Gelişen pamuk tohumlarında mikroRNA'ların tanımlanması, karakterizasyonu ve gossipol içermeyen pamuklarla ifadelerinin karşılaştırılması
Identification and characterization of microRNAs in developing cotton seeds and comparisation of its expressions with non-gossypol cottons
- Tez No: 426720
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞENGÜL KARAMAN, PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 999
Özet
Bu çalışmada Gossypium hirsutum (Pamuk) türüne ait gossipollü ve gossipolsüz çeşitlerde gelişen pamuk tohumlarının mikroRNA profilleri, yeni nesil küçük RNA-dizileme, RNA-dizileme ve biyoenformatik yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Küçük RNA dizilemesinden elde edilen veriler sistematik bir şekilde G. hirsutum, G. arboreum, G. barbadense, G. raimondii genomlarına, RNA-dizilemesinden elde edilen de novo transkriptoma ve NCBI'daki G. hirsutum EST ve GSS dizilerine hizalanarak karşılaştırmalı bir şekilde korunmuş ve yeni G. hirsutum miRNAları karakterize edilmiş ve gossipol oluşumunda görev alabilecek potansiyel miRNAlar belirlenmiştir. Ayrıca farklı ifade olan miRNAların hedef genleri belirlenmiş, gen ontoloji analizleri ve KEGG yolak analizleri yapılmıştır. Seçilen miRNAlar kantitatif eş-zamanlı polimeraz zincir tepkimesiyle (qRT-PCR) doğrulanmış ve ifadeleri kıyaslanmıştır. Sonuçta, gelişen gossipollü ve gossipolsüz pamuk tohumlarında yer alan korunmuş ve yeni miRNAlar belirlenmiş ve aynı cinsin türleri arasında genom poliploidisine miRNA seviyesinde karşılaştırmalı yaklaşımlarda bulunulmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study, microRNA profiles of developing seeds from cotton and non-gossypol cotton in Gossypium hirsutum were analyzed by using next generation small RNA sequencing, RNA sequencing, and bioinformatics methods. Data obtained from small RNA sequencing were systematically mapped to genomes of G. hirsutum, G. arboreum, G. barbadense, G. raimondii, and de novo transcriptome obtained from RNA sequencing, and EST-GSS sequences of G. hirsutum from NCBI. Conserved and novel G. hirsutum miRNAs were comparatively characterized, and potential miRNAs may be assigned to gossypol formation were determined. Furthermore, target gene analysis, gene ontology analysis, and KEGG pathway analysis of differentially expressed miRNAs were performed. Selected miRNAs were validated and its expression profiles compared with qRT-PCR. Consequently, conserved and novel miRNAs in developing cotton seeds with and without gossypol were discovered and polyploidy among species of same genus were analyzed in the miRNA level approach.
Benzer Tezler
- Pamuk kültürü içerisinde Geliçin (Sorghum halepense (L.)Pers.) gelişme biyolojisi ve antep turpunun (Raphanus sativus L.) bu biyolojik gelişmeye allelopatik ve biyoherbisit etkisinin araştırılması
A Studies on development biology of Johnsongrass (Sorghum halepense (L.)pers.) in cotton fields and allelopathic and bioherbicidal effect of Raphanus sativus L. on the biology of S. halepense
T.FİKRET KÖSELİ
- Farklı pleurotus türlerinde misel gelişiminin optimizasyonu ve yetiştirme ortamındaki performanslarının belirlenmesi
Optimization of mycelium development in different pleurotus species and determination of performances in substrate
DUYGU SOLAKOĞLU SÖNMEZ
- Çevik yazılım test süreçlerinde risk analizi çalışması
Risk analysis study in agile software test processes
IŞILAY PAMUK CANDAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLAY KORKUSUZ POLAT
- Pamuk / bambu karışımlı süprem kumaşlarda ısıl düzenleme özelliğinin deneysel olarak araştırılması
Experimental investigation of thermal regulation of thermal regulation feature in cotton/ bamboo blended supreme fabrics
OĞUZHAN KARAKAŞ
Doktora
Türkçe
2023
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FÜSUN DOBA KADEM
- Seramik sektöründe deneyimsel pazarlama: Kurumsal bağlamda bir uygulama
Experiential marketing in ceramics sector: An application in corporate context
BETÜL PAMUK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
İşletmeİzmir Katip Çelebi Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİNAN NARDALI