TGFBI genindeki R555W mutasyonunun, CRISPR/Cas9 ile indüklenmiş homoloji yönelimli onarım tekniği kullanılarak oluşturulmasına yönelik gRNA, donör DNA tasarımı ve vektör dizaynı
Vector design with gRNA and donor dna design for the generation of R55W mutation in the TGFBI (transforming growth factor beta induced) gene by using CRISPR/Cas9 induced homology-directed repair technique
- Tez No: 756460
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DUDU ERKOÇ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Transforming growth factor beta-induced protein (TGFBIp), bir hücre dışı matriks proteinidir ve Transforming growth factor beta-induced (TGFBI) geni tarafından kodlanır. Kromozom 5q31.1 lokasyonunda bulunan TGFBI geninde tanımlanmış 70 farklı mutasyon kanser, çeşitli bozukluklar ve korneal distrofilere sebep olmaktadır. Özellikle 4 ve 12. ekzonlarda meydana gelen sıcak nokta mutasyonlarının sırasıyla R124H, R124C, R124L; R555W ve R555Q değişimlerine sebep olduğu gösterilmiştir. Granüler kornea distrofisi tip 1 (GCD1), TGFBI geninin ekzon 12 bölgesindeki R555W sıcak nokta mutasyonu sonucu oluşmaktadır. Kornea distrofilerine neden olan mutasyonlar ve hastalıkla ilişkileri uzun zamandır bilinmesine rağmen fenotipin ortaya çıkmasına neden olan mutasyonunun düzeltilmesi ancak genomda değişiklikler yapılmasıyla mümkün olabilir. Genom düzenleme, DNA kırıklarını tamir eden doğal hücresel yollar aracılığı ile bir hücrenin veya organizmanın genomunu düzenlemek için kullanılan bir teknolojidir. Yakın zamanda keşfedilen ve bakteriyel savunma sistemi olarak işlev gören RNA aracılı kümelenmiş düzenli aralıklarla bölünmüş kısa palindromik tekrar dizileri (CRISPR) ve CRISPR ilişkili protein 9 (Cas9) sistemi (CRISPR/Cas9) günümüzde en yaygın gen modifikasyon yöntemi olarak kullanılmaktadır. CRISPR/Cas9 sisteminin tasarımının kolay ve etkinliğinin yüksek olması ve ayrıca ucuz olması sebebiyle birçok alanda çeşitli amaçlar için kullanılmaktadır. İnsan hastalıklarının moleküler ve fizyolojik gelişimlerinin anlaşılması ve ilaç geliştirme çalışmalarının etkin bir şekilde yapılabilmesi için uygun hastalık modelleri oluşturmak bu amaçlardan biridir. CRISPR/Cas9 genom düzenleme aracını kullanarak yapılan hastalık modelleme çalışmalarının ön adımı olarak hedef bölgede TGFBI geni ekzon 12'de R555W mutasyonunu oluşturmak üzere; hedef bölgeye özgü rehber RNA (single guide RNA; sgRNA) ve donör DNA biyoinformatik araçlar kullanılarak dizayn edilmiş ve özgün rehber RNA pCAG-eCas9-GFP-U6-gRNA plazmid vektörüne aktarılmıştır.
Özet (Çeviri)
Transforming growth factor beta-induced protein (TGFBIp) is an extracellular matrix protein and is encoded by the Transforming growth factor beta-induced (TGFBI) gene. 70 different mutations defined in the TGFBI gene located on chromosome 5q31.1, which cause cancer, various disorder and corneal dystrophies. In particular, it has been shown that hot spot mutations occuring in exons 4 and 12, which respectively cause R124H, R124C, R124L; R555W and R555Q changes. Granular corneal dystrophy type 1 (GCD1) is caused by the R555W hot spot mutation in exon 12 of the TGFBI gene. Although the mutations that cause corneal dystrophies and their relationship with the disease have been known for a long time, correction of the mutation that causes the emergence of the phenotype can only be possible by making changes in the genome. Genome editing is a technology used to edit the genome of a cell or organism through natural cellular pathways that repair DNA breaks. The recently discovered RNA-mediated system of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-related protein 9 (Cas9) system (CRISPR/Cas9), which functions as a bacterial defense system, is currently used as a most common gene modification method. CRISPR/Cas9 system is used for various purposes in many fields due to its easy design, high efficiency and also its cheapness. One of these aims is to create appropriate disease models in order to understand the molecular and physiological developments of human diseases and to carry out drug development studies effectively. In this study, As a preliminary step in disease modeling studies using the CRISPR/Cas9 genome editing tool, to create the R555W mutation in the TGFBI gene exon 12 in the target region; The target site-specific guide RNA (single guide RNA; sgRNA) and donor DNA were designed using bioinformatics tools and the specific guide RNA was transferred into the pCAG-eCas9-GFP-U6-gRNA plazmid vector.
Benzer Tezler
- Granüler kornea distrofisi tip 1 hastalarının periferal kan mononükleer hücrelerinde TGFBI genindeki R555W mutasyonunun CRISPR/Cas9 teknolojisi ile düzenlenmesi
Editing of the R555W mutation in TGFBI gene in peripheral blood mononuclear cells of granular corneal dystrophy type 1 patıents using CRISPR/Cas9 technology
BURAK DAĞDELEN
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HİLAL ARIKOĞLU
- Granüler kornea distrofili ailelerde TGFBI (transforme edici büyüme faktörü beta tarafından indüklenen) gen mutasyonların araştırılması
Investigation of TGFBI (transforming growth factor beta induced) gene mutations in Turkish families with granular corneal dystrophy
FATMA MALKONDU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ARIKOĞLU
- CRISPR/Cas9 genom düzenleme aracı kullanarak TGFBI geninde R124H mutasyonu oluşturmaya yönelik gRNA ve donör DNA tasarlama ve dh5α vektörüne klonlama
Design of donor DNA sequences with gRNA for creating the R124H mutation in the TGFBI gene and creation of CRISPR/Cas9 structures
BÜŞRA KALDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ARIKOĞLU
- Türk popülasyonundaki kistik fibrozis hastalarında TGFB1 ve CD14 gen polimorfizmleri ile hastalık prognozu arasındaki ilişkinin araştırılması
The relationship between TGFB1 and CD14 gene polymorphisms and the prognosis of the disease in cystic fibrosis patients in Turkish population
SONAY TEMURHAN
- TGFBI geninde genom düzenleme tekniği ile oluşturulan varyasyonların zebra balığı korneasındaki fenotipik etkilerinin incelenmesi
Evaluation of phenotypic effects of genome editing mediated tgfbi variation on zebrafish cornea
FULYA YAYLACIOĞLU TUNCAY
Doktora
Türkçe
2019
Göz HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER