Molecular modeling of biomolecular associations and quantifying allosteric effects
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 402162
- Danışmanlar: PROF. DR. VOLKHARD HELMS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Unıversıtat Des Saarlandes
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Özet yok.
Özet (Çeviri)
Molecular dynamics simulation technique is a very popular approach to investigate the structure, dynamics and thermodynamics of biological molecules and their complexes. Using extensive standard molecular dynamics simulations and variants thereof, we probed in this work structural and energetic aspects of either specific or non--‐specific protein--‐protein complexes formed by hydrophilic proteins and of the interfacial water between the two proteins. For the specific complexes, the standard free energies of binding are in overall good agreement with the experimental values. In comparison to their specific counterparts, non specific encounters bear smaller interaction interfaces and are attracted by shorter ranged direct interactions between the proteins. In order to quantify the allosteric effect, we calculated the allosteric coupling energy between the ATP binding pocket and the PIF ‐pocket of phosphoinostide dependent kinase 1. For this system, we found that the main contribution to the allosteric coupling energy comes from electrostatic interactions. Utilizing molecular docking we modeled the interaction of the ER luminal binding immunoglobulin protein (BIP) with loop 7 of the Sec61 translocon. Additionally we used a cyclic peptide as a scaffold to design new competitive compounds that bind to Casein kinase II 𝛼 in a competitive manner to Casein kinase II 𝛽 using molecular docking.
Benzer Tezler
- Discovery of new drug ıngredients with her2 protein suppressingeffect in breast cancer treatment with molecular modeling methods
Moleküler modelleme yöntemleriyle meme kanseri tedavisinde her2 proteinini baskılayıcı etkiye sahip yeni ilaç içeriklerinin keşfi
MERVE YAĞMUR UZAM
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikManisa Celal Bayar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ KARATAŞ
- Nükleobazlar ve nükleositlerde tautomer kararlılığının moleküler modelleme yöntemleriyle belirlenmesi ve mutasyon etkisinin araştırılması
Determination of tautomer stability of the nucleobases and nucleosides by molecular modeling methods and investigation of the mutation effect
YUNUS ÇELİK
- Molecular modelling of GABA-AT reactivity: From small representative models to the full protein, from molecular mechanics to quantum chemistry, from static to dynamics
GABA-AT reaktivitesinin moleküler modellemesi: Küçük temsili modellerden tüm proteine, moleküler mekanikten kuantum kimyasına, statikten dinamiğe
HATİCE GÖKCAN
Doktora
İngilizce
2016
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
PROF. DR. GERALD MONARD
- Assessment of the protein assembly modeling strategies
Protein kompleks modelleme yaklaşımlarının değerlendirmesi
BURCU ÖZDEN YÜCEL
Doktora
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EZGİ KARACA EREK
