Viridans grubu streptokokların tanısında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması ve antibiyotik direncinin araştırılması
Comparison of methods used to diagnose viridans group streptococci and analysis of antibiotic resistance
- Tez No: 428960
- Danışmanlar: PROF. DR. DENİZ GÜR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Viridans grubu streptokoklar, koyun kanlı agarda alfa-hemolitik veya non-hemolitik koloniler oluşturan, gram-pozitif kok şeklinde mikroorganizmalardır. Oral kavitede, üst solunum yollarında, gastrointestinal sistemde, ürogenital bölgede ve deride normal flora olarak yer alırlar. Dental işlemlerden sonra bakteriyemi, endokardit, menenjit ve septisemi yapabilirler. Bakterilerin hızlı ve doğru olarak tanımlanmaları tedavi başarısı için gereklidir. Taksonomik sınıflandırmaları ve tür isimlerinin değişmesi nedeniyle tanıda zorluklar yaşanmaktadır. Günümüzde otomatize sistemler ve moleküler yöntemlerin kullanımı ile bu sorun aşılmaya çalışılmaktadır. Bakterilerin en az mutasyona uğrayan bölgesi olan 16S rRNA bölgesi, bakterilerin filogenetik ilişkisinin ve genetik şifresinin değişmeyen bir bölgesidir. Taksonomik amaç için kullanılan 16S rRNA dizi analizi en doğru sonuç veren moleküler yöntemdir. Viridans grubu streptokokların sebep olduğu endokardit ve bakteriyeminin tedavisinde penisilinin tercih edilen bir ilaç olmasına karşın, son yıllarda çeşitli antibiyotiklere karşı direnç ortaya çıkmaktadır. Viridans grubu streptokokların antibiyotik duyarlılıklarının bilinmesi, ampirik tedavinin belirlenmesinde önemlidir. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi merkez laboratuvarında, 2005-2013 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve otomatize sistem (Phoenix (Becton Dickinson, New Jersey, ABD) ile tanımlanmış olan 122 viridans grup streptokok suşu MALDI-TOF MS (BioMerieux, Fransa) yöntemi ile yeniden tanımlanmış ve tanımlamalar 16S rRNA dizi analiziyle doğrulanmıştır. Bunun yanısıra, European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) standartları esas alınarak penisilin, klindamisin, sefazolin, sefotaksim ve vankomisin için direnç oranları mikrodilüsyon yöntemi ile araştırılmıştır. Sonuç olarak, antibiyotik direnç oranları sırası ile; penisilin, klindamisin, sefazolin, sefotaksim ve vankomisin için sırası ile %52, %22,9, %33, %18, %0 bulundu. Phoenix sisteminin doğru tanımlaması %56,5 iken, VITEK MS ile viridans streptokok izolatları %86 doğru tanımlanıldı. VITEK MS viridans streptokokların tanımlanması için hızlı, güvenilir ve kolay yöntem olarak önerilebilir.
Özet (Çeviri)
Viridans group streptococci are gram positive cocci which produce alfa-hemolytic and non-hemolytic colonies in sheep blood agar. They are also members of normal flora in oral cavity, upper airways, gastrointestinal and urogenital systems. They may cause bacteremia, endocarditis, meningitis and septicemia after dental procedures. Rapid and correct identification of bacteria are necessary for treatment success. They constitute diagnostic difficulties due to the changes in their taxonomic classification and species names. Problems faced are being solved with current development of new molecular methods and automated systems. The most mutation-resistant sequence of bacteria is 16S rRNA area which constitutes an unchanged area for phyloenetic relationship between bacteria and their genetic code as well. Sequence analysis of 16S rRNA is used for taxonomic purposes and it is a molecular method with most accurate results. Although penicillin is a drug of choice for endocarditis and bacteremia caused by viridans group streptococci, resistance against alternative antibiotics suggest in recent years. Knowing antibiotic sensitivity profile of viridans streptococci is important to coordinate empirical therapy. In this study, 122 viridans streptococci species isolated from various clinical specimens in Hacettepe University central laboratory between 2005 and 2013 and automatized Phoenix system (Becton Dickinson, New Jersey, ABD) and VITEK MS (BioMerieux, France) methods are compared both of which are used to identify viridans streptococci and identification was confirmed with 16S rDNA sequence analysis. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) with reference gudielines, resistance ratios was investigated by minimum inhibitory concentration method for penicillin, clindamycin, cefazoline, cefotaxime, and vancomycin. As a result, the rates of resistance was detected by microdilution; 52%, 22.9%, 33%, 18%, 0%, respectively. 86% viridans group streptococci isolates were correctly identified by VITEK MS ,whereas correct identification of phoenix system was 56.5%. VITEK MS can be recommended as an easy, fast and reliable method for viridans group streptocci identification.
Benzer Tezler
- Bakteriyel vajinoz: Klinik ve mikroskopik tanısı, aerop-anaerop kültür sonuçları ve Mobiluncus SPP'nin önemi
Başlık çevirisi yok
MÜGE ÖZALP
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1997
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZAHAT GÜRLER
- Muayene materyallerinden ayrılan streptokokların gruplandırılması ve kemoterapötiklere duyarlılıkları
Başlık çevirisi yok
HAKAN KUNDURACILAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1991
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıTrakya ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MURAT H. TUĞRUL
- Klinik örneklerden izole edilen gram pozitif, katalaz negatif kokların identifikasyonu
The identification of gram positive catalase negative cocci isolated from clinical specimens
NERİMAN AYDIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1992
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ENİS DALKILIÇ
- Çeşitli hasta grubu ve sağlıklı kişilerden izole edilen viridans grubu streptokoklarda antibiyotik direncinin araştırılması
Antibiotic resistance of viridans group streptococci isolated from different patients groups and healthy persons
SEÇİL CAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Otitis Externa'lı köpeklerden izole ve identifiye edilen bakterilerin fluoroquinolon grubu antibiyotiklere duyarlılıklarının araştırılması
The Research of the sensitivity of bacteria isolated and identified from the dogs with otitis externa, to fluoroquinolones
MELTEM ŞEKERCİOĞLU
Doktora
Türkçe
2001
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER AKAY
PROF. DR. HÜSEYİN YILMAZ