Geri Dön

Next-generation sequencing and physical mapping of wheat chromosome 5D and comparison with its wild progenitor

Buğday 5D kromozomunun yeni-nesil dizilemesi, fiziksel haritalaması ve yabani atasıyla karşılaştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 420262
  2. Yazar: BALA ANI AKPINAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HİKMET BUDAK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 127

Özet

Başlıca ekinlerimizden olan buğday, temel bir gıda maddesi ve hayvan yemi kaynağıdır. Tarımsal önemine rağmen, buğdayda genomik çalışmalar, genom özellikleri nedeniyle, uzun zamandır, diğer ekinlerin gerisinde kalmıştır. Ekmeklik buğday genomu, ~17 Gigabaz büyüklüğü ile insan genomunun neredeyse 6 katı büyüklükte olup, %80'den fazla oranda tekrarlı dizi içermektedir. Hekzaploid genomu, birbirine benzer üç alt genomdan oluştuğu için pek çok paralog ve homeolog lokusu kapsar. Bu çalışmada, tekrarlı dizi düzeni, gen içeriği ve korunması ve muhtemel tRNA içeriği dahilinde, akış sitometrisi ile saflaştırılmış, ekmeklik buğday, Triticum aestivum, 5D kromozomunu karakterize ettik. 5D kromozomunun sanal gen sırası, buğdaya özgü genom düzenlemelerinin yanısıra, korunmuş gen bloklarında pek çok karışıklık olabileceğini ortaya çıkardı. 5DS fiziksel haritası ise, gen düzleminin telomere doğru artan yoğunlukta gen adacıklarından oluştuğunu gösterdi. Fiziksel boyut tahminleri, 0.63-0.67 delesyon bölge aralığının sitogenetik tahminlerde ciddi ölçüde küçültülmüş olabileceğine işaret etti. Yabani atası Aegilops tauschii 5D kromozomu ile karşılaştırmalı analizler ise buğday genom evrimine ışık tuttu. Megabaz başına ~10.5 markör ile yüksek yoğunluklu 5DS fiziksel haritası ve 1.34x-1.61x kapsamalı tüm kromozom dizileri bu kromozomun referans dizilemesine temel teşkil etmekte olup, hem ıslahçıların hem de araştırmacıların yararlanabileceği değerli bir genomik kaynak da sunmaktadır.

Özet (Çeviri)

Wheat is a staple grain crop, essential to human nutrition and animal feed. Despite its agronomic importance, wheat genomics research has long lagged behind its counterparts, due to its genome attributes. Bread wheat genome is almost six times as large as the human genome at a size of ~17 Gigabases, and is composed of >80% repetitive elements. The hexaploid genome is organized into three related sub-genomes, giving rise to numerous paralogous and homeologous loci. In this study, we characterized the flow-sorted 5D chromosome of bread wheat, Triticum aestivum, through survey sequencing and physical mapping, including its repeat landscape, gene content and conservation and putative tRNA repertoire. The virtual gene order of 5D chromosome suggested several perturbations in synteny, in addition to a number of putatively wheat-specific genome rearrangements. The 5DS physical map revealed that its gene space is largely organized into gene islands with an increasing gradient towards the telomere. Physical size estimates on the physical map indicated that cytogenetic estimates may considerably underestimate the 0.63-0.67 deletion bin interval. Comparative analyses of its wild progenitor, Aegilops tauschii 5D chromosome shed light into wheat genome evolution. The high density 5DS physical map at ~10.5 markers/Mb and 1.34x-1.61x survey sequences of the entire chromosome provides the foundation of the reference sequencing of this chromosome and presents a valuable genomics resource that the breeders and the researchers should benefit from.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    75312

    Okunabilir kopyalama algoritmalı DSM sisteminin gerçeklenmesi

    Başlık çevirisi yok

    ÖZGÜR KORAY ŞAHİNGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TAKUHİ NADİA ERDOĞAN

  2. Tez No

    801027

    Primer immün yetmezliğe sahip hastaların klinik, immünolojik ve moleküler genetik değerlendirilmesi ve yeni tanımlanan varyantlar

    Clinical, immunological and genetic evaluation of patients with primary immunodeficiency, with identification of novel variants

    AHMET BURAK ARSLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT SELMAN YILDIRIM

  3. Tez No

    572837

    Anaerobic biodegradation potential of petroleum derived wastes under nitrate and iron reducing conditions

    Petrol türevli atıkların nitrat ve demir indirgeyici ortamlarda anaerobik biyodegredasyon potansiyeli

    MİHRİBAN SEYİS

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN İNCE

    DOÇ. SEVCAN AYDIN

  4. Tez No

    802724

    Noonan sendromu tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of clinical findings and molecular analysis results in patients diagnosed with noonan syndrome

    ELİF SARIKAYA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESRA KILIÇ

  5. Tez No

    528622

    Anaerobic biodegradation of petroleum based waste

    Petrol bazlı atıkların anaerobik biyodegradasyonu

    ASLINUR ÇALIŞIYOR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Çevre MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHAR İNCE

    DOÇ. DR. SEVCAN AYDIN

Geri Dön