (approximately 0.03%) differs between individuals. These variable markers are being located and characterized at the specific sites in the genome and used for human identification. The polymorphisms are classified in two groups; sequence and length polymorphisms. STR markers we use in this thesis are length polymorphisms which vary based on the number of nucleotide repetitions within a particular locus. STRs have been frequently used in forensics, population genetics, and genetic genealogy. STR haplotyping is mainly done by gel based and capillary electrophoresis methods which are labor intensive and time consuming. In this study we developed HRM method as a screening tool to discriminate Y-STR male haplotypes.12 unrelated male individuals were screened for variation at 9 commonly used Y-chromosome specific STR loci (DYS19, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS448). The 9 Y-STR loci were amplified with their specific primers in the presence of EVA Green dye, and then the HRM analysis was performed in a real-time PCR device Bio-Rad CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System and for reproducibility repeated with a second instrument QIAGEN Rotor-Gene™ 6000. Different haplotypes of the four loci DYS393, DYS390, DYS439, and DYS 448 were distinguished by HRM analysis. These loci can be added to the list of STRs that had been studied for HRM screening as sex determining loci.

Benzer Tezler

  1. Development of a bioanalytical method for rapid and efficient N-glycan analysis of therapeutic proteins by mass spectrometric methods

    Kütle spektrometrik yöntemlerle terapötik proteinlerin hızlı ve etkili N-glikan analizi için biyoanalitik bir yöntemin geliştirilmesi

    ZIDAN MASOUD EMHAMED RAGOUBI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaKarabük Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Assist. Prof. Dr. HACI MEHMET KAYILI

    PROF. DR. BEKİR SALİH

  2. Synthesis of yellow-emissive carbon dots and observation of their interaction with aflatoxin B1

    Sarı ışıma yapan karbon noktalarının sentezi ve aflatoksin B1 ile etkileşimlerinin gözlemlenmesi

    ÖZGE ERGÜDER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CANER ÜNLÜ

  3. Elektrik enerjisi dağıtım sistemlerinde profil katsayılarının belirlenmesi için zaman serilerine dayalı tüketim tahmin modellerinin geliştirilmesi

    Development of time series based consumption forecasting models for determining profile coefficients in electrical energy distribution systems

    GÜLSÜM YILDIRIZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiDüzce Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ ÖZTÜRK

  4. Random forest yöntemi kullanarak polimer elektrolit membran (PEM) yakıt hücrelerinin ömrünün belirlenmesi

    Determining life span in polymer electrolyte membrane (PEM) fuel cell using random forest method

    HAVVA NUR SAĞDIÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANZADE AÇMA

    PROF. DR. SERDAR YAMAN

    DOÇ. DR. HALİT EREN FİGEN

  5. Gıda örneklerine hedefli kapiler elektroforez-lazer indüklenmiş floresans tekniği ile yeni analiz yöntemleri geliştirilmesi

    Development of novel capillary electrophoresis - laser induced fluorescence techniques for the analysis of food samples

    FİLİZ TEZCAN TEKELİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA BEDİA BERKER