Exploration of methylation-driven mechanisms in cancer
Kanserde gözüken metilasyon sebepli değişimlerin araştırılması
- Tez No: 434056
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN, PROF. DR. İSMAİL ÇAKMAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Biyomühendislik, Biostatistics, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Son yıllarda gelişen teknoloji ile beraber, DNA metilasyonu'nun önemi daha iyi anlaşılmıştır. Özellikle metilasyondaki değişimlerin gen ekspresyon seviyelerini düzenlemesi, ve bu değişimlerin farklı hastalıklarla ilişkilendirilmesi, bu alanda yapılan çalışma sayısını ciddi miktarda yükseltmiştir. Literatürdeki önceki çalışmalara bakıldığında, metilasyon tabanlı çalışmaların genellikle ekspresyon çalışmaları ile beraber yürütüldüğü görülmüş ve metilasyon analizinden çıkan sonuçların ekspresyon sonuçlarıyla karşılaştırılması seklinde bir analiz yapısı oluşturulduğu gözlemlenmiştir. Yaptığımız çalışmada metilasyonun çeşitli kanserler üzerindeki etkilerini, Illumina humanMethylation450k Chip ve RNA sekanslama verileri kullanarak araştırdık. Daha önceki çalışmalardan farklı olarak, öncelikle hem metilasyon hem de ekspresyon bilgilerinin bulunduğu çalışmalarda en uygun analiz nasıl yapılır konusuna eğilerek, yeni bir analiz metodu tanımladık. Daha sonra bu metodu dört farklı kanser türüne uygulayarak, hem kanserler arasındaki ortak ve farklı olarak gözüken değişimleri hem de metilasyon değişimi gözüken genlerdeki daha önemli genomik bölgeleri tanımlamaya calıştık. Bunlara ek olarak, protein-protein etkileşim ağını da analize dahil ederek, sadece genlerin kendilerindeki değişimin değil, çevrelerinde gerçekleşen yüksek metilasyon değişimlerinin de düşünüldüğü yeni bir analiz metodu tanımladık. Sonuç olarak elde ettiğimiz bulgular, kanser biyolojisi ve olası kanser terapi metotları açılarından yüksek önem barındırmaktadır. Gelecekte yapılacak destekleyici çalışmalarla beraber, çıkarttığımız bulguların kanserdeki metilasyon tabanlı değişimleri anlamak açısından açıklayıcı olacağını ön görmekteyiz.
Özet (Çeviri)
DNA methylation is an important epigenetic phenomenon that plays a key role in the regulation of expression. For this reason, there have been many studies on the topic of methylation's role in cancer mechanisms. These studies include analyses based on differential methylation, with the integration of expression information as supporting evidence. In the present study, we firstly focused on defining an optimal analysis strategy when both expression and methylation information are available. We investigated the methylation and expression changes on the genes themselves to have a deeper knowledge of thyroid cancer etiology. Moreover, we explored more important genomic regions considering methylation information and identified common and distinct genes and pathways among different cancer types. In addition, we defined a novel graph-based analysis strategy for identifying methylation-driven potential cancer-causing gene patterns. We applied our method to variety of cancers using the Illumina HumanMethylation450k methylation chip and RNA sequencing data. To extract the significantly altered methylation-driven patterns within a STRING protein-protein interaction network, we first defined a methylation change threshold for“large methylation changes”. Subsequently, in addition to focusing on the interplay between methylation and expression, we carefully considered the individual relationships between different genes to ensure a deeper understanding of the methylome and transcriptome. Furthermore, we studied the presence of shared and distinct features among the different 5 types of cancers using hierarchical clustering analysis. Overall, our work not only defined a novel approach for the identification of significantly altered methylation-driven pathways but it also contributed to improving our knowledge of the etiologies of different cancers and the common and distinct features among them.
Benzer Tezler
- Arpa doku kültürlerinde genetik ve epigenetik varyasyonlar
Genetic and epigenetic variations in barley tissue culture
ASLIHAN TEMEL
Doktora
Türkçe
2011
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- Farklı kanserlerin hücre hatlarında demetilasyon oluşturulması ile tümör süpresör ve stamp ailesi gen ifade değişikliklerinin incelenmesi
Investigation of tumor supressor and stamp family gene expression changes with demethylation at cell lines of different cancers
AYŞEGÜL KAYMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEREN GÖNEN KORKMAZ
- Preeklamptik hastalarda endojen nitrik oksit sentaz inhibitörü olan asimetrik dimetil arjinin (ADMA) seviyeleri
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA ALBAYRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF.DR. SEYFETTİN ULUDAĞ
- Okul iklimi ile öğretmen failliği arasındaki ilişkinin incelenmesi
Exploration of the relationship between school climate and teacher agency
NİHAT VURAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eğitim ve ÖğretimYozgat Bozok ÜniversitesiEğitim Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER ÇALIŞKAN