Cell Cycle Dependent Role of Chloride Intracellular Channel Protein 4 in mammalian cells
Memeli hücrelerinde Chloride Intracellular Channel Protein 4'ün hücre döngüsüne bağlı rolü
- Tez No: 397231
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Chloride intracellular channel (CLIC) proteinleri farklı hücre türlerinde hücre döngüsünün düzenlenmesi, hücre farklılaşması, hücre adhezyonu, hücre göçü ve programlanmış hücre ölümü gibi çok çeşitli biyolojik süreçlere dahil olmaktadır. CLICler hücre içerisinde yaygın olarak görülür ve membrana bağlı ve çözülebilir sitoplazmik proteinler olarak iki şekilde bulunur. Çözülebilir CLICler yapı olarak omega türündeki glutatyon-S-transferazlar (GST-omega) ile benzerlik gösterir. Ancak CLIClerin membran içerisinde kanal yapabilme mekanizması ve hücre içerisindeki etkin rolü genel olarak bilinmemektedir. Yakın dönemde yapılan nicel proteomik analiz, CLIC4'ün hücre yüzeyi üzerinde hücre döngüsüne bağlı olarak farklı miktarda yerleşim gösterdiğini belirlemiştir. Bu çalışmada amacım CLIC4'ün hücre döngüsüne bağlı olarak düzenlenmesini ve hücre döngüsüne bağlı rolünü araştırmaktı. İlk olarak yeşil floresan protein ile işaretlenmiş yaygın ve mutant CLIC4 proteinler oluşturuldu. CLIC4 üzerinde mutasyon yapılacak bölgeler, geçmiş dönemde yapılan çalışmalardaki gibi GST-omega yapısı üzerindeki eşdeğerlerine göre belirlendi. Transfeksiyon deneylerini HeLa S3 hücrelerinde yaptım. Hücre bölünmesi süresince CLIC4'ü görüntülemek için floresan mikroskop tekniklerini kullandım. RNAi deneyleri ile CLIC4 proteini azaltılmış hücreler oluşturdum. CLIC4'ün azaltıldığı hücrelerde hücre döngüsünün ilerlemesini canlı hücre görüntüleme mikroskobu ile analiz ettim. Ayrıca, hücrelerde seçici olmayan biyotin ligaz ile birleştirilmiş yaygın ve mutant CLIC4 proteinlerini ekspres ettim. Yakın biyotinleme deneyini gerçekleştirdim ve Orbitrap kütle spektrometrisi ile CLIC4'ün hücre döngüsü sürecindeki olası etkileşim partnerlerini belirledim. Sonuçlarım CLIC4'ün hücre döngüsüne bağlı olarak değişen yerleşiminin hücre döngüsünün düzgün bir şekilde ilerlemesi için gerekli olduğunu göstermiştir. Biyotinlemeye dayanan yakınlık deneyi CLIC4'ün olası etkileşim partnerleri arasında hücre bölünmesi ile ilgili proteinler belirlemiştir. Bu çalışma CLIC4'ün hücre içi etkileşimleri ve rolü hakkında yeni bilgiler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Chloride intracellular channel proteins (CLICs) are implicated in many diverse biological processes such as cell cycle regulation, cell differentiation, cell adhesion, cell migration and apoptosis in various cell types. CLICs are ubiquitously expressed in cells and they exist as both membrane bound and soluble cytoplasmic proteins. Soluble CLICs are structurally related to omega type glutathione-S-transferases (GST-omega). However, the ability of CLICs to form channels in the membrane and their precise cellular role remain largely unknown. Recently, a quantitative proteomic analyses identified CLIC4 protein as differentially localized on the cell surface in a cell cycle dependent manner. In this study, my aim was to investigate cell cycle dependent regulation and the role of CLIC4. First of all, green fluorescent protein tagged wild type and mutant constructs of CLIC4 were generated. Residues to be mutated of CLIC4 were determined based on their equivalence in GST-omega structure as shown in the recent studies. I performed transfection experiments in HeLa S3 cells. I used fluorescence microscopy techniques to image CLIC4 during cell division. By RNAi experiments I generated stable CLIC4 depleted cells. I analyzed the cell cycle progression of CLIC4 depleted cells using live cell imaging microscopy. In addition, I expressed a promiscuous biotin protein ligase fused wild type and mutant constructs of CLIC4 in cells. I performed proximity biotinylation assay and used an Orbitrap mass spectrometer to identify possible interaction partners of CLIC4 during cell cycle. My results showed that cell cycle dependent localization of CLIC4 is required for proper progression of the cell cycle. Biotinylation based proximity assay identified possible interaction partners of CLIC4 with a subset of cell division related proteins. This study provides new insights into the cellular interactions and roles of CLIC4.
Benzer Tezler
- Development of a novel approach for cell surface protein analysis
Hücre yüzeyi proteinlerinin analizi için yeni bir metod geliştirilmesi
MEHMET AKDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- 6063 aluminyum alaşımlarının korozyon direnci üzerine anodizasyon öncesi yüzey işlemlerinin ve AA anodizasyonla üretilmiş ince oksit filmlerinin etkisi
The Effect of pretreatment and thin layer sulfuric acid a C anodization of 6063 aluminum alloys on its corrosion resistance
FERİHA SERTÇELİK
- Molecular analysis of protocadherins in mammalian cells
Protocadherinlerin memeli hücrelerinde moleküler analizi
GÜRKAN MOLLAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Analysis of cell surface reorganization during cell division
Hücre bölünmesi sırasında hücre yüzey düzenlenmesinin analizi
NAZLI EZGİ ÖZKAN KÜÇÜK
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. NURHAN ÖZLÜ
- Molecular analysis of cortical malformation in mammalian cortex by using proteomics approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak memeli korteksindeki kortikal malformasyonun moleküler analizi
BERFU NUR YİĞİT
Doktora
İngilizce
2024
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
