Role of mobile RNAs and MYB transcription factors in long-distance communication of stress-induced plants
Bitkilerde uzak mesafe iletişiminde hareketli RNA'ların ve MYB transkripsiyon faktörlerinin rolü
- Tez No: 409038
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET SERDAL SAKÇALI, DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Botanik, Genetik, Biology, Botany, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Hücre-hücre iletişimi/etkileşimi, bitkilerde çevresel değişimlere karşı bitkilerin gelişimi ve adaptasyonu için gereklidir. Hücrelerarası etkin bir iletişim stratejisi olarak bitkiler plasmodesmata aracılığı ile birbirlerine bağlı özelleşmiş hücre içi iletişim mekanizmasına sahiptir. Bu yol ile hücreler arasında sınırlı bir bilgi alışverişi sağlanmaktadır. Uzak mesafeler arası (organlar arası) hızlı bir bilgi paylaşımı gerektiğinde ise ksilem ve floem aracılığı ile bu bilgi paylaşımı gerçekleştirilir. Bu zamana kadar, çeşitli bitki türlerinin floem sıvılarında bir dizi farklı RNA moleküllerine örneğin viral RNA' lar, hücresel kaynaklı mRNA' lar, mikroRNA' lar (miRNA), bir kısım küçük RNA' lar ve bazı transkripsiyon faktörlerine rastlanılmıştır. Bu tez kapsamında, bitkilerde Bor (B) stresi varlığında organlar arasındaki iletişim stratejisinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, kabak bitkisi (Cucurbita maxima) floem sıvısında var olan miRNA' lar tespit edilmiş ve B stresindeki anlatım düzeyleri nicel olarak RT-qPCR yöntemine göre analiz edilmiştir. Tespit edilen miRNA' ların olası hedef genleri biyoenformatik araçlarla belirlenmiş ve bazı miRNA' ların B stresi varlığında ifade artışı gösterdikleri tespit edilmiştir. Bu analizlerin yanında, olası sinyal molekülü ve aynı zamanda düzenleyici R2R3-tip MYB transkripsiyon faktörleri B-dirençli arpa bitkisi (Hordeum vulgare, cv Sahara) transkripsiyon verileri içerisinde taranmıştır. Birçok biyoenformatik araç kullanılarak 51 farklı R2R3-tip MYB transkripsiyon faktörü tanımlanmış ve B stresindeki rolleri tartışılmıştır. Bu genlere ait ifade düzeyleri karşılaştırıldığında bazı R2R3-tip MYB transkripsiyon faktörlerinin B stresine karşı harekete geçtikleri belirlenmiştir. Sonuç olarak bu tez kapsamında bazı miRNA' ların ve TF' lerin bitkilerde stres koşullarında B-düzenlenme mekanizmasında, özellikle uzak organ iletişiminde rol oynayabileceği varsayılmıştır. Elde edilen bulgulara göre, bazı miRNA' ların ve R2R3-tip MYB transkripsiyon faktörlerinin B-stresi düzenlenmesinde ve sinyalizasyonunda önemli oldukları bulunmuştur. Elde edilen sonuçların, bitkilerde uzak organ iletişimi ve sinyal iletimi mekanizmalarının daha iyi anlaşılabilmesine katkılar sunacağını beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Cell to cell communication is a strategy for plants which helps the regulation of the bioprocesses during plant development and adaptation to various environmental conditions. In this strategy, some molecules (RNAs and proteins) can move from one cell to another by using specific symplasmic network connected via plasmodesmata and alters the gene expressions. Other than the cellular communication, distance cells and even organs can communicate to each other via plant vascular bundle, phloem and xylem. In this mechanism, some RNAs, including viral RNAs, cellular mRNAs, tRNAs, microRNAs (miRNAs), small RNAs (smRNAs) and some transcription factors (TF) can be used as a signal molecule which moves over long distances. In this thesis, we aimed to analyze organ to organ communication strategy of plants under Boron (B)-stressed condition. For this aim, phloem-derived miRNA molecules were detected in Cucurbita maxima plants and they were quantitatively analyzed by RT-qPCR. Their target proteins were predicted by using bioinformatics tools and some miRNA molecules were found to be selectively expressed as a result to B-induction. In addition to these analyses, as a candidate signaling factor and/or regulator, R2R3-type MYB transcription factors (TF) were searched in the transcriptome data of B-tolerant barley cultivar, (Hordeum vulgare, cv Sahara). By using several bioinformatics tools, 51 R2R3 MYB TFs were identified and their possible roles against B stress were predicted. Expression analysis of those TFs was revealed that some MYB TFs were activated against B-induction. As a conclusion, in this thesis we hypothesized that some signaling molecules (miRNA and TFs) may be involved in the regulation of B-homeostasis under stress conditions. Some miRNA molecules and R2R3-type MYB TFs were found to be critical for B-stress regulation and signaling. We hope that, these results can contribute to better understanding of signal transduction in long distance communications of plants.
Benzer Tezler
- Over kanserinde miR-200 ailesinin epitelyal-mezenkimal geçişdeki rolü
The role of the miR-200 family in epithelial-mesenchymal transition in ovarian cancer
MERVE ŞENTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- The role of brand trust and brand affect on brand loyalty: A study in mobile phone sector on business administration students in İzmir
Marka güveni ve marka etkisinin marka bağlılığı üzerindeki rolü: Cep telefon sektöründe İzmir'deki işletme bölümü öğrencileri üzerine bir uygulama
ÖZDE SEÇİL ÖZCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
İşletmeDokuz Eylül Üniversitesiİşletme (İngilizce) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜL BAYRAKTAROĞLU
- Turist deneyimi yaratmada mobil artırılmış gerçeklik (AR) uygulamasının rolü: Efes Örenyeri uygulaması
The role of mobile augmented reality (AR) application for creating tourist experience: A study in Ephesus archaeological site
ZEYNEP GÜVERCİN GÖÇMEN
Doktora
Türkçe
2021
TurizmDokuz Eylül ÜniversitesiTurizm İşletmeciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU GÜNLÜ
- The role of mobile-assisted language learning (MALL) in vocabulary knowledge, learner autonomy and motivation of prospective English language teachers
Mobil destekli dil öğrenimi'nin (MDDÖ) İngilizce öğretmen adaylarının kelime bilgisi, öğrenen özerkliği ve motivasyonundaki rolü
KÜBRA OKUMUŞ DAĞDELER
Doktora
İngilizce
2018
Eğitim ve ÖğretimAtatürk ÜniversitesiYabancı Diller Eğitimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA YAVUZ KONCA
- Müşterilerin kuruma güvenini artırmada mobil pazarlama faaliyetlerinin rolü: Kuzey Irak'ta hücresel iletişim şirketlerinde çalışan çalışanların görüşleri üzerine bir araştırma
The role of mobile marketing activities in enhancing customer confidence in the organization: A study on the opinions of cellular communication companies' workers in Northern Iraq
SHAAFAN JASİM HUSSEİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
İşletmeTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF BOYRAZ