Topraktan izole edilen bakterilerin tanımlanması ve tanımlanan bakterilerin roka bitkisinin (Eruca sativa) gelişmesine biyogübre olarak etkilerinin incelenmesi
Identification of bacteria isolated from soil and thei̇r effects on development of rucola (Eruca sati̇va)
- Tez No: 424504
- Danışmanlar: PROF. DR. İ. YAVUZ SEZEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Bu çalışmada orman toprağından izole edilen karışık bakteri örneklerinin saflaştırması yapılarak 30 izolat elde edilmiştir. Elde edilen izolatların Gram boyama, spor boyama ve temel mikrobiyolojik testleri yapılmıştır. VITEK2 Kompakt otomatik tanımlama sistemi ile tanımlamak için farklı koloni özelliklerine göre 25 izolat seçilmiştir. 19 izolat tanımlanamazken, 6 izolat Kocuria kristinae/ Kocuria rosae, Faclamia hominis, Micrococcus luteus/ Micrococcus lylae ve B. laterosporus birbirinden farklı türler olarak tanımlanmıştır. Bu aşamadan sonra VITEK2 kompakt otomatik tanımlama sistemi ile B. laterosporus bakterisi olduğu öngörülen izolat ile deneylere devam edilmiştir. Bu izolatın optimum büyüme sıcaklığı ve pH aralığı, çeşitli antibiyotiklere dirençliliği tespit edilmiştir. Bakterinin moleküler tanımlanması İontek firmasına yaptırılmıştır. Elde edilen dizi 16S rRNA gen nukleotit dizisi NCBI veri bankasındaki veriler ile BLASTN 2.2.28+ (Basic Local Alignment Search Tool) kullanılarak eşleştirilmiş ve eşleştirme sonucunda %92 benzerlik oranı ile Bacillus cereus, SZ2.gi|342359997|JN227670.1 olarak belirlenmiştir. Bakterinin biyogübre etkisini tespit için, CAS agar besi yerinde siderofor üretimi ve NBRIP, NBRIP-BPB, RPAM besiyerlerinde fosfor çözünürlüğü incelenmiştir. Fosfor çözünürlüğüne etki eden bakterinin ürettiği organik asitler, HPLC cihazı kullanılarak belirlenmiştir. Daha sonra bu izolatın roka bitkisinin (Eruca sativa) gelişmesine biyogübre olarak etkisi, bitki tohumlarına aşılanarak saksı çalışmalarıyla serada incelenmiştir. Elde edilen bitkiye ait (kök boyu, gövde boyu, yaprak boyu, bitki yaş ağırlığı, bitki kuru ağırlığı ve yaprak sayısı) parametrelerinin istatistik analizleri %5 hata olasılığı ile Post Hoc çoklu karşılaştırılmalı testi kullanılarak yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this work, 30 bacteria were isolated from forest soil. Gram and spor staining and also basic microbiological tests were performed on these isolates. 25 isolates were selected according to their colony morphology and then they further identified by using VITEK2 Compact Tool System. While 19 isolates were unidentified the others were identified as Kocuria kristinae/Kocuria rosae, Faclamia hominis, Micrococcus luteus/Micrococcus lylae and Brevibacillus laterosporus. Examinations were continued with isolate predicted as B.laterosporus by VITEK2 System. Optimal growth temperature, pH scale was determined and antimicrobial activity tests were performed of this isolate. Molecular identification of this isolate is carried out by IONTEK firm. Partial similarity of 16 S rRNA gene nucleotide sequences with both nucleotide (nr/nt) and reference RNA sequence (refseq_rna) databases in the NCBI gene bank was determined with using BLASTN 2.2.28+ (Basic Local Alignment Search Tool). According to BLASTN results the isolate of B. laterosporus was identified with %92, similarity rate Bacillus cereus strain SZ2.gi|342359997|JN227670.1 respectively. For biofertilizer effect of B. laterosporus, siderophores production was determined on CAS agar. The phosphate solubilization ability was surveyed on NBRIP, NBRIP-BPB, RPAM mediums. Organic acids which effecting on phosphate solubilization from bacterial production were determined with HPLC. And then, the effect on rucola plant (Eruca sativa) developing process of this isolate was examined on the greenhouse condition in flowerpot. Statistical analysis of data's (stem height, stem length, leaf length, plant fresh weight of plant dry weight and number of leaves) were carried out by the post hoc multiple comparisons test.
Benzer Tezler
- Antarktika kaynaklı örneklerden dalapon herbisitini parçalayan bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve tanısı
Isolation, characterization and identification of dalapon herbicide degrading bacterium from antarctic samples
SÜLEYMAN FARUK KIRKINCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YILMAZ KAYA
DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY
- Tarım toprağından aerobik denitrifikasyon bakterilerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of aerobic denitrifiers from agricultural soil
EBRU ÇELEN
- Çeşitli kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin in vitro biyoaktif özelliklerinin değerlendirilmesi
In vitro bioactive effects of lactic acid bacteria isolated from various sources evaluation of features
ESMAA SALIM SULAIMAN HAMOSHY
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMAGÜN AYDIN
- Topraktan dehalogenaz geni barındıran bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve tanımlanması
Isolation, characterization and identification of bacteria containing dehalogenase gene from soil
GÜLFİDAN KUYUMCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YILMAZ KAYA
- Implementation of IPM strategies to control bacterial diseases of stone fruits and nuts caused by copper resistant/ tolerant pseudomonads and xanthomonads
Bakıra dayanıklı/ tolerant pseudomonads ve xanthomonads'ların sert çekirdekli meyveler ve cevizde neden oldukları bakteriyel hastalıkların kontrolünde tamamlayıcı IPM stratejileri
İREM ALTIN
Doktora
İngilizce
2021
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA MİRİK
PROF. DR. EMİLİO STEFANI