Geri Dön

Identification of pathogenic mutations in neurodegenerative disorders: Bioinformatic analysis of next generation sequencing data

Nörodejeneratif hastalıklarda patojenik mutasyonların belirlenmesi: Yeni nesil dizileme verilerinin biyoinformatik analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 409271
  2. Yazar: ECE KARTAL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 114

Özet

Alzheimer, Parkinson, amiyotrofik lateral skleroz ve ataksiler gibi nörodejeneratif hastalıklar, beynin özgün bölgelerindeki sinir hücrelerinin progresif kaybı ile tanımlanan geniş bir hastalık grubuna dahildirler. Bu hastalıklar hem Mendel türü, hem de kompleks kalıtım gösterdikleri için, hastalıkların altında yatan genetik faktörleri derinlemesine anlamak, yeni ve özgün tedavi yöntemlerini geliştirmek açısından yaşamsal öneme sahiptir. Yeni nesil dizileme yöntemleri, hastalık nedeni tanımlanmasında oldukça etkin ve yüksek ölçekli yaklaşımlardır. Bu çalışma kapsamında, bir dominant ve 12 resesif geçişli aile, ekzom dizileme analizi ile incelenmiştir. Ailelerin seçimi birden fazla etkilenmiş birey ve akraba evliliği gibi faktörler gözetilerek yapılmıştır. Ayrıca homozigot bölgelerin tanımlanması için homozigotluk haritalanması uygulanmıştır. Bulunan aday mutasyonlar/değişimler, aile bireylerinde doğrulanmış ve mutasyonun aile-içi geçişi gösterilmiştir. Tarif edilen biyoinformatik analiz yöntemleri, laboratuvarımızda ilk defa bu tez kapsamında adapte edilmiş, geliştirmiş ve birçok aileye uygulanmıştır. Yeni nesil dizileme analizinin, bu hastalıklarda nörodejenerasyona neden olan genetik faktörlerin anlaşılmasına katkıda bulunması beklenmektedir.

Özet (Çeviri)

Neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's disease, Parkinson's disease, amyotrophic lateral sclerosis and ataxias belong to a large group of disorders, characterized by progressive neuronal cell death in specific parts of the brain. They exhibit Mendelian and also complex inheritance patterns, thus a deeper understanding of genetic factors underlying disease pathogenesis is crucial to improve new and more targeted therapy methods. Next generation sequencing is a highly efficient and powerful method for the identification of disease-causing variants in complex disorders. In the framework of this study, one dominant and 12 recessive pedigrees were subjected to exome sequencing. Selection of families was performed by considering factors, such as consanguinity and the presence of more than one affected member in the family. Homozygosity mapping was performed for determination of homozygous stretches. Candidate variants were validated in family members and segregation of mutations in the families was shown. The data and bioinformatic analyses methods described above were for the first time adapted, developed and applied to several families in our laboratory within this thesis work. The analysis of next generation sequencing data is expected to unravel the genetic factors that cause neurodegeneration in these complex syndromes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    255920

    Amyotrophic lateral sclerosis in Turkey: Studies on familial and Sporadic ALS using high-throughput genomic technologies

    Türkiye?de amiyotrofik lateral skleroz: Ailesel ve Sporadik ALS?de yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin uygulanması

    ASLIHAN ÖZOĞUZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK

  2. Tez No

    562693

    Metakromatik lökodistrofi hastalığının alt tiplerinin tanımlanması, patojenik mutasyonların belirlenmesi, patogenezde inflamasyonun incelenmesi

    Identification of subtypes of metachromatic leukodystrophy, determination of pathogenic mutations, investigation of inflammation in pathogenesis

    FARUK PEKGÜL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE ASUMAN ÖZKARA

  3. Tez No

    812664

    Establishing a human gut microbiome bioinformatics analysis pipeline to study a dietary treatment response for methylmalonic acidemia patients

    Metilmalonik asidemi hastalarında diyet tedavisi yanıtını incelemek için insan bağırsak mikrobiyom biyoinformatik analiz akışının oluşturulması

    BERKAY YEKTA EKREN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Biyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN

  4. Tez No

    270333

    Kalıtsal retina dejenerasyonlarında DNA mikroarray yöntemiyle yüksek ölçekli genom taraması

    High-throughput genome screening by DNA microarray in inherited retinal degenerations

    DİDEM YÜCEL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL

    PROF. DR. AY ÖĞÜŞ

  5. Tez No

    783030

    Meme kanseri olgularında genomdaki klinik önemi bilinmeyen değişiklikler sinyal yolakları ile ilişkili midir?

    Are changes of unknown clinical significance in the genome related to signaling pathways in breast cancer cases?

    SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikBaşkent Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN

Geri Dön