Geri Dön

Investigating the role of RNA-binding proteins (RBPs) in explaining differential gene expression in cancer

RNA'ya bağlanan proteinlerin kanserde gen ifade değişimine olan etkilerinin incelenmesi

  1. Tez No: 425843
  2. Yazar: ATEFEH LAFZI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, YRD. DOÇ. DR. HİLAL KAZAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoistatistik, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biostatistics, Bioengineering, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Kansere yol açan etmenleri bulmayı amaçlayan çalışmalar özellikle kanserli ve normal hücreler arasında farklı ifadesi olan genlerin regülasyonunu incelemektedir. Şu ana kadarki çalışmaların büyük bir kısmı sadece transkripsiyonel kontrolle ilgili etmenleri dikkate alarak bu ifade değişimlerini açıklamaya çalışmıştır. Son çalışmalar, transkripsiyon sonrası kontrolün (TSK) de gen ifadelelerini kontrol eden önemli bir mekanizma olduğunu göstermiştir. Transkripsiyon sonrası kontrol RNA-ya bağlanan proteinler (RBP) ve miRNAların hedef genlere bağlanmasıyla gerçekleştirilmektedir. Bu tez kapsamında, ifadesi değişen RBPlerin sayısının en fazla olduğu LUSC (akciğer sküamoz karsinomu) kanserinde, kanserde ölçülen gen ifadelerini, gen kopya sayıları, DNA metilasyonu, transkripsiyon faktörleri, miRNAları ve RBPlerin etkilerini göz önüne alarak tahmin eden bir istatistiksel model geliştirildi. Diğer özniteliklere ek olarak RBPlerin kullanılması bu modelle tahmin edilen ifadelerle bilinen gen ifadeleri arasındaki Spearman korelasyonunu önemli ölçüde arttırdı. Öznitelik seçimiyle LUSCde önemli rol oynayan RBler bulunmuş ve bu RBPlerin ifadelerinin değişim gösterdiği tespit edilmiştir. Modelde öğrenilen parametreler incelenerek bu RBPlerin hedefleri bulunmuş ve CLIP-deneyiyle bulunan hedeflerle karşılaştırılmıştır. Son olarak Kaplan-Meier analizi ile bu RBPlerin bazılarının kurtulma olasılığını tahmin edebildiği bulunmuştur. Bu sonuçlar kanserde gen ifade değişimlerinin daha iyi anlaşılması için RBPlerin de göz önüne alınması gerektiğini göstermektededir.

Özet (Çeviri)

Most of the studies on cancer have tried to explain the observed differential gene expression considering only transcriptional regulation. However, post-transcriptional regulation (PTR) has been increasingly recognized as a complex mechanism that also controls various steps of gene expression regulation. Post-transcritional regulation is governed by the interactions of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNAs (miRNAs) with their target genes. In this thesis, having found that several RBPs are differentially expressed in Lung squamous cell carcinoma (LUSC), we developed a statistical model which incorporates copy number variation, DNA Methylation and the regulatory effects of transcription factors, miRNAs and RBPs to predict gene expression in cancer. Including RBP-based regulation in addition to other features significantly increased the Spearman rank correlation between predicted and measured expression of held-out genes. Using a feature selection procedure we identified the candidate RBP regulators in LUSC and confirmed that many of them are also differentially expressed. We also determined the targets of these RBPs and compared them with CLIP-determined targets. Lastly, we performed Kaplan-Meier survival analysis, and showed that some of our candidate RBP regulators have prognostic power in LUSC. Our results suggest that the regulatory effects of RBPs have to be considered to explain differential gene expression in cancer.

Benzer Tezler

  1. Investigation and in silico confirmation of interactions between nucleic acids and proteins

    Nükleik asitler ve proteinler arasındaki etkileşimlerin araştırılması ve ın silico doğrulanması

    SAJJAD NEMATZADEH MIANDOAB

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİZAMETTİN AYDIN

    DR. ZEYNEB KURT

  2. Exploring functional dynamıcs of bacterial and human ribosome structures via coarse grained techniques

    Bakteri ve insana ait ribozomal kompleks dinamiğinin kaba ölçekli teknikler ile araştırılması

    PELİN GÜZEL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  3. Investigating the roles of CREBBP/EP300 and BRD9 in somatic cell reprogramming to pluripotency

    CREBBP/EP300 ve BRD9'un somatik hücrelerin pluripotensiye yeniden programlamasındaki rollerinin araştırılması

    KENAN SEVİNÇ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    GenetikKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER

  4. Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein

    Investigation of mechanoregulatory role of desmin protein

    NİLÜFER DÜZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PERVİN RUKİYE DİNÇER

  5. CCDC84'ün RNA kırpılması (Splicing) sürecindeki rolünün araştırılması

    Investigation of the role of CCDC84 in splicing process

    İDRİS ER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERSAN KALAY