Farklı DNA markörleri kullanarak amasya elmasının doymuş genetik haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of amasya apple using different DNA markers
- Tez No: 431046
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Elma, Genetik harita, SNP, SSR, AFLP, Apple, Genetic map, SNP, SSR, AFLP
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 351
Özet
Amasya elması kendine özgü hoş kokusu, aroması ve uzun süre bozulmadan depolanabilme özellikleri yönünden önemli bir yerel çeşidimizdir. Bu çalışmada, 'Kaşel-37' x 'Delbarestivale' melezlemesinden elde edilen 180 F1 bitkisi ile farklı DNA markör sistemleri kullanılarak Amasya elmasında doymuş bir genetik haritanın oluşturulması amaçlanmıştır. 'Kaşel-37' ve 'Delbarestivale' çeşitlerine ait iki ayrı genetik bağlantı haritaları SNP ve SilicoDArT, SSR, AFLP, E-STS, RGA ve diğer markörler ile 'double pseudo testcross' haritalama metodu kullanılarak oluşturulmuştur. 'Kaşel-37' çeşidinin genetik haritasında 17 bağlantı grubu üzerinde, 3,903 SNP ve SilicoDArT, 342 SSR, 210 AFLP, 8 adet E-STS, 1 RGA ve 4 adet farklı özellikler ile ilişkili markör olmak üzere toplam 4,468 markör yer almıştır. Ortalama markör sayısı 262.8 ve markörler arası ortalama uzaklık 0.51 cM olarak hesaplanmıştır. Toplam harita uzunluğu 2,284.7 cM, ortalama bağlantı grubu uzunluğu ise 134.4 cM olarak hesaplanmıştır. 'Delbarestivale' çeşidinin genetik haritasında 17 bağlantı grubu üzerinde, 3,527 SNP ve SilicoDArT, 340 SSR, 185 AFLP, 5 adet E-STS, 1 RGA ve 6 adet farklı özellikler ile ilişkili markör olmak üzere toplam 4,064 markör yer almıştır. Ortalama markör sayısı 239.1 ve markörler arası ortalama uzaklık 0.60 cM olarak hesaplanmıştır. Toplam harita uzunluğu 2,438.6 cM, ortalama bağlantı grubu uzunluğu ise 143.5 cM olarak hesaplanmıştır. Her iki çeşide ait doymuş genetik haritaların oluşturulması ve markörlerin kromozom üzerinde yerlerinin belirlenmiş olması, ileride bu F1 bitkilerden elde edilen fenotipik verilerin kullanılması ile birlikte QTL (Quantitative Trait Loci) analizleri gerçekleştirilecek ve yeni markörler de geliştirilebilecektir.
Özet (Çeviri)
Amasya is one of the most important local apple cultivars in Turkey due to its nice smelling, highly aromatic and long storable fruits. In this study, it was aimed to construct a high genetic linkage map of Amasya cultivar by using different molecular marker systems and 180 F1 plants from 'Kaşel-37' (female parent) and 'Delbarestivale' (male parent) cross. Genetic linkage maps of 'Kaşel-37' and 'Delbarestivale' cultivars were constructed using SNP, SilicoDArT, SSR, AFLP, E-STS, RGA and other markers by applying 'double pseudo testcross' strategy. The genetic map of 'Kaşel-37' cultivar had a total of 4,468 markers on 17 linkage groups (LGs): 3,903 SNP and SilicoDArT, 342 SSR, 210 AFLP, 8 E-STS, 1 RGA and 4 markers linked to specific characters. The average number of marker per LG was 262.8 and the average marker density was 0.51 cM. The total map length was 2,284.7 cM and an average of LG length was 134.4 cM. The genetic linkage map of 'Delbarestivale cultivar had a total of 4,064 markers on 17 linkage groups: 3,527 SNP and SilicoDArT, 340 SSR, 185 AFLP, 5 E-STS, 1 RGA and 6 markers linked to specific characters. The average number of marker per LG was 239.1 and the average marker density was 0.60 cM. The total map length was 2,438.6 cM, and the average LG length was 143.5 cM. The constructed two high density genetic linkage maps in this study may allow QTL (Quantitative Trait Loci) analysis after phenotyping the F1 individuals and finally novel markers linked to phenotypic traits can be developed in the future.
Benzer Tezler
- Orta Karadeniz bölgesinde hale yanıklığı (Pseudomonas savastonoi pv. phaseolicola) ile adi yaprak yanıklığı (Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) etmenlerinin belirlenmesi ve fasulye hatlarının bu hastalıklara karşı reaksiyonları
Identification of bean halo blight (Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola) with bean common bacterial blight (Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) diseases and determination of their reactions on bean lines at Middle Black Sea region
DEMET ÇELİK ERTEKİN
Doktora
Türkçe
2016
Bilim ve TeknolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZER ÇALIŞ
PROF. DR. YUSUF YANAR
- Mikrosatelit DNA belirleyicileri kullanarak yerel ekmeklik buğday çeşitlerinin tanımlanması
Identification of bread wheat landraces using microsatellite DNA markers
BETÜL DEDE
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyoteknolojiGaziosmanpaşa ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET YILDIRIM
- SSR markörleri kullanarak Türkiye'nin farklı yerlerinden toplanan yonca (Medicago sativa L) popülasyonları arasındaki genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of genetic diversity among clover populations (Medicago sativa L) collected from different parts of Turkey using SSR markörs
BÜŞRA NUR AKGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikErzurum Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL BEZİRĞANOĞLU
- Mercimekte (Lens culinaris) SSR ve SNP markörleri kullanarak doymuş genetik harita oluşturulması ve bazı agromorfolojik özellikler ile ilişkili kantitatif özellik bölgelerinin belirlenmesi
Construction of saturated genetic linkage map based on ssr and SNP markers and mapping of quantitative traits loci for some important agronomical traits in lentil (Lens culinaris)
MUSTAFA TOPU
Doktora
Türkçe
2019
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Genetic mapping in almond using 'Gülcan-2 x Lauranne' and 'Guara x Nurlu' F1 populations by SSR markers
Bademde Gülcan-2 x Lauranne ve Guara x Nurlu F1 populasyonları kullanılarak SSR markörlerı İle genetık haritalaması
AIBIBULA PAIZILA
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS