Konjenital kalp hastalıklarında spesifik mitokondriyal transfer rna (TRNA) mutasyonlarının meta analizi
Meta analysis of specific mitochondrial transfer rna (MT-TRNA) mutations in patients with congenital hearth defects
- Tez No: 431784
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. KENAN ATEŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Mitokondriler hücrelerde enerji akışı için gereklidir. İnsanlarda mt-tRNA'lardaki mutasyonlar miyopati, ensefalopati ve kardiyomiyopati gibi hastalıkların önemli bir sebebidir. Mitokondriyal hastalıklara sahip hastaların çoğu kalp defektlerine sahiptir çünkü kalp yüksek enerjiye ihtiyaç duyan kaslardan oluşmaktadır. Bu çalışmada, konjenital kalp hastalıklarında yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak yapılan bir çalışmamızda elde edilen tüm mitokondrial DNA dizileme sonuçlarının meta-analizi yapılmıştır. Bu amaçla 8 tanesi TOF olmak üzere toplam 22 konjenital kalp hastası ve 107 sağlıklı kontrollerden oluşan toplam 129 vakanın Roche GS FLX yeni nesil dizileme sistemi kullanılarak yapılmış olan yayınlanmış veriden sadece mt-tRNA verisi yeniden meta ve bioinfromatik analiz süreçleri ışığında değerlendirilmiştir. Bu amaç doğrultusunda, elde edilen verilerin NC_012920 NCBI referans kodlu mt-DNA referansı kullanılarak CLCBIO Genomic Workbench V8.0 programı ile bioinformatik analizi yapılmıştır. Saptanan varyasyonların mt-tRNA yapısal analizleri Vienna RNA Package 2,0 ve ARWEN V.1,2 programları kullanılarak yapılmıştır. Bu bulgulara göre 70 varyasyon sadece hasta grubunda bulunmuş ve bu varyasyonlar daha önce tanımlanmamıştır. Hastalardan iki tanesinde varyasyonlar antikodon dizisindedir ve aminoasit değişikliğine sebeb olmaktadır. Ayrıca dört hastada Vienna RNA Package 2.0 analizine göre sadece sekonder yapıda belirgin değişiklik gözlenmiştir. Varyasyonların tRNA'ların ikincil ve tersiyer yapısını değiştirerek bir şekilde tRNA modifikasyonlarında rol alan enzimlerin substrat tanıma özelliğini etkilediği düşünülebilir. Özellikle antikodon varyasyonlarının sekonder yapıdaki belirgin değişikliği göz önünde bulundurulduğunda ve bu vakaların klinik durumları karşılaştırıldığında bu vakaların diğer vakalara göre daha kompleks olduğu gözlenmiştir. Ancak varyasyon ile klinik fenotip arasında bir ilişki kurabilmek için aynı varyasyona ve fenotipe sahip daha çok vaka ile çalışılması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Mitochondria are essential in the flow of energy in cells. Mutations in the mt-tRNAs are an important cause of human diseases including myopathies, encephalomyopathies, cardiomyopathies, etc. Most patients with mitochondrial diseases are susceptible to cardiac defects because the heart is a muscle that requires high energy. In this study, a meta-analysis of whole mitochondrial DNA next generation sequencing data, obtained from our earlier study was performed. GS FLX next generation sequencing data of total 129 cases containing 22 patients and 107 controls were analyzed using bioinformatics tools. CLCBIO Genomic Workbench V8.0 was used as the bioinformatics tool. NC_012920 NCBI- ID was used as a reference genome. Structural analysis of identified variations was performed using Vienna RNA Package 2.0 and ARWEN V.1.2 programs. Seventy unreported variations were found only in patients but not in controls. In two of the patients, the variations were found in the anticodon sequence, causing amino acid change. In four other patients, prominent changes in secondary structures were seen according to the Vienna RNA Package 2.0 analysis. It can be thought that variations can affect interactions between tRNA modification enzymes and their substrates by changing secondary and tertiary structures of tRNAs. When evident changes in secondary structures caused by anticodon variations were taken into consideration, it was seen that these patients were more complex than other patients phenotypically. Further study with wider patient group carrying the same type of variation and phenotype is required in order to establish a relationship between these variations and clinical phenotypes.
Benzer Tezler
- Fallot tetralojisinde tam düzeltme ameliyatından sonra kanama parametrelerindeki değişikliklerin incelenmesi
Detection of the hematologic parameters after the total correction of tetralogy of fallot
İRFAN TAŞOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiGazi ÜniversitesiKalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALİ YENER
- Fallot tetralojili çocuklarda tam düzeltme operasyonu öncesi ve sonrasında sağ ventrikül fonksiyonlarının miyokardiyal performans indeksi(Tei İndeksi)kullanılarak değerlendirilmesi
Evaluation of right ventricle functions of children with Tetralogy of Fallot (TOF) at pre and postoperative period of total correction by the use of myocardial performance index(Tei İndex)
SONER KUMTEPE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NURETTİN ÜNAL
- Yenidoğan yoğun bakım ünitemizde izlenen konjenital kalp hastalıkları:sıklığı, risk faktörleri ve prognoz
Evaluation of congenital heart disease cases in neonatal intensive care unit: Frequency, risk factors and prognosis
MUHAMMED FURKAN BAKAÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Medipol ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GONCA SANDAL
- Konjenital septal defektlerin onarımına yönelik perikard bazlı rejeneratif kardiyak yamaların doku mühendisliği yöntemi ile geliştirilmesi
Development of pericardium based regenerative cardiac patches by tissue engineering approach to repair congenital septal defects
ŞÜKRÜ ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2021
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEZBAN ULUBAYRAM
- Konotrunkal kalp anomalili hastalarda FISH yöntemi ile del22 sıklığı araştırılması
Investigation of del22 frequency with FISH method in conotruncal heart anomaly patients
SULTAN ÖZÇELİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGaziantep ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN BAŞPINAR