Yüklü etkileşmelerin ve sterik faktörlerin protein dinamiğine etkileri
Effects of charged interactions and steric effects on protein dynamics
- Tez No: 408243
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Benzetim, Beslenme, Moleküler biyoloji, Moleküler yapı, Moleküller, Proteinler, Serbest enerji, Simulation, Nutrition, Molecular biology, Molecular structure, Molecules, Proteins, Free energy
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında, basitleştirilmiş zincir temsili içeren protein modelleri ve moleküler dinamik simülasyon tekniği kullanılarak; yüklü etkileşmelerin protein dinamiğine etkileri incelenmiştir. Bu maksatla 3 farklı protein ailesinden 11 farklı protein ele alınmıştır. Yüklü etkileşmelerin farklı proteinlerde; protein katlı yapı kararlılığı, geçiş durum topluluğu dağılımı, serbest enerji bariyer yüksekliği ve protein katlanma oranlarına tamamıyla zıt etkilerinin olabileceği gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this dissertation study, by using coarse-grained protein models with explicit chain representation and molecular dynamics simulation technique, the effects of charge interactions on protein dynamics have been investigated. For this purpose, 11 different proteins belonging 3 different protein families were taken into consideration. It has been observed that the charged interactions may have completely opposite effects on the stability of protein native structures, the distribution of transition states ensemble, free energy barrier heights, and protein folding rates on different proteins.
Benzer Tezler
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
- Bentonit-su sistemlerinin reolojik ve elektrokinetik özellikleri üzerine yüzey aktif maddelerin etkisi
The Influence of surfactants on the rheological and electrokinetic properties of bentonite-water systems
TOYKUN YALÇIN
- Interaction of Poly(vinyl alcohol) and chitosan coated iron oxide nanoparticles with cell membrane models
Poli(vinil alkol) ve kitosan kaplı demir oksit nano parçacıklarının hücre zarı modelleri ile etkileşimleri
ARİFE KUŞBAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
İstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Synthesis of cuinse2/zns quantum dots and investigation of dye adsorption properties for waste treatment
Cuınse2/zns kuantum noktalarının sentezi ve atık arıtma için boya adsorpsiyon özelliklerinin araştırılması
ELİF ÇELTEK
- Investigation of asymmetric synthesis of chiral amines by biological oxidoreductase enzymes by computational methods
Biyolojik oksidoredüktaz enzimleri ile kiral aminlerin asimetrik sentezinin hesaplamalı kimya yöntemleri ile incelenmesi
MERVE KOPAR
