Gelişen pamuk tohumlarında mikroRNA'ların tanımlanması, karakterizasyonu ve gossipol içermeyen pamuklarla ifadelerinin karşılaştırılması
Identification and characterization of microRNAs in developing cotton seeds and comparisation of its expressions with non-gossypol cottons
- Tez No: 426720
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞENGÜL KARAMAN, PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Moleküler biyoloji, Molecular biology
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada Gossypium hirsutum (Pamuk) türüne ait gossipollü ve gossipolsüz çeşitlerde gelişen pamuk tohumlarının mikroRNA profilleri, yeni nesil küçük RNA-dizileme, RNA-dizileme ve biyoenformatik yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Küçük RNA dizilemesinden elde edilen veriler sistematik bir şekilde G. hirsutum, G. arboreum, G. barbadense, G. raimondii genomlarına, RNA-dizilemesinden elde edilen de novo transkriptoma ve NCBI'daki G. hirsutum EST ve GSS dizilerine hizalanarak karşılaştırmalı bir şekilde korunmuş ve yeni G. hirsutum miRNAları karakterize edilmiş ve gossipol oluşumunda görev alabilecek potansiyel miRNAlar belirlenmiştir. Ayrıca farklı ifade olan miRNAların hedef genleri belirlenmiş, gen ontoloji analizleri ve KEGG yolak analizleri yapılmıştır. Seçilen miRNAlar kantitatif eş-zamanlı polimeraz zincir tepkimesiyle (qRT-PCR) doğrulanmış ve ifadeleri kıyaslanmıştır. Sonuçta, gelişen gossipollü ve gossipolsüz pamuk tohumlarında yer alan korunmuş ve yeni miRNAlar belirlenmiş ve aynı cinsin türleri arasında genom poliploidisine miRNA seviyesinde karşılaştırmalı yaklaşımlarda bulunulmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study, microRNA profiles of developing seeds from cotton and non-gossypol cotton in Gossypium hirsutum were analyzed by using next generation small RNA sequencing, RNA sequencing, and bioinformatics methods. Data obtained from small RNA sequencing were systematically mapped to genomes of G. hirsutum, G. arboreum, G. barbadense, G. raimondii, and de novo transcriptome obtained from RNA sequencing, and EST-GSS sequences of G. hirsutum from NCBI. Conserved and novel G. hirsutum miRNAs were comparatively characterized, and potential miRNAs may be assigned to gossypol formation were determined. Furthermore, target gene analysis, gene ontology analysis, and KEGG pathway analysis of differentially expressed miRNAs were performed. Selected miRNAs were validated and its expression profiles compared with qRT-PCR. Consequently, conserved and novel miRNAs in developing cotton seeds with and without gossypol were discovered and polyploidy among species of same genus were analyzed in the miRNA level approach.
Benzer Tezler
- Serebrovasküler olay sonucu hemipleji gelişen hastalarda somatosensoriyel uyartılmış potansiyellerin hastanın rehabilitasyon yönünden prognozunu belirlemedeki önemi
Başlık çevirisi yok
NERGİS ÇAĞATAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1989
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonGazi ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BEYAZOVA
- Sanayi politikaları ve planlı dönemde imalat sanayine etkileri
Başlık çevirisi yok
AHMET CAFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
EkonomiGazi ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YALÇIN EROL
- Pulmoner hipertansiyon etyopatogenezinde prostasiklin ve lökotrien C4'ün rolü
Possible role of leukotrien C4 and prostacyclin in the development of pulmonary hypertension
ÜLKÜ AYBERK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Mikrobiyoloji laboratuvarlarında kaza nedeni oluşan enfeksiyonlar
Başlık çevirisi yok
ŞENAY TÜRE
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiKazaların Çevresel ve Teknik Araştırması Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. KAZIM KURTAR
- Üniversite ile ilgili kanun ve yönetmeliğin bilgisayara aktarılması
Başlık çevirisi yok
NAFİYE MESTANOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ MANAS