Drug off-target prediction: A case study with aldehyde dehydrogenase inhibitor
İlaç hedef dışı proteinlerinin tahmini: Aldehit dehidrogenaz inhibitörüyle bir vaka çalışması
- Tez No: 418848
- Danışmanlar: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY, PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Aldehit dehidrogenaz (ALDH) enzimleri reaktif bileşiklerin metabolize ederek hücre içi homeostazı sağlayan büyük bir enzim ailesini oluşturur. Alkol ve ksenobiyotiklerin parçalanması, amino asitlerin geri dönüşümü ve retinoik asitin sentezlenmesi gibi önemli birçok biyolojik süreçte kilit rol oynarlar. ALDH'ın önemli bir özelliği de hem normal, hem kanser kök hücreleri için belirteç niteliğinde olmasıdır. ALDH'ın bu hücrelerde koruma, faklılaşma ve çoğalma üzerinde etkisi olduğu düşünülmektedir. ALDH3A1'in küçük molekül inhibitörü olan DIMATE'ın kanser hücreleri üzerinde büyümeyi engelleyici etkileri olduğu gösterilmiştir. İlaç kirliliği ya da çok hedefli ilaç, bir ilacın birden fazla protein hedefleyebildiğini ifade eder. İlacın kirliliği ona esneklik sağlamakla beraber aynı zamanda istenmeyen yan etkilere sebep olabilir. Dolayısıyla ilaç tasarımı sürecinde yan etkilerin tahmini, istenmeyen yan etkileri önleyebilmek için önemli bir adımdır. Geriye dönük protein-ligand yerleştirme (docking) hedef dışı etkileri bulmak için kullanılabilir, ancak verimsizdir ve yüksek bilgisayar gücü gerektirir. Buna bir alternatif ise farmakofor yöntemleridir. Farmakoforlar bir molekülün biyolojik hedefiyle etkileşebilmesi için gereken kimyasal ve geometrik özelliklerin bütünüdür. Bu çalışmada DIMATE'ın olası istenmeyen hedeflerini benzerlik prensipleriyle geriye dönük moleküler yerleştirme ve farmakofor temelli analizler yaparak tahmin ettik.
Özet (Çeviri)
Aldehyde dehydrogenases (ALDH) are a large family of enzymes that maintain homeostasis through metabolizing reactive compounds. They play a pivotal role in the regulation of many important biological processes such as detoxification of alcohol and xenobiotics, amino acid salvage pathways, and retinoic acid synthesis. An attractive feature of ALDH is that it is a marker for both normal and cancer stem cells. It is thought to play a role in protection, differentiation and expansion of stem cells. DIMATE, a small molecule inhibitor of ALDH3A1, has been previously shown to display anti-proliferative effects on cancer cells. Drug promiscuity refers to a drug having multiple targets. While multiple targets confer flexibility to a drug, it also creates unintended off-targets. Off-target detection is a crucial step of drug design to prevent unwanted side effects. Reverse docking may be used to identify off-targets, but it is very inefficient and has a high computational cost. An alternative to this is pharmacophore approach. A pharmacophore is a description of the chemical and geometrical features of a compound that is necessary for its interaction with a biological target to initiate or inhibit a biological activity. In this study, we identified the possible off-targets of DIMATE through similarity based approaches employing reverse-docking and through pharmacophore based approaches.
Benzer Tezler
- A novel structural protein-protein interaction network model: Its applications on drug off-target prediction and genotype-phenotype linkage
Yeni bir yapısal protein-protein etkileşimi ağ modeli: Bu modelin ilaç uzak-hedeflerinin tahmininde ve genotip-fenotip bağlantısı kurmaktaki uygulamaları
HATİCE BİLLUR ENGİN ARAS
Doktora
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Distance matrices as protein representations
Uzaklık matrislerinin protein reprezantasyonu olarak kullanımı
MEHMET DİNÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Kimyasallarla indüklenen meme kanseri oluşum mekanizmalarında olası antikanser ilaç hedeflerinin araştırılması
Investigation of mechanisms of chemically-induced breast cancer as targets for anticancer drugs
ELİF İNCE
Doktora
Türkçe
2018
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HANDE GÜRER ORHAN
- Metastatik renal hücreli kanser hastalarında immunoterapiye cevabın değerlendirilmesinde histogram analizinin yeri
Evaluation of immunotherapy response in metastatic renal cell carcinoma patients with histogram analysis
SILA CANKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Radyoloji ve Nükleer TıpSağlık Bilimleri ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. LALE DAMGACI
- Tüberküloz teşhisi için kullanılmak üzere mikro ısıtıcı tasarlanması karakterizasyonu ve üretimi
Microheater design production and characterisation for using in tuberculosis detection
MUHAMMED BEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT TRABZON