Amyotrophic lateral sclerosis in Turkey: Studies on familial and Sporadic ALS using high-throughput genomic technologies
Türkiye?de amiyotrofik lateral skleroz: Ailesel ve Sporadik ALS?de yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin uygulanması
- Tez No: 255920
- Danışmanlar: PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 252
Özet
Amiyotrofik Lateral Skleroz (ALS), korteks, beyin sapı ve omurilikteki motor nöronların ölümü ile karakterize olan, geç başlangıçlı nörodejeneratif bir hastalıktır. Birbiri ile ilişkili patojenik mekanizmaları içeren çok faktörlü bir hastalıktır. ALS'deki olguların yüzde 90'ı sporadik iken (SALS), yüzde 10'unda aile öyküsü gözlenir (FALS). ALS'nin genetiği karmaşıktır; bugüne kadar otozomal dominant (OD), otozomal resesif ve X'e bağlı geçiş özellikli sekiz gen ve altı değişik lokus tanımlanmıştır.Bu çalışma çerçevesinde, 198 Türk ALS hastası SOD1 genindeki olası mutasyonlar için araştırıldı. Beş FALS olgusunun, hastalığa neden olan SOD1 mutasyonu taşıdığı gösterilirken, yedi tanesi polimorfizmin taşıyıcısıydı. Bir sonraki aşamada, OD ve akraba ilişkisi olmayan FALS ve jüvenil olgular, DNA sekanslama yöntemi ile, TDP-43, FUS and ANG genleri açısından incelendi. Ayrıca, resesif olarak kalıtılan bir homozigot D90A FALS olgusu, ortak kalıtımın tanımlanması amacıyla, 21 İskandinav ALS olgusu ile haplotip analizi ile incelendi. En son aşamada, çalışılan genlerde mutasyon bulunmayan 15 FALS ve 13 jüvenil olgu, yeni ALS genlerinin tanımlanması için tüm genom genotipleme analizi ile değerlendirildi, ama henüz anlamlı bir bölge bulunamadı. Resesif bir aile, homozigotluk haritalaması için seçildi ve bu ailenin bir bireyinde, homozigot bölgeler içerisinde yer alan beş aday gen incelendi. Aynı birey, `whole exome resequencing' ile de değerlendirildi. Tez çerçevesinde, ayrıca SALS olgularında yapılan kolaboratif bir genom-çapı SNP analizi, KIFAP3 genindeki rs1541160 SNP'inin homozigot CC alelinin ALS'de yaşamı 14 ay uzatma avantajı sağladığını gösterdi. Bu çalışma ALS'nin moleküler patogenezi üzerine Türkiye'de bugüne kadar yapılmış en kapsamlı çalışmadır. Kullanılan yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin ve sunulan bulguların ALS'nin kompleks patogenezinin anlaşılmasına ışık tutacağı umulmaktadır.
Özet (Çeviri)
Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a late-onset neurodegenerative disease, characterized by death of motor neurons in cortex, brainstem and spinal cord. It is a multifactorial disease with interacting pathogenic mechanisms. Most incidences are sporadic (SALS), while 10 per cent of cases have a family history (FALS). The genetics of ALS is complex; eight genes and six loci with autosomal dominant (AD), autosomal recessive and X-linked patterns of inheritance have been identified thus far.In this study, 198 Turkish ALS cases were investigated for SOD1 mutations. Five FALS cases were carrying disease-causing mutations, while six were carriers of a polymorphism. AD, nonconsanguineous FALS and juvenile cases were analyzed for TDP-43, FUS and ANG. One recessive homozygous D90A case was investigated by haplotype analysis with 21 Scandinavian ALS cases in search of a common ancestry. Additionally, 15 FALS and 13 juvenile cases, negative for the tested genes, were analyzed by genotyping; no significant regions were obtained. A recessive family was preselected for the identification of homozygosity regions. Five candidate genes were examined in one family member; no mutations were identified. She was also assessed by whole exome resequencing. Furthermore, this study also contributed to a collaborative genome-wide association study in SALS, where 14 month-survival advantage was shown for homozygous CC allele at rs1541160. This is the most comprehensive study performed in Turkey on the molecular genetics of ALS. The high-throughput methodologies used and the findings presented in this thesis are expected to shed light to the complex pathogenesis of ALS.
Benzer Tezler
- The genetics of sporadic als: The first Turkish gwas and novel snp and cnv association
Sporadik als genetiği: İlk Türk gwas çalışması ve yeni snp ve cnv ilişkileri
ÖZGÜN UYAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. A. NAZLI BAŞAK
- Sporadik amyotrofik lateral sklerozlu hastalarda CuZn-süperoksit dismutaz geninde mutasyon taranması
The screening of CuZn-superoxide dismutase gene mutations in patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis
ÖZNUR KANBAĞLI
- Investigating the synaptic physiology of renshaw cells and their influence on motoneuron degeneration
Renshaw hücrelerinin sinaptik fizyolojisinin incelenmesi ve bu hücrelerin motor nöron hasarındaki rolü
MUSTAFA GÖRKEM ÖZYURT
Doktora
İngilizce
2019
FizyolojiKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL SITKI TÜRKER
- Incidence and prevalence of ALS in Antalya, Turkey, in 2017-2018
Antalya il merkezinde ALS insidans ve prevalans çalışması
PARVIN TAGHIYEVA
- The molecular landscape of ALS in Turkey: A multifaceted approach to the complex genetics of ALS
Türkiye'de ALS'nin moleküler yapısı: Karmaşık ALS genetiğine çok yönlü bir yaklaşım
CEREN TUNCA
Doktora
İngilizce
2018
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
