Identification of pathogenic mutations in neurodegenerative disorders: Bioinformatic analysis of next generation sequencing data
Nörodejeneratif hastalıklarda patojenik mutasyonların belirlenmesi: Yeni nesil dizileme verilerinin biyoinformatik analizi
- Tez No: 409271
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Alzheimer, Parkinson, amiyotrofik lateral skleroz ve ataksiler gibi nörodejeneratif hastalıklar, beynin özgün bölgelerindeki sinir hücrelerinin progresif kaybı ile tanımlanan geniş bir hastalık grubuna dahildirler. Bu hastalıklar hem Mendel türü, hem de kompleks kalıtım gösterdikleri için, hastalıkların altında yatan genetik faktörleri derinlemesine anlamak, yeni ve özgün tedavi yöntemlerini geliştirmek açısından yaşamsal öneme sahiptir. Yeni nesil dizileme yöntemleri, hastalık nedeni tanımlanmasında oldukça etkin ve yüksek ölçekli yaklaşımlardır. Bu çalışma kapsamında, bir dominant ve 12 resesif geçişli aile, ekzom dizileme analizi ile incelenmiştir. Ailelerin seçimi birden fazla etkilenmiş birey ve akraba evliliği gibi faktörler gözetilerek yapılmıştır. Ayrıca homozigot bölgelerin tanımlanması için homozigotluk haritalanması uygulanmıştır. Bulunan aday mutasyonlar/değişimler, aile bireylerinde doğrulanmış ve mutasyonun aile-içi geçişi gösterilmiştir. Tarif edilen biyoinformatik analiz yöntemleri, laboratuvarımızda ilk defa bu tez kapsamında adapte edilmiş, geliştirmiş ve birçok aileye uygulanmıştır. Yeni nesil dizileme analizinin, bu hastalıklarda nörodejenerasyona neden olan genetik faktörlerin anlaşılmasına katkıda bulunması beklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's disease, Parkinson's disease, amyotrophic lateral sclerosis and ataxias belong to a large group of disorders, characterized by progressive neuronal cell death in specific parts of the brain. They exhibit Mendelian and also complex inheritance patterns, thus a deeper understanding of genetic factors underlying disease pathogenesis is crucial to improve new and more targeted therapy methods. Next generation sequencing is a highly efficient and powerful method for the identification of disease-causing variants in complex disorders. In the framework of this study, one dominant and 12 recessive pedigrees were subjected to exome sequencing. Selection of families was performed by considering factors, such as consanguinity and the presence of more than one affected member in the family. Homozygosity mapping was performed for determination of homozygous stretches. Candidate variants were validated in family members and segregation of mutations in the families was shown. The data and bioinformatic analyses methods described above were for the first time adapted, developed and applied to several families in our laboratory within this thesis work. The analysis of next generation sequencing data is expected to unravel the genetic factors that cause neurodegeneration in these complex syndromes.
Benzer Tezler
- Amyotrophic lateral sclerosis in Turkey: Studies on familial and Sporadic ALS using high-throughput genomic technologies
Türkiye?de amiyotrofik lateral skleroz: Ailesel ve Sporadik ALS?de yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin uygulanması
ASLIHAN ÖZOĞUZ
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK
- Metakromatik lökodistrofi hastalığının alt tiplerinin tanımlanması, patojenik mutasyonların belirlenmesi, patogenezde inflamasyonun incelenmesi
Identification of subtypes of metachromatic leukodystrophy, determination of pathogenic mutations, investigation of inflammation in pathogenesis
FARUK PEKGÜL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ASUMAN ÖZKARA
- Establishing a human gut microbiome bioinformatics analysis pipeline to study a dietary treatment response for methylmalonic acidemia patients
Metilmalonik asidemi hastalarında diyet tedavisi yanıtını incelemek için insan bağırsak mikrobiyom biyoinformatik analiz akışının oluşturulması
BERKAY YEKTA EKREN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
- Kalıtsal retina dejenerasyonlarında DNA mikroarray yöntemiyle yüksek ölçekli genom taraması
High-throughput genome screening by DNA microarray in inherited retinal degenerations
DİDEM YÜCEL
Doktora
Türkçe
2010
GenetikHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
PROF. DR. AY ÖĞÜŞ
- Meme kanseri olgularında genomdaki klinik önemi bilinmeyen değişiklikler sinyal yolakları ile ilişkili midir?
Are changes of unknown clinical significance in the genome related to signaling pathways in breast cancer cases?
SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN