Nonsendromik işitme kayıplarında hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyolojinin belirlenmesi
Identification of genetic etiology in nonsyndromic hearing loss using targeted next generation sequencing technology
- Tez No: 431882
- Danışmanlar: PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Genetics, Child Health and Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
İşitme kayıplı bir bireyin standart bir izlem ve bakım alabilmesi için, moleküler etiyolojinin ileri genetik analizlerle belirlenmesi önemlidir. Bu çalışmada, aile ağacı bulguları ile otozomal resesif kalıtım gösterdiği düşünülen, koklear implantlı Türk olgularda otozomal resesif nonsendromik işitme kaybının genetik etiyolojisi araştırılmıştır. GJB2 genindeki mutasyonların öncelikle tarandığı çalışma dizaynında olgular mendelian ekzom dizi analizi olarak da isimlendirdiğimiz, 2761 geni kapsayan hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi paneli (Illumına TruSightTM Exome) ile analiz edilmiştir. Bu panel 102 işitme kaybı geni ve çok sayıda Mendelian hastalıktan sorumlu genleri içermektedir. Bu yaklaşımı kullanarak, 29 ailenin 21'inde klinik tablodan sorumlu genetik sebebi belirledik. Yedi ailede 3 farklı GJB2 varyantı saptandı. Kalan 14 ailede diğer bilinen nonsendromik işitme kaybı genlerinde (CDH23, DFNB31, GPSM2, LOXHD1, MARVELD2, MYO7A, MYO15A, TMC1, TMIE, USH1G) 15 farklı variant saptandı. Bu varyantların 8 tanesi daha önce tanımlanmamıştı. Bizim çalışma dizaynımızla mutasyon belirleme oranımız %72.4 olarak tespit edildi. Bu sonuç nonsendromik işitme kaybında hedeflenmiş dizi analizinin kullanışlı bir yöntem olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Genetic testing is an important step in the standart care of individuals with hearing loss, In this study, the genetic etiology of autosomal recessive nonsyndromic hearing loss (ARNSHL) in Turkish patients with cochlear implant who had a pedigree suggestive of an autosomal recessive inheritance has been investigated. As a workflow, , a targeted next generation sequencing panel (Illumına TruSightTM Exome) that we briefly called mendelian exome sequencing was performed in nonsyndromic hearing loss patients who were screened for GJB2 previously. In this panel, 2761 genes including 102 deafness genes and a number of genes causing Mendelian disorders were covered. Using this method, causative variants in 21 of 29 families were identified. In seven families, 3 different GJB2 variants were found. Remaining 14 families had 15 different variants in other known NSHL genes (CDH23, DFNB31, GPSM2, LOXHD1, MARVELD2, MYO7A, MYO15A, TMC1, TMIE, USH1G). Eight of these variants are novel. Confirming the usefulness of targeted sequencing approach in NSHL, 72.4 of mutation detection rate was described.
Benzer Tezler
- Nonsendromik işitme kayıplarında sık görülen gen mutasyonlarının MLPA tekniği ile incelenmesi
The analysis of frequent gene mutations with MLPA technique in nonsyndromic hearing loss
ENVER FERRUH İNAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Kulak Burun ve BoğazSelçuk ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHAR ÇOLPAN
- Konjenital işitme kayıplarında genetik tarama
Genetic investigation in congenital hearing loss
PELİN ARICI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Kulak Burun ve BoğazÇukurova ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METE KIROĞLU
- Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Kulak Burun Boğaz Hastalıkları Kliniğinde koklear implant uygulanan hastaların retrospektif analizi
Retrospective analysis of coclear implant patients at The Ear, Nose and Throat Disorders Clinic, Harran university
İSMAİL İYNEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Kulak Burun ve BoğazBaşkent ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELİM SERMED ERBEK
- Otozomal resesif non-sendromik işitme kayıplarında connexin 26 gen çalışmaları
Connexin 26 gene studies in autosomal recessive non-syndromic hearing losses
ZEYNEP OCAK
- Türk popülayonunda konjenital işitme kayıplarında konneksin 26 ve diğer önemli gen mutasyonlarının incelenmesi
Analysis of congenital hearing loss connexin 26 and other important gene mutations in Turkish population
SALİH IŞIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. İLTER GÜNEY