Geri Dön

Molecular modeling of biomolecular associations and quantifying allosteric effects

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 402162
  2. Yazar: ÖZLEM ULUCAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. VOLKHARD HELMS
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Universität des Saarlandes
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 134

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Molecular dynamics simulation technique is a very popular approach to investigate the structure, dynamics and thermodynamics of biological molecules and their complexes. Using extensive standard molecular dynamics simulations and variants thereof, we probed in this work structural and energetic aspects of either specific or non--‐specific protein--‐protein complexes formed by hydrophilic proteins and of the interfacial water between the two proteins. For the specific complexes, the standard free energies of binding are in overall good agreement with the experimental values. In comparison to their specific counterparts, non specific encounters bear smaller interaction interfaces and are attracted by shorter ranged direct interactions between the proteins. In order to quantify the allosteric effect, we calculated the allosteric coupling energy between the ATP binding pocket and the PIF ‐pocket of phosphoinostide dependent kinase 1. For this system, we found that the main contribution to the allosteric coupling energy comes from electrostatic interactions. Utilizing molecular docking we modeled the interaction of the ER luminal binding immunoglobulin protein (BIP) with loop 7 of the Sec61 translocon. Additionally we used a cyclic peptide as a scaffold to design new competitive compounds that bind to Casein kinase II 𝛼 in a competitive manner to Casein kinase II 𝛽 using molecular docking.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    402654

    Dissecting biomolecular interactions by integrative modeling

    Başlık çevirisi yok

    EZGİ KARACA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyomühendislikUniversiteit Utrecht

    PROF. DR. ALEXANDRE M. J. J. BONVIN

  2. Tez No

    962782

    Molecular dynamics simulations of chk2 kinase domain mutants

    CHK2 kı̇naz domain mutantlarının moleküler dı̇namı̇k sı̇mülasyonları

    EBRU TUNCAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERT GÜR

  3. Tez No

    957884

    Discovery of new drug ıngredients with her2 protein suppressingeffect in breast cancer treatment with molecular modeling methods

    Moleküler modelleme yöntemleriyle meme kanseri tedavisinde her2 proteinini baskılayıcı etkiye sahip yeni ilaç içeriklerinin keşfi

    MERVE YAĞMUR UZAM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyomühendislikManisa Celal Bayar Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ KARATAŞ

  4. Tez No

    421382

    Nükleobazlar ve nükleositlerde tautomer kararlılığının moleküler modelleme yöntemleriyle belirlenmesi ve mutasyon etkisinin araştırılması

    Determination of tautomer stability of the nucleobases and nucleosides by molecular modeling methods and investigation of the mutation effect

    YUNUS ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    KimyaBalıkesir Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDAT KARABULUT

  5. Tez No

    449110

    Molecular modelling of GABA-AT reactivity: From small representative models to the full protein, from molecular mechanics to quantum chemistry, from static to dynamics

    GABA-AT reaktivitesinin moleküler modellemesi: Küçük temsili modellerden tüm proteine, moleküler mekanikten kuantum kimyasına, statikten dinamiğe

    HATİCE GÖKCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR

    PROF. DR. GERALD MONARD

Geri Dön