CRISPR\Cas9 yöntemi aracılığı ile insan CCDC 124 geni delesyonunun hücre bölünmesi üzerine etkileri
Effects of CRISPR\Cas9 mediated human CCDC124 gene deletion on cellular division
- Tez No: 424506
- Danışmanlar: PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Mantardan insana kadar tüm ökaryotlarda korunmuş bir protein olan Ccdc124 lokalizasyonu ve işlevi yeni tanımlanmış bir sentrozom proteinidir. Memeli hücrelerinde, hücre döngüsünün anafaz evresine kadar sentrozomda konumlanan Ccdc124 proteini post-anafaz evresinde orta cisimciğe (midbody) göç etmektedir. Daha önce yapılan çalışmalarla CCDC124 geninin ifadelenmesinin baskılandığı veya aşırı arttırıldığı durumlarda hücrelerin sitokinezi başarıyla tamamlayamadığı ve çok çekirdekli hücrelerin meydana geldiği belirlenmiştir [Telkoparan, 2013], [Arslan, 2015]. Yapılan bu çalışmayla bu proteine ait genin, günümüzde en çok çalışılan yöntemlerinden biri olan CRISPR\Cas9 yöntemi ile delesyona uğratılması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda, HEK293T hücrelerinde CCDC124 geninin 2. ve 3. ekzonlarını hedefleyen CRISPR\Cas9 rehber oligoları tasarlanmış ve bu bölgelerde oluşan çeşitli uzunluklarda delesyon ve insersiyonlar sekans analizleriyle doğrulanmıştır. Elde edilen CCDC124 geni modifikasyonlarının, bazı mutant hücre hatlarında proteinin ifadelenmesinin tamamen ortadan kalkması ile bazı mutant hücre hatlarında ise daha küçük bir proteinin sentezlenmesi ile sonuçlandığı immünoblot teknikleriyle saptanmıştır. Mutant hücre hatlarında meydana gelen morfolojik değişiklikler mikroskobik görüntüleme teknikleri kullanılarak kaydedilmiştir. Akım sitometri analizleriyle genin mutasyona uğratılmasının sitokinez mekanizmasında olumsuz bir etki yaratarak sitoplazma bölünmesini engellediği ve populasyondaki çok çekirdekli hücre sayısında belirgin bir artışa sebep olduğu tespit edilmiştir. Bunu takiben immünboyama çalışmalarında çekirdeğe özgü antikor kullanılarak tek bir hücre zarı içerisinde çoklu çekirdek yapısı gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Ccdc124 (Coiled-coil domain-containing 124), conserved from fungi to humans, is a centrosome protein whose function and localisation is recently identified. In mammals, it is localized at centrosome until anaphase and migrates to the midbody in post anaphase during the cell cycle. In previous studies it was shown that cells with under/over expressed CCDC124 gene failed to complete cytokinesis and turned into multinuclated cells [Telkoparan, 2013], [Arslan, 2015]. The aim of this study is the deletion of the CCDC124 gene by CRISPR\Cas9 system which is one of the most recent common techniques nowadays. Accordingly, CRISPR\Cas9 guide oligonucleotides targeting the second and third exons of CCDC124 gene in HEK293T cells are designed as well as various deletion and insertion mutations in the relevant locus were validated by sequence analysis technique. The CCDC124 gene modifications in some of the mutant cell lines resulted in a total disappearance of the protein expression whereas some other mutant cell lines appeared with a little protein expression which are detected with a immunoblotting tecniques. The morphological changes of mutant HEK293T cells are analyzed by microscopic screening techniques. Mutations of the gene has caused a negative effect on the cytokinesis machinery and prevented the cytoplasmic division and along with the significant increase in the polynuclear cell number. In addition to this, the nuclei of polynuclear cells are observed by using specific antibodies in immunostaining study.
Benzer Tezler
- CRISPR-Cas9 based investigation of chromatin modifiers in human somatic cell reprogramming
CRISPR-Cas9 aracılığı ile kromatin modifiye eden genlerin insan hücre yeniden programlanmasında incelenmesi
CAN AZTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- TGFBI genindeki R555W mutasyonunun, CRISPR/Cas9 ile indüklenmiş homoloji yönelimli onarım tekniği kullanılarak oluşturulmasına yönelik gRNA, donör DNA tasarımı ve vektör dizaynı
Vector design with gRNA and donor dna design for the generation of R55W mutation in the TGFBI (transforming growth factor beta induced) gene by using CRISPR/Cas9 induced homology-directed repair technique
SEREN MIZRAK DANACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DUDU ERKOÇ KAYA
- Generation and validation of genome editing tools for mouse CatSper β & Ɣ using CRISPR/Cas9 and split-EGFP systems
Fare CatSper β & Ɣ genlerinin CRISPR/Cas9 ve ayrık-EGFP sistemleri için genom değiştirme araçlarının oluşturulması ve doğrulanması
YUSUF İŞERİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
YRD. DOÇ. DR. JEAN-JU L.CHUNG
- Glioma hücrelerinde stres proteinlerinin anlatımında HSF1'in rolü
The role of HSF1 on stress proteins expressions in glioma cells
ELÇİN GÜNGÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EVREN ÖNAY UÇAR
- Improvement of Bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilisPY79 VIA CRISPR/CAS9 technology
Bacillus subtilis PY79 suşunda basilisin biyosentezinin CRISPR/CAS9 teknolojisi ile iyileştirilmesi
HADEEL WALEED ABDULMALEK
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ