Geri Dön

Drug off-target prediction: A case study with aldehyde dehydrogenase inhibitor

İlaç hedef dışı proteinlerinin tahmini: Aldehit dehidrogenaz inhibitörüyle bir vaka çalışması

PDF İndir

  1. Tez No: 418848
  2. Yazar: YUSUF DOĞUŞ DOĞRU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY, PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Aldehit dehidrogenaz (ALDH) enzimleri reaktif bileşiklerin metabolize ederek hücre içi homeostazı sağlayan büyük bir enzim ailesini oluşturur. Alkol ve ksenobiyotiklerin parçalanması, amino asitlerin geri dönüşümü ve retinoik asitin sentezlenmesi gibi önemli birçok biyolojik süreçte kilit rol oynarlar. ALDH'ın önemli bir özelliği de hem normal, hem kanser kök hücreleri için belirteç niteliğinde olmasıdır. ALDH'ın bu hücrelerde koruma, faklılaşma ve çoğalma üzerinde etkisi olduğu düşünülmektedir. ALDH3A1'in küçük molekül inhibitörü olan DIMATE'ın kanser hücreleri üzerinde büyümeyi engelleyici etkileri olduğu gösterilmiştir. İlaç kirliliği ya da çok hedefli ilaç, bir ilacın birden fazla protein hedefleyebildiğini ifade eder. İlacın kirliliği ona esneklik sağlamakla beraber aynı zamanda istenmeyen yan etkilere sebep olabilir. Dolayısıyla ilaç tasarımı sürecinde yan etkilerin tahmini, istenmeyen yan etkileri önleyebilmek için önemli bir adımdır. Geriye dönük protein-ligand yerleştirme (docking) hedef dışı etkileri bulmak için kullanılabilir, ancak verimsizdir ve yüksek bilgisayar gücü gerektirir. Buna bir alternatif ise farmakofor yöntemleridir. Farmakoforlar bir molekülün biyolojik hedefiyle etkileşebilmesi için gereken kimyasal ve geometrik özelliklerin bütünüdür. Bu çalışmada DIMATE'ın olası istenmeyen hedeflerini benzerlik prensipleriyle geriye dönük moleküler yerleştirme ve farmakofor temelli analizler yaparak tahmin ettik.

Özet (Çeviri)

Aldehyde dehydrogenases (ALDH) are a large family of enzymes that maintain homeostasis through metabolizing reactive compounds. They play a pivotal role in the regulation of many important biological processes such as detoxification of alcohol and xenobiotics, amino acid salvage pathways, and retinoic acid synthesis. An attractive feature of ALDH is that it is a marker for both normal and cancer stem cells. It is thought to play a role in protection, differentiation and expansion of stem cells. DIMATE, a small molecule inhibitor of ALDH3A1, has been previously shown to display anti-proliferative effects on cancer cells. Drug promiscuity refers to a drug having multiple targets. While multiple targets confer flexibility to a drug, it also creates unintended off-targets. Off-target detection is a crucial step of drug design to prevent unwanted side effects. Reverse docking may be used to identify off-targets, but it is very inefficient and has a high computational cost. An alternative to this is pharmacophore approach. A pharmacophore is a description of the chemical and geometrical features of a compound that is necessary for its interaction with a biological target to initiate or inhibit a biological activity. In this study, we identified the possible off-targets of DIMATE through similarity based approaches employing reverse-docking and through pharmacophore based approaches.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    346194

    A novel structural protein-protein interaction network model: Its applications on drug off-target prediction and genotype-phenotype linkage

    Yeni bir yapısal protein-protein etkileşimi ağ modeli: Bu modelin ilaç uzak-hedeflerinin tahmininde ve genotip-fenotip bağlantısı kurmaktaki uygulamaları

    HATİCE BİLLUR ENGİN ARAS

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

  2. Tez No

    756253

    Distance matrices as protein representations

    Uzaklık matrislerinin protein reprezantasyonu olarak kullanımı

    MEHMET DİNÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY

  3. Tez No

    532534

    Kimyasallarla indüklenen meme kanseri oluşum mekanizmalarında olası antikanser ilaç hedeflerinin araştırılması

    Investigation of mechanisms of chemically-induced breast cancer as targets for anticancer drugs

    ELİF İNCE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Eczacılık ve FarmakolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HANDE GÜRER ORHAN

  4. Tez No

    700457

    Metastatik renal hücreli kanser hastalarında immunoterapiye cevabın değerlendirilmesinde histogram analizinin yeri

    Evaluation of immunotherapy response in metastatic renal cell carcinoma patients with histogram analysis

    SILA CANKAYA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Radyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LALE DAMGACI

  5. Tez No

    496436

    Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi

    Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection

    MUHAMMED BEKİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEVENT TRABZON

Geri Dön