Geri Dön

Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study

Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma

PDF İndir

  1. Tez No: 818583
  2. Yazar: DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 161

Özet

Periodontal hastalıklar, diş etleri ve kemik dokusu dahil olmak üzere dişin destekleyici yapılarını etkileyen çeşitli enflamatuar durumları kapsayan ve tedavi edilmediği takdirde diş kaybına neden olabilen, oldukça yaygın diş hastalıklarıdır. Çoğu zaman gingivitis ve periodontitis olmak üzere periodontal hastalıklar, dişler ve diş etleri üzerinde oluşan mikrobiyal bir biyofilm olan diş plağındaki bakterilerin neden olduğu gingivitis ile başlar. Periodontitis, tedavi edilmeyen dişeti iltihabı diş eti, kemik ve bağ kaybına yol açarak hastalığın karakteristik derin periodontal ceplerine neden olduğunda gelişir. (2016) Küresel Hastalık Yükü Araştırmasına göre, şiddetli periodontal hastalıklar, küresel olarak %20 ila %50 arasında değişen bir yaygınlık ile dünyadaki en yaygın durumlar arasında on birinci sırada yer aldı. Ayrıca, Amerika Birleşik Devletleri'nde 30 yaşın üzerindeki yetişkinlerin %47,2'sinde periodontitis vardı, bu diğer ülkelerden daha yüksek bir orandı ve periodontal hastalık prevalansı yaşla birlikte arttı, ta ki 65 yaşın üzerindeki yetişkinlerin %70,1'i etkilenene kadar. Erkeklerin periodontal sağlığı kadınlardan daha kötüdür (%56,4'e karşı %38,4), sınırlı eğitim (%66,9) ve gelir düzeyi (%65,4) olanlarda olduğu gibi. Bu faktörler, tütün kullanımına ek olarak, periodontal hastalığın ilerlemesi için önemli risk faktörleridir. Hastalık, subgingival ve supragingival mikrobiyal birikintilerin varlığına ve sigara içme, kötü ağız hijyeni ve diyabet gibi bazı sistemik hastalıklar gibi diğer katkıda bulunan faktörlere karşı konak tepkisindeki farklılıklar ile çok faktörlüdür. Birçok çalışma, periodontal hastalıklar ile diyabet gibi çeşitli sistemik durumlar, Alzheimer ve Parkinson hastalıkları gibi nörolojik durumlar ve sistemik kemik kaybı arasında çift yönlü bir ilişki olduğunu göstermiştir. Ayrıca, sınırlı ekonomik kaynakları, olumsuz gebelik sonuçları ve kognitif bozukluğu olan yaşlı erişkinlerde periodontal hastalık oranları daha yüksektir. Periodontitis sırasında patojen, doğuştan gelen bağışıklık tepkisinin bir parçası olarak lökositleri sitokinler gibi proinflamatuar mediatörleri salması için tetikler. Enflamasyon süreci ilerledikçe, adaptif bağışıklık sistemi aktive olacak ve bu da enflamatuvar durumun daha fazla ilerlemesine katkıda bulunacaktır. Bu, sitokinlerin ve kemokinlerin salınmasına bağlı olarak dişeti, alveoler kemik ve periodontal bağlara ciddi şekilde zarar vererek kalıcı kemik hasarına ve geri dönüşümsüz periodontal ataşman kaybına neden olabilir. MiRNA'lar, 18-22 nükleotidden oluşan, kodlayıcı veya hedef haberci RNA'nın 3' çevrilmemiş bölgesindeki tamamlayıcı dizilere bağlanarak çeşitli fizyolojik ve patolojik mekanizmaları modüle etmede önemli epigenetik mekanizmalar olarak işlev gören, kodlayıcı olmayan küçük bir RNA sınıfıdır. DNA dizisini değiştirmeden hedef haberci RNA'nın translasyonunu bloke etme veya bozunma. Son veriler, periodontitisli hastaların dişeti dokusunda miRNA ekspresyon paternlerinde değişiklikler gözlendiğinden, miRNA'nın periodontite dahil olduğunu göstermektedir. Ayrıca, miRNA'lar yalnızca sentezlendikleri hücre içinde hareket etmezler ve kan ve tükürük gibi çeşitli vücut sıvılarında, lipitlere ve proteinlere bağlı olarak veya eksozomlarla çevrili olarak bulunurlar. Teşhis amaçlı potansiyel kullanımlarını gösterir. Son yıllarda, miRNA'ların periodontal hastalıklardaki rollerini araştıran çok sayıda çalışma yapılmıştır ve birçoğu, periodontal hastalıkların tanı ve tedavisi için önemli olabilecek bazı potansiyel miRNA adaylarını zaten bildirmiştir. Bir çalışma, miR-1226'yı dişeti oluğu sıvısında (GCF) kronik periodontitis için potansiyel bir biyobelirteç olarak tanımladı başka bir çalışma, miRNA-21'in periodontal hastalık patogenezindeki rolünü araştırmış ve miRNA-21'in inflamasyonu azalttığını ve periodontiti inhibe ettiğini bulmuştur. Ayrıca başka bir çalışma, miRNA'ların periodontal hastalıklar için terapötik hedefler olarak potansiyelini araştırmıştır. Örneğin, Lian ve ark. miR-335-5p'nin deneysel periodontitisin patogenezindeki potansiyel rollerini araştırdı ve osteojenik aktiviteler üzerinde promotif bir etkiye sahip olabileceğini buldu. Periodontal hastalık, küresel ölçekte ele alınması gereken ciddi bir sağlık yükü olarak tanımlanmıştır. Çoğunlukla, periodontitisin sınıflandırılması ve teşhisi temel olarak dental plak birikimi, sondalamada kanama, cep derinliği ölçümü ve alveoler kemik kaybının radyografik incelemesi gibi standart klinik değerlendirmelere dayanır. Sağlıklı deneklerden ve periodontitis ve gingivitis hastalarından alınan diş eti dokularındaki miRNA ekspresyon profillerini karşılaştırmak için miRNA mikroarray analizini kullandık ve bu tür hastalıkların göstergesi olabilecek belirgin şekilde değiştirilmiş bir profil olduğunu gösterdik. Ek olarak, periodontitis ve gingivitis için potansiyel bir biyobelirteç olarak kullanılabilecek aday miRNA'ları belirlemek için düzensiz miRNA'ları analiz ettik. Genel olarak, miRNA'ların periodontal hastalıklardaki rolü, daha fazla araştırma yapılmasını gerektiren bir alandır. Çeşitli miRNA'lar periodontal hastalıklar için potansiyel biyobelirteçler olarak tanımlanmış ve hastalık patolojisindeki rolleri araştırılmış olsa da bu süreçlerin altında yatan mekanizmalar tam olarak anlaşılmaktan uzaktır. Bu nedenle, periodontal hastalıklarda miRNA'ların rolüne yönelik sürekli araştırma, etkili tanısal ve terapötik stratejilerin geliştirilmesi için gereklidir. Bu çalışma, Süleyman Demirel Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi Periodontoloji Anabilim Dalı ve Fen-Edebiyat Fakültesi Biyokimya Anabilim Dalı'nda, Tıp Fakültesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu'nun onay kararı (onay numarası: 09/07/2019 tarihinde 235). Çalışmaya otuz kişi dahil edildi. Tüm katılımcılar için aşağıdaki dışlama kriterleri dikkate alındı: herhangi bir sistemik hastalığa sahip olmak (diyabet, kardiyovasküler hastalık, tiroid disfonksiyonu, menopoz vb.), hamile veya emzirmek, sigara içmek, dişeti büyümesine neden olan herhangi bir ilaç kullanmak, immünomodülatör kullanmak, ilaç kullanmak, son 3 ayda antibiyotik ve antiinflamatuar ilaçlar, son 6 ayda periodontal tedavi. Her bireyin ağız içi ve radyolojik muayeneleri yapıldı. Plak indeksi (PI), Gingival indeksi (GI), sondalamada kanama yüzdesi (%BOP), sondalama derinliği (PD), klinik ataşman düzeyi (CAL) şu şekilde değerlendirildi: bir periodontal prob (William's Periodontal probe, Hu-Friedy, Chicago, IL, ABD) kullanarak (kalibre edilmiş bir periodontist: IY). Muayene eden kişi içi analiz, PD için 0.96 ve CAL için 0.94'lük bir sınıf içi korelasyon katsayısı gösterdi. Muayene eden kişi ağırlıklı k (-1 mm) değerleri sırasıyla PD için 0,84 ila 0,93 ve CAL için 0,84 ila 0,92 arasında değişmiştir. Periodontal hastalık sınıflandırması, 2017 Dünya Periodontal ve Peri-İmplant Hastalıkları ve Durumlarının Sınıflandırılması Çalıştayı'na göre yapılmıştır. Periodontal olarak sağlıklı bireylerde BOP 2 veya < -2 değerleri aralığında seçilmiş ve kontrol, gingivitis ve periodontitis grupları arasındaki ekspresyon farkının en az 2 kat olduğu belirlenmiştir. Üç karşılaştırmada (Gingivitis'e karşı Kontrol, Periodontitis'e karşı Kontrol ve Periodontitis'e karşı Gingivitis) farklı şekilde ifade edilen miRNA'lar (DEM'ler) elde edildi ve üç set oluşturmak için MS Excel (Microsoft Corporation, Redmond, WA) kullanılarak veriler temizlendi. olgun miRNA'ların Üç küme arasında örtüşen ortak DEM'leri belirlemek için FunRich yazılımı kullanılarak bir Venn diyagramı oluşturuldu. Yol analizi web sunucusu DIANA-mirPath v.3) ve TarBase v7.0'ın ters arama işlevi, bu çalışmada seçilen KEGG yollarında en az bir hedef gen ile deneysel olarak desteklenen miRNA'ları elde etmek için kullanıldı. Gingivitis ve periodontitis için hastalığa özgü hedef gen listeleri DisGeNET kullanılarak elde edilirken, potansiyel miRNA biyobelirteçleri için hedef gen tahminleri DIANA-microT 2023 web sunucusu tarafından gerçekleştirilmiştir. Etkileşim puanı eşiği 0,9'a ayarlandı ve miRNA güvenirliği yüksek olarak ayarlandı. Çakışan ortak hedef genler FunRich kullanılarak tanımlanmış ve ardından Enrichr web sunucusu aracılığıyla bu hedef genlere dayalı olarak Reactome ve GO zenginleştirme analizleri gerçekleştirilmiştir. Ek olarak, fonksiyonel zenginleştirme analizinden kaynaklanan yollar ile hedef genler arasındaki ilişkileri anlamak için Enrichr-KG ile bir ağ analizi yapılmıştır. ELISA için istatistiksel analiz, her ELISA deneyinin sonuçları için normallik testiyle başladı. Daha sonra tek yönlü bir ANOVA testini, Mac için istatistik yazılımı GraphPad Prism sürüm 9.3.1 (GraphPad Software, San Diego, California, ABD) ile gerçekleştirilen Tukey çoklu karşılaştırma testi takip etti. P değeri ≤ 0,05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Bu çalışmaya dahil edilen her grup için 10 örnekten oluşan 30 tükürük örneğinin tamamı: kontrol, gingivitis ve periodontitis, örnek havuzu oluşturma ve mikrodizi çalışmaları için kullanılmadan önce OPG, RANKL ve MMP8 düzeylerini belirlemek için test edildi. Çalışmaya dahil edilen numunelerin, iyi bilinen biyobelirteçler biçiminde periodontal hastalıkların moleküler özelliklerine sahip olduğundan emin olun. Tek yönlü ANOVA analizi, üç grup arasındaki her bir proteinin seviyelerini karşılaştırdı ve p değerleri aşağıdaki gibi olduğundan farklılıklar tüm analizler için istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi: OPG, RANKL ve için 0.0002, 3,20 ila 1,63 kat) ve 22 miRNA'nın aşağı regüle edildiğini ( 1,0 veya < 1,0 kriterleri ile periodontitis GCF numunelerinde sırasıyla yukarı ve aşağı regülasyon gösterdiğini bulmuştur. Malezya'da sekiz kronik periodontitis hastası ve sekiz sağlıklı birey üzerinde plazma ve tükürük eksozomal miRNA numuneleri kullanılarak yürütülen bir araştırmada, plazma eksozomlarında 33 miRNA'nın aşağı regüle edildiğini (2 kattan fazla), ayrıca tükürük eksozomlarında ise 1.995 düzensiz miRNA'nın (1.985 tannesi aşağı regüle) olduğunu gösterilmiştir. Son olarak, Brezilya'da yapılan bir araştırma, kronik ve agresif periodontitisli hastalardan alınan hem epitelyal hem de bağ dokuları içeren diş eti dokusu numunelerinin miRNA'ların ekspresyon profillerinde hastalığın her iki formunda da anlamlı bir fark olmadığını gösterdi; bu da spesifik miRNA'ların düzensizliğinin bir işaret olabileceğini düşündürmektedir. Hsa-miR-1207-5p'nin periodontal inflamasyonlardaki rolüne dair bir kanıt yoktur, ancak COVID-19 hastalarında inflamatuar yanıtları arttırdığı bulunmuştur. Periodontal inflamasyonda yer alan ve Porphyromonas gingivalis üzerinde anti-inflamatuar etkisi olan hsa-miR-760, Heme Oxygenase-1'i (HMOX1) hedefler. hsa-miR-760, oral submukoz fibrozis (OSF) gibi başka bir oral hastalıkta da rol oynar. Hsa-miR-760'ın periodontitis ile yakından ilişkili bir kemik hastalığı olan menopoz sonrası osteoporozda da yukarı regüle edildiği gösterilmiştir. Diğer miRNA'ları belirledik, hsa-miR-548a-3p, bildiğimiz kadarıyla periodontitis veya başka herhangi bir periodontal hastalıkta rol oynadığı bildirilmemiş olmasına rağmen, çalışmamızın periodontitis grubunda downregüle edildi. Ancak MiR-548a-3p, Wang ve diğerleri tarafından yapılan ve romatoid artrit hastalarında TLR4/NF-κB sinyal yolu aracılığıyla inflamatuar yanıtı düzenlediğini gösteren bir çalışmada da aşağı regüle edildi. Hem gingivitisde hem de periodontitiste sırasıyla 2,23 ve 8,61 kat yukarı regüle edilen hsa-miR-1915-3p'nin Koreli hastalarda romatoid artritin hastalık aktivitesi ile korele olduğu daha önce gösterilmişti ve bununla birlikte miR-4535, şiddetli korioamniyonit gibi maternal ve fetal inflamasyonla bağlantılıydı Ayrıca miR-4535'in kendi periodontitis grubumuzda 52,43 kat yukarı regüle edildiğini belirtmekte fayda var. Çalışmamızda hsa-miR-92a-3p, tarafından Sistemik Lupus Eritematozus (SLE) hastalarının plazmaları üzerinde yapılan bir çalışmada da, periodontitis grubunda upregüle edilmiştir Başka bir çalışmada miR-92a-3p, retinoblastoma eksozomları açısından zenginleştirildi ve hücre canlılığını büyük ölçüde destekledi ve IL-1, IL gibi bir dizi ilgili genin ekspresyonunu artırarak insan vezikül endotel hücrelerinde (HUVEC'ler) bir inflamatuar yanıtı indükledi. -6, IL-8, ICAM1, VCAM1 ve MCP-1. Romatoid Artrit (RA) sinovyal dokularında ve hücrelerinde hsa-miR-338-5p'nin yukarı regüle edildiği ve SPRY1'in aşağı regüle edildiği ve miR-338-5p'nin doğrudan SPRY1 ekspresyonunu baskıladığı bulundu. Makale ayrıca, miR-338-5p'nin romatoid hücrelerde anahtar efektör hücreler olan fibroblast benzeri sinoviyositlerin proinflamatuar sitokinlerinin (IL-la, IL-6 ve COX2 gibi) çoğalmasını, istilasını ve salgılanmasını desteklediğini gösterdi. SPRY1'i inhibe ederek artrit patogenezi Başka bir makale, miR-338-5p'nin, NFAT5 ekspresyonunu doğrudan baskılayarak RA fibroblast benzeri sinoviyositlerin yaşayabilirliğini, çoğalmasını, göçünü ve istilasını desteklediğini bildirmektedir. hsa-miR-615-3p, bu çalışmada periodontitis grubunda yukarı regüle edilen başka bir miRNA'ydı. Hsa-miR-615-3p, periodontitis ve periimplantitisin farklı etkilerini düzenleyen ceRNA ağının parçası olan 16 miRNA'dan biridir. FAM126B, SORL1, PRLR, CPEB2, RAP2C ve YOD1'in mRNA'sını, Wnt sinyal yolu, Hippo sinyal yolu, NOD sinyal yolu, oksidatif stres, Toll benzeri reseptör sinyal yolu bağışıklık süreçleri ve doğuştan gelen önemli proteinleri hedeflediği tahmin edilmektedir. Yin ve diğerleri tarafından yapılan bir çalışmada, osteoporozlu fare modellerinde hsa-miR-129-5p ekspresyonu artmış ve osteoblast farklılaşmasını ve kemik oluşumunu inhibe ettiğini göstermiştir. Tcf4'ü hedefleyerek ve Wnt/β-katenin yolunun akış aşağı transkripsiyon faktörlerini inhibe ederek. J. Yin ve meslektaşları, hsa-miR-129-5p'nin kemik mezenkimal kök hücreler (BMSC'ler) osteogenezinde yer alan bir transkripsiyon faktörü olan STAT1'in ekspresyonunu inhibe edebileceği başka bir mekanizmaya ışık tuttu ve lncRNA Malat1'in kritik bir rol oynayabileceğini gösterdi. miR-129-5p'yi süngerleyerek BMSC'lerin osteoblast farklılaşma potansiyelini korumadaki rolü. Multipl miyelom (MM) hücrelerinden hücre dışı veziküllerin (EV'ler) kemik iliği mikroçevresini ve insan mezenkimal kök hücrelerinin (hMSC'ler) osteojenik farklılaşmasını nasıl etkilediğini araştıran bir çalışmada, miR-129-5p'nin MM-EV'ler açısından zengin olduğunu ve aynı zamanda transkripsiyon faktörü Sp1'i ve bunun aşağı akış hedefi ALPL'yi hedefleyerek hMSC'lerin osteojenik farklılaşmasını engelleyebileceği gösterilmiştir. miR-129-5p'nin osteoporozdaki rolüne ilişkin bir başka kanıt, lncRNA LINC00314'ün miR-129-5p ve dolayısıyla kemik oluşumu için çok önemli olan Wnt/β-katenin sinyal yolunu aktive eden bir gen olan GRM5'in ekspresyonunu artırır. Son olarak, başka bir araştırma makalesi, döngüsel gerilme stresinin (CTS), miR-129-5p ekspresyonunu inhibe ederek ve BMP2/Smad yolunu aktive ederek insan periodontal bağ kök hücrelerinin (hPDLSC'ler) osteojenik farklılaşmasını uyardığını bulmuştur. Ayrıca miR-129-5p'nin BMP2'yi hedeflediğini ve BMP2'yi susturmanın, hPDLSC'lerin CTS kaynaklı osteojenik farklılaşmasını baskıladığını da doğruladı. hsa-miR-324-3p ile birlikte uzun kodlayıcı olmayan RNA H19'un, IKβ-α, IKKβ, IL-6, IL-8, TNF-α gibi enflamatuar genlerin ve sitokinlerin ekspresyonunun modüle edilmesinde yer aldığı bildirildi. p-P65, ICAM-1 ve VCAM-1'in yanı sıra enflamasyonu indüklemek için interlökin-1β (IL-1β) tarafından uyarılan insan akciğer epitel hücrelerinin (A549) bir hücre modelinin hücre proliferasyonu ve apoptozu. hsa-miR-346, halka açık veritabanlarından miRNA ve mRNA ekspresyon profillerinin entegre bir analizini gerçekleştirdikleri ve miRNA'lar ve genlerden oluşan bir düzenleyici ağ oluşturdukları Zhang vd. 2019 tarafından yapılan bir çalışmada yukarı regüle edilmiştir. Osteosarkom (OS) dokularında ve bir tür kemik kanseri olan hücre dizilerinde hsa-miR-346 ile hedef geni olan c-FLIP arasındaki ters korelasyonu doğruladılar ve dişlerde meydana gelen kemik hasarı ile ilişkili olabilir. Periodontitis. Başka bir araştırma makalesi, hsa-miR-346'nın lncRNA (MALAT1) ve SMAD3 geni ile etkileşime girdiğini ve SMAD3 ekspresyonunu aşağı doğru düzenleyerek sepsis gelişiminde rol oynadığını öne sürdü. İlginçtir ki bu, MALAT1'in miR-129-5p'yi süngerleyerek osteoblast farklılaşmasının sürdürülmesinde rol oynayabileceğini buldukları ve önerdikleri yukarıda tartışılan diğer çalışmalarla uyumludur. miR-129-5p ekspresyonunun inhibe edilmesi, BMP2/Smad yolunu aktive edecek ve insan periodontal bağ kök hücrelerinin (hPDLSC'ler) osteojenik farklılaşmasını uyaracaktır. hsa-miR-346, endoplazmik retikulum stresi altında bağışıklık yanıtının ve hücre sağkalımının modülasyonunda yer alır ve ayrıca farklı Leishmania türleri ve suşları ile enfekte olmuş insan makrofajlarında yukarı regüle edilmiştir ve düzenleyen bir transkripsiyon faktörü olan RFX1'in ekspresyonunu aşağı doğru düzenler. MHC sınıf II genleri. Makale, hsa-miR-346'nın, konakçı bağışıklık savunmalarından kaçmak ve konakçı hücrelerde hayatta kalmak için parazit tarafından indüklenen moleküler mekanizmaların bir parçası olabileceğini öne sürüyor. Çalışmamızda yukarı regüle edilen hsa-miR-194-3p'nin, kemik kuvvetinin bir ölçüsü olan yüksek ve düşük kalça kemiği mineral yoğunluğuna (KMY) sahip kadın hastalarda diferansiyel olarak eksprese edilen genleri karşılaştıran başka bir çalışmada aşağı regüle olduğu bulundu. ve osteoporoz için bir risk faktörüdür. Yazarlar, hsa-miR-194-3p'nin yüksek BMD'ye sahip kadınlarda düşük BMD'ye sahip olanlara kıyasla yukarı regüle edildiğini bulmuşlardır, bu da bunun osteoporoza karşı koruyucu bir rolü olabileceğini düşündürmektedir. hsa-miR-1306-3p, başka bir oral hastalık olan oral liken planus üzerinde yapılan bir çalışmada, bu çalışmada gözlemlediklerimizle uyum içinde olan ve bağışıklık ve enflamatuar süreçlerde yer alan çeşitli genlerle etkileşime girebileceğini öne süren bir çalışmada yukarı doğru düzenlenmiştir. hsa-miR-595, bağırsak bariyer fonksiyonunu etkileyen inflamatuar bağırsak hastalıkları Crohn hastalığı (CD) ve ülseratif kolitte (UC) düzensizdi. Bu araştırma makalesinde hsa-miR-595'in önemi, aktif CD ve UC'li hastaların serumlarında, sağlıklı denekler ve inaktif hastalığı olan hastalarla karşılaştırıldığında, proinflamatuar bir etkiye sahip olabileceğini düşündüren önemli ölçüde yukarı regüle edilmiş bulunmasıdır. Başka bir enflamatuar hastalıkta, Kazemian ve meslektaşları, hsa-miR-595 ekspresyonunun, kontrol grubuyla karşılaştırıldığında koroner arter hastalığı (KAH) olan hastaların periferik kan mononükleer hücrelerinde (PBMC'ler) önemli ölçüde yukarı regüle edildiğini bulmuşlardır. Ayrıca, hsa-miR-595 ekspresyonunun, arteriyel stenozun derecesi ve inflamasyon ve aterosklerozda yer alan CCL3, CCL4 ve IL-1β genlerinin ekspresyon seviyeleri ile pozitif korelasyon gösterdiğini bulmuşlardır. Ayrıca, hsa-miR-595 ekspresyonunun, enflamasyonu ve plak oluşumunu inhibe etmede yer alan NF-κBIa ve TNFaIP3 genlerinin ekspresyon seviyeleri ile negatif korelasyon gösterdiğini bulmuşlardır. Bu çalışmada 4,78 oranında yukarı regüle edilen başka bir miRNA'nın, sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldığında, özellikle CD4+ T-hücrelerinde, enflamatuar barsak hastalığında (IBD) 3,79 oranında yukarı regüle edildiği bulundu. Araştırmacılar, bu miRNA'nın IBD hastalarında, özellikle Crohn hastalığı olanlarda tedavi artışını ve hastalık ilerlemesini tahmin edebileceğini bulmuşlardır. Son olarak, hsa-miR-4484, kronik enflamatuar bir oral mukozal hastalık olan oral liken planus hastalarının tükürük eksozomlarında önemli ölçüde yukarı regüle edilen bir miRNA'dır. Bu araştırma makalesinde hsa-miR-4484'ün önemi, oral liken planus patogenezinin teşhisi ve aydınlatılması için potansiyel bir biyobelirteç olabilmesidir. Mevcut çalışmamızda, periodontitis ve gingivitis için aday biyobelirteçler ve terapötik hedefler sağladık ve çalışılan gruplar arasında düzensiz miRNA'ların sayısıyla gösterildiği gibi, bu tip periodontal hastalıklar arasında genel olarak değiştirilmiş bir miRNA ekspresyon modeli için kanıt bulduk. Ayrıca, bu sonuçlara dayanarak yaptığımız fonksiyonel zenginleştirme analizi, periodontitis hastalarında downregüle olduğunu tespit ettiğimiz miRNA'ların, çoklu inflamatuar yollarda önemli rol oynayan periodontal hastalığa özgü birçok geni hedef aldığını göstermektedir; İnterlökin-4 ve İnterlökin-13 Sinyali, Bağışıklık Sisteminde Sitokin Sinyali ve TLR Sinyal Kaskadı ile İlişkili Hastalıklar. Ve aşağıdakiler gibi MSigDB ayırt edici gen setleri ile ilişkili; NF-kB aracılığıyla TNF-alfa Sinyali, Enflamatuar Tepki, İnterferon Gama Tepkisi, IL-6/JAK/STAT3 Sinyali ve IL-2/STAT5 Sinyali. Ayrıca; Kemokin Üretimi BP'nin Pozitif Düzenlemesi, Sitokin Üretimi BP'sinin Pozitif Düzenlemesi ve DNA bağlayıcı Transkripsiyon Faktörü Bağlayıcı MF. Periodontitisli hastalarda yukarı regüle edilmiş miRNA'lara gelince, sonuçlar da eşit derecede önemliydi. Bu miRNA'ların hedef genlerinin; Bağışıklık Sisteminde Sitokin Sinyali, İnterlökinler Tarafından Sinyal, İnterlökin-4 ve İnterlökin-13 Sinyali, İnterlökin Reseptörü SHC Sinyali, İnterlökin-2 Ailesi Sinyali ve İnterlökin-3, İnterlökin-5 ve GM-CSF Sinyali. Ayrıca; TNF-alfa Sinyali ve Enflamatuar Tepki. Ve Gen Ontolojisi terimleri; Sitokin Uyarıcı BP'ye Hücresel Yanıt, Enflamatuar Tepki BP'nin Düzenlenmesi, Sitokin Aracılı Sinyal Yolu BP, Gen İfadesi BP'nin Pozitif Düzenlenmesi ve Sitokin Reseptör Bağlayıcı MF. Bu özellikle hem diş eti iltihabında (2,6 kat) hem de periodontitiste (19,34 kat) yukarı regüle edilen ve regüle eden GLP1 hormonunun reseptörü olan GLP1R'yi hedeflediği bulunan hsa-miR-149-3p durumunda doğruydu. kan şekeri seviyeleri ve kronik inflamatuar hastalıklarda anti-inflamatuar etkilere sahiptir. Bildiğimiz kadarıyla, miRNA'nın mikroarray gibi yüksek verimli teknolojiler yoluyla diş eti iltihabından periodontite ilerleme mekanizmasındaki rolünü belirlemek için herhangi bir çalışma yapılmamıştır, ancak bu bulguları doğrulamak için daha fazla araştırma yapılması gerekecektir. Mikrodizilerin klinik uygulamalara doğrudan aktarılabilecek bilgileri tanımlamada başarısız oldukları için sık sık eleştirildiklerine dikkat etmek önemlidir. Sınırlı sayıda numune veya diğer faktörlerin etkisi nedeniyle meydana gelebilecek istatistiksel anlamlılık ve biyolojik uygunluk arasındaki farktan dolayı. Bu, yeterli sayıda biyolojik ve teknik kopya kullanılarak giderilebilir. Küçük örneklem büyüklüğü, mevcut çalışmanın bir sınırlamasıydı. Büyük gruplar kullanılarak daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir. Bu çalışmanın bir diğer kısıtlılığı da her bir miRNA için fonksiyonel çalışmaların yapılmamış olmasıdır; bu nedenle, periodontal hastalıklardaki patolojik rollerini değerlendirmek için ilgili her bir miRNA'nın işlevini belirlemek için ek araştırmalar gerekli olacaktır. Bu çalışma, periodontitis ve diş eti iltihabında birkaç düzensiz miRNA'yı ortaya çıkardı. Bu bulgular, miRNA'larla ilişkili moleküler mekanizmalara ve potansiyel biyobelirteçlere ve bu tür hastalıklar için terapötik hedeflere ışık tutabilir. Bulduğumuz bu miRNA'ların bazılarının periodontal hastalıklarda rol oynadığı daha önce başka araştırmalarla bildirilmişken, diğerlerinin sadece farklı inflamatuar yanıtlarda yer aldığı bulunmuştur. Bazı yeni miRNA'ları da bildirdik, ancak bunların gingivitis veya periodontitisteki rolleri, periodontal hastalıkların altında yatan mekanizmaların daha iyi anlaşılması için bir temel oluşturabilecek daha ileri çalışmalarla henüz doğrulanmamıştır.

Özet (Çeviri)

Periodontal diseases are highly prevalent dental diseases that encompass a variety of inflammatory conditions that affect the tooth's supporting structures, including the gums and bone tissue, and can result in tooth loss if left untreated. miRNAs are a class of small non-coding RNAs that play critical roles in many physiological and pathological processes. Several studies have already studied the changes in miRNA expression patterns in many periodontal diseases. However, there are no studies focused on the difference in miRNA expression in gingivitis and periodontitis. In this study, we created pools from the salivary samples we collected from the 30 people included in this study, 10 for each group; healthy control, gingivitis, and periodontitis. Then, we measured the levels of the inflammatory markers RANKL, OPG, and MMP8 using the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). For microRNA expression profiling, Affymetrix GeneChip miRNA 4.0 microarray analysis was used to compare salivary miRNA expression between healthy subjects and patients with periodontitis and gingivitis. We found that the downregulated miRNAs were 16 in gingivitis and 28 in periodontitis, while the upregulated miRNAs were 50 in gingivitis and 209 in periodontitis. Additionally, we further analyzed these dysregulated miRNAs via bioinformatics tools such as FunRich software, DIANA-mirPath v.3, TarBase v7.0, DisGeNET, Enrichr web server, and Enrichr-KG to perform multiple analyses such as KEGG and Reactome pathway and Gene Ontology functional enrichment analysis, disease-specific target gene identification, and network analysis. Many miRNAs were found to be potentially important in periodontal diseases and other inflammations as can be seen in the results aquired by the bioinformatics analyses and the identified microRNA biomarkers in this study found to play an important role in multiple inflamotory pathwats and were associated with many Gene Ontology terms involved in inflammation. In summary, the present study has revealed that hsa-miR-149-3p, hsa-miR-1915-3p, and hsa-miR-185-3p may play a role in the transition from gingivitis to periodontitis, we also found several miRNA candidate biomarkers and therapeutic targets for gingivitis and periodontitis.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    385112

    Development of sandwich type nucleic acid array platform for the detection of microRNAs in breast cancer

    Meme kanseri tespiti için sandviç tabanlı nükleik asit dizi platformunun geliştirilmesi

    SEREN ATILGAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM

  2. Tez No

    885726

    Akciğer kanseri ile ilişkili miRNA ekspresyon profillerinin belirlenmesi

    Determination of miRNA expression profiles related to lung cancer

    DİLEK ÇEKER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY

    DOÇ. DR. ABDULLAH KARADAĞ

  3. Tez No

    484953

    Deneysel spinal kord yaralanmasında mir-20A ve mir-125B ekspresyonlarının apopitoz ve enflamasyon üzerine etkileri

    The effects of mir-20A and mir-125B expressions on apoptosis and inflammation in experimental spinal cord injury

    DİLEK ŞAKER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Histoloji ve EmbriyolojiÇukurova Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAİT POLAT

  4. Tez No

    676190

    The relationship between urinary exosomal miRNA levels and renal outcome in type 2 diabetic nephropathy patients

    Tip 2 diyabetik nefropati hastalarında üriner eksozomal miRNA düzeylerinin renal outcome ile ilişkisi

    MEHMET SEYİT ZOR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  5. Tez No

    352476

    Meme kanserinin histolojik ve patolojik alt tiplerinin meta-analiz yöntemine dayalı miRNA imzaları ile sınıflandırılması

    The classification of histologic and pathologic subtypes of breast cancer with meta-analysis based miRNA signatures

    YASEMİN ÖZTEMUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    YRD. DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU

Geri Dön