Adenilat kinaz enziminin konformasyonel dönüşümlerinin moleküler dinamik yöntemi ile incelenmesi
Investigation of conformational transition of adeynlate kinase enzyme wi̇th molecular dynamics method
- Tez No: 433071
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA TEKPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Adenilat kinaz enzimi (AKE), adenozin nükleotitleri arasında dönüşümü sağlayan ve bu nedenle hücre enerji üretiminde önemli rol oynayan bir enzimdir. Bu enzim; ATP + AMP = ADP + ADP reaksiyonunu katalize eder. Burada ATP, adenozin trifosfat'ı, ADP adenozin difosfat'ı ve AMP adenozin monofosfat'ı ifade etmektedir. Bu reaksiyonun gerçekleşebilmesi için ATP, ADP ve AMP ligandlarının fiziksel olarak belirli bir yakınlıkta olması gerekir. Adenilat kinazın en önemli fonksiyonu bu ligandları belirli bir mesafede birbirine yakınlaştırmaktır. Adenilat kinaz bu işlemi gerçekleştirirken açık ve kapalı formları arasında konformasyonel (biçimsel) dönüşümler gerçekleştirir.Bu konformasyonel dönüşümün mekanizmasını anlamak, canlıların enerji üretim mekanizmasını anlamamız açısından oldukça önemlidir. Bu nedenle, bu tez çalışmasında adenilat kinazın kapalı ve açık konformasyonları arasındaki dönüşümü atomik ölçekte moleküler dinamik yöntemi ile ele aldık.
Özet (Çeviri)
Adenylate kinase enzyme (AKE) is an enzyme that help transformation among adenosine nucleotides and thus it has an important role on cellular energy production. This enzyme catalyzes following reaction: ATP + AMP = ADP + ADP . ATP denotes adenosine triphosphate, ADP denotes adenosine diphosphate and AMP denotes adenosine monophosphate. ATP , ADP and AMP ligands require to be close to each other physically for this reaction to occur. Most important function of adenylate kinase is to approach these ligands to each other at a certain distance. Adenylate kinase performs conformational changes between open and closed forms while performing this task. Understanding mechanism of the conformational transiton is very important in terms of understanding energy production mechanism of living organisms. Due to this reason, we investigated conformational transition between open and closed conformations of adenylate kinase by using molecular dynamics method in atomic scale in this thesis study.
Benzer Tezler
- An integrated computational and experimental approach to allosteric control mechanism of biomolecular processes
Biyomoleküler süreçlerin alosterik kontrol mekanizmasına hesaplamalı ve deneysel entegre bir yaklasım
FİDAN SÜMBÜL
Doktora
İngilizce
2016
BiyofizikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- E2F1 transkrı̇psı̇yon faktörü'nün aktı̇vasyonunda proteı̇n kı̇naz-A'nın rolünün araştırılması
Investigation of the role of protein kinase-a in E2F1transcription factor activation
MUSTAFA GÖKHAN ERTOSUN
Doktora
Türkçe
2016
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN NİDAİ ÖZEŞ
- Ligand docking to proteins undergoing large conformational changes
Büyük yapısal değişiklikler geçiren proteinlere ligand bağlanma uygulamaları
DAMLA ÜÇKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Türk populasyonunda adenilat kinaz enzim polimorfizmi
Adenylate kinase enzyme polymorphism in the Turkish population
HATİCEGÜL YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ÇOLAK
- Türk popülasyonunda adenilat kinaz enzim sistemi gen frekanslarının dağılımı
Başlık çevirisi yok
ERSİ KALFOĞLU(ABACI)