Geri Dön

Hamsi Balığı (Engraulis encrasicolus L., 1758)'nın genom düzeyinde doku spesifik transkriptom analizi

Genome-wide tissue specific transcriptome analysis of European Anchovy Fish (Engraulis encrasicolus L., 1758)

  1. Tez No: 411502
  2. Yazar: VAHAP ELDEM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MELİKE BELKIZ ERKAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 127

Özet

Ülkemiz denizlerinde sürü oluşturan hamsi balığı, ekonomik ve ekolojik potansiyeli yüksek bir balık türüdür. Hamsi balığının ekolojik ve ekonomik açıdan önemi, yüksek üreme kapasitesi ve bununla paralel olarak populasyonları oluşturan birey sayısının fazla olmasından ileri gelmektedir. Çalışmamızda, hamsi balığının genom düzeyinde transkriptom profili Illumina HiSeq 2000 dizileme teknolojisi ortaya konulmuştur. Dizileme reaksiyonu sonucunda ~ 574 milyon temiz okuma elde edilmiş ve de novo inşaa yöntemleri ile 66,539 adet özgün transkript seti oluşturulmuştur. Biyoinformatik analizle hamsi balığının somatik doku (kas, karaciğer ve böbrek) ve juvenil bireye ait transkriptom seti, gonadal (testis ve ovaryum) transkriptom seti ile karşılaştırılmıştır. Analiz sonucunda, sırasıyla ovaryum ve testiste işlev gören; (i) 199 ve 325 protein dizisi, (ii) 62 ve 61 GO terimi, (iii) 46 ve 99 KEGG ortoloji terimi, (iv) 23 ve 27 transkriptsiyon faktörü belirlenmiştir. Ovaryum ve testis dokusu arasında 16,664 transkriptin ifadesinde (p

Özet (Çeviri)

Anchovy found in a large school of the ountry's seas is a fish species having a high economic and ecological potential. The significance of anchovies in terms of economic and ecological arised from their high reproduction capacity and in parallel with the number of individuals constituting populations. In our study, the genome-wide transcriptome profile of anchovy was determined using Illumina HiSeq 2000 sequencing technology. As a result of sequencing, ~ 574 million clean reads obtained and 66,539 unique transcript set was constructed using de novo transcriptome methods. With bioinformatic analysis, the transcriptomic sets of anchovy's somatic tissue (muscle, live and kidney) and juveniles were compared to gonadal (testis and ovary) transcriptomic sets. After analysis, (i) 199 and 325 protein sequences, (ii) 62 and 61 GO terms, (iii) 46 and 99 KEGG ontology terms and (iv) 23 and 27 transcription factors were determined in ovary and testis, respectively. A significant differences (p

Benzer Tezler

  1. The effects of the environment on the Black Sea anchovy - signals on the growth

    Çevrenin Karadeniz hamsisi üzerine etkileri- büyüme sinyalleri üzerine

    GİZEM AKKUŞ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Deniz BilimleriOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Deniz Biyolojisi ve Balıkçılık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ CEMAL GÜCÜ

  2. Hamsi balığında (Engraulis encrasicolus L., 1758) cinsiyetin belirlenmesini düzenleyen genomik lokasyonların tüm genom dizileme yaklaşımıyla belirlenmesi

    Identification of genomic regions regulating sex determination in european anchovy (Engraulis encrasicolus L., 1758) by whole-genome sequencing approach

    SELAHATTİN BARIŞ ÇAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ VAHAP ELDEM

  3. Hamsinin (engraulis encrasicolus L. 1758) balıkçılık biyolojisi bakımından çeşitli özelliklerine ilişkin bir araştırma

    A Research on the some charecteristics of anchovy (engraulis encrosicolus L. 1758) as wiew point of the fishery biology

    EMİN ÖZDAMAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Su ÜrünleriOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM ERKOYUNCU

  4. İzmir Körfezi'nde hamsi balığında (engraulis encrasicolus L., l758) (pisces: engraulidae) büyüme parametreleri

    Başlık çevirisi yok

    OYA ÖNBİLGER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1989

    Su ÜrünleriEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAVAŞ MATER

  5. Farklı paketleme tekniklerinin hamsi (Engraulis encrasicolus L., 1758) marinatı üzerine uygulanabilirliği ve kalitelerinin incelenmesi

    Investigation of the quality and application of the different packaging techniques on the anchovy (Engraulis encrasicolus L., 1758) marinate

    İRFAN KESKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Su ÜrünleriSinop Üniversitesi

    Su Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET EMİN ERDEM