Phenotypic analysis of pash-1ts mutant to understand the roles of miRNAs in UPRER
Mikro RNAların endoplazmik retikulumdaki katlanmamış protein tepkisi (KPTER)'ndeki rollerini anlamak için pash-1ts suşunun fenotipik analizi
- Tez No: 414066
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. FUNDA ŞAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Mikro RNA'lar 22 nükleotid uzunluğunda, kodlamayan transkripsiyon sonrası gen düzenleyicileridir. Güncel araştırmalar pash-1ts suşunun yüksek sıcaklıklarda idame ettirilmesiyle, miRNA biyosentezinin ilk aşamasının engellenmesinden dolayı, olgun miRNA üretemediğini göstermiştir. Yine aynı çalışmada miRNA'ların kurtçukların normal fizyolojik yapıları ve normal yaşama süreçleri için gerekli olduğu gösterilmiştir. miRNAların sentezlenmemesi durumundaki azalan yaşama ömrü ve fizyolojik malformasyonlar gözlemlendiğinde, miRNA'ların proteostatik mekanizmalardaki fonksiyonları gündeme gelmektedir. Hücreler hayatları boyunca çeşitli streslerle karşı karşıya kalırlar ve bu streslerle baş etmek için bazı mekanizmalar geliştirmişlerdir. Bunlardan bir tanesi endoplazmik retikulumdaki katlanmamış protein tepkisidir (KPTER). KPTER sadece protein katlanmasında değil bağzı farklı fizyolojik durumlarda da önemlidir; örneğin amino asit metabolizması, enerji homeostasisi ve embryonik gelişim. Tezimin amacı ER stresi altındaki miRNA'ların stres yanıtı mekanizmalarının aktivasyonu ve KPTERın düzenlenmesindeki rollerini aydınlatmaktır. Bu mekanizma pash-1ts mutantındaki stres genlerinin farklı ER streslerine gösterdiği tepkiyle araştırılmıştır. Sonuçlarımız göstermiştir ki, miRNA üretiminin durdurulması HSP-4, memelilerdeki BiP homoloğu, aktivasyonuna neden olmaktadır. Fakat ilginç bir şekilde pash-1ts mutantları kronik ER stresine karşı resistant fenotip göstermiştir. Normalde ölümcül ER stres konsantrasyonları apoptotik yolakların aktive olmasına neden olurken gözlemlediğimiz bu sonuç miRNA'ların olmayışının apoptotik yolak aktivasyonunda gecikmelere yol açabileceğini göstermiştir. Sonuçlarımızın doğruluğunun ispatı daha çok araştırma ile mümkündür. Ayrıca normalde yaşam ömrünü uzatan aktif XBP-1 proteininin pash-1ts suşunun yaşam ömrüne bir etkisi olmadığı gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
MiRNAs in ̴22 nucleotide long, noncoding RNAs that are post transcriptional gene regulators. Recent studies using conditional temperature‐sensitive (ts) mutant of the miRNA pathway, pash‐1(ts), have established that post‐developmental expression of miRNA is essential for normal lifespan and physiology. Due to the tight link between reduced lifespan and protein quality control, these observations suggest a potential involvement of miRNAs in the regulation of protein homeostasis (proteostasis). During their lifetime, cells are faced with the variety of stresses which are the reason of protein misfolding and aggregation. Throughout evolution, organisms improve stress response mechanisms to deal with the disruption of protein homeostasis. One of the stress response mechanisms is endoplasmic reticulum unfolded protein response (UPRER). UPRER is crucial not just as a stress response mechanism but also as a regulator of amino acid metabolism, the energy homeostasis and also it is indispensable for the embryonic development. The overall aim of my thesis is to investigate and establish the mechanisms by which miRNAs are involved in the regulation of UPRER upon activation of the stress response mechanisms. This has been examined by testing the effects of pash-1(ts) mutant on expression and regulation of stress genes involved in the cellular protein quality control and testing the ability of pash‐1(ts) mutants to respond to ER stress challenges that induce the UPRER. Our results demonstrated that compromised miRNA production leads to the activation of HSP-4, C. elegans homolog of BiP, in various tissues. Surprisingly, pash-1ts mutants were resistant to chronic applications of ER stressors in detrimental concentrations, which normally lead to the activation of pro-apoptotic branch of UPRER. So that our data suggest a model in which the absence of miRNA production may confer resistance to the upregulation of apoptotic pathways upon ER stress although it needs to be further studied. We also showed that XBP-1s, a cell-non-autonomous regulator of UPRER leading to the extension of lifespan, exhibited no change in lifespan of the worms lacking miRNA production. These results suggest that pash-1ts animals can be used as a new tool to study miRNA functions in the non-autonomous cell signaling in the future.
Benzer Tezler
- Kömür tozunun neden olduğu pnömokonyozda rol oynayan sitokinlerin genotipik ve fenotipik analizleri
Genotypic and phenotypic analysis of cytokines related with coal dust- induced pneumoconiosis
İLKER ATEŞ
Doktora
Türkçe
2005
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ASUMAN KARAKAYA
- Yeşil alg Chlamydomonas reinhardtii'de sec23b insersiyonel mutantlarının genetik bağlantı ve fenotipik analizleri
Genetic connection and phenotypic analysis of sec23b insersional mutants in green alg Chlamydomonas reinhardtii
ÖZGÜN MUSUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜNEVVER AKSOY
- Chlamydomonas reinhardtii'de SEC24B insersiyonel mutantlarının genetik bağlantı ve fenotipik analizleri
Genetic linkage and phenotypic analysis of Chlamydomonas reinhardtii SEC24B insertional mutants
SİBEL KALA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MÜNEVVER AKSOY
- Kalkan (Scophthalmus maeoticus Pallas, 1811) populasyonlarının moleküler genetik ve fenotipik tekniklerle analizi
Molecular genetic and phenotypic analysis of turbot populations Scopthalmus maeoticus Pallas, 1814
SERPİL KARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Su ÜrünleriMustafa Kemal ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMAL TURAN
- Konjenital faktör X eksikliği olan hastalarımızın fenotip incelemesi ve genetik analizi
Phenotype and genotype analysis of our patients with congenitally factor X deficiency
SERDAR EPÇAÇAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıYüzüncü Yıl ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET FAİK ÖNER