Geri Dön

Akut solunum yolu enfeksiyonlarında rhinovirusların genotiplendirilmesi

Genotyping of rhinoviruses in acute respiratory tract infections

PDF İndir

  1. Tez No: 435480
  2. Yazar: NESLİHAN EDA DEMİRKAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SEVİN KIRDAR
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Adnan Menderes Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 73

Özet

Giriş: Rhinovirus (RV) tüm dünyada akut solunum yolu enfeksiyonlarında en sık belirlenen patojendir (1). Virüsün her yıl tüm dünyada akut solunum yolu enfeksiyonlarının yaklaşık % 50'sinden sorumlu olduğu bildirilmiştir. Genellikle hafif üst solunum yolu enfeksiyonu ve soğuk algınlığına sebep olur. Ancak, astım, kistik fibrozis ve kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH) hastalarında alevlenme, pnömoni, sinüzit, otit ve özellikle küçük çocuklarda wheezing (hışıltı) ile ilişkisi bilinmektedir. Rhinoviruslar moleküler yöntemler ile RV-A, RV-B ve RV-C olarak üç tür altında tanımlanmışlardır. Yapılan çalışmalarda ise RV-A ve RV-C'nin daha çok alt solunum yolu enfeksiyonu ve astım alevlenmeleri ile ilişkili olduğu, RV-B'nin ise bu türlere göre alt solunum yolu enfeksiyonlarında daha az oranda görüldüğü gösterilmiştir. Rhinovirus-C'nin özellikle çocuk hastalarda daha şiddetli enfeksiyonlara neden olduğu da belirlenmiştir. Bu çalışmanın amacı, solunum yolu enfeksiyonu olan hastalardan alınan nazofaringeal örnekler içinde RV pozitif olarak saptanmış olanların dizi analizi yöntemi kullanılarak RV türlerinin belirlenmesidir. Ayrıca belirlenen türler ile hastaların klinik tanı, viral yük, yaş ve cinsiyetleri arasında bir ilişki olup olmadığının gösterilmesidir. Gereç-Yöntem: Çalışma grubu, Ocak 2014-Ocak 2016 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi Hastanesine akut solunum yolu şikayetleri ile başvurmuş ve daha önce iki farklı ticari mültipleks gerçek zamanlı PZR kiti ile(FTD Respiratory pathogens 21 (Fast-track diagnostics Ltd., Malta) ve Anyplex™ II RV16 Detection V1.1 (Seegene Inc., Seoul, Korea)) RV pozitifliği belirlenmiş olan 46 erişkin ve 50 çocuk olmak üzere toplam 96 hastadan oluşmaktadır. RV Pozitif örneklerin viral yükleri kantitatif gerçek zamanlı PZR kiti (LightCycler® 480 RNA Master Hydrolysis Probes, USA) ile belirlendi. Kantitatif gerçek zamanlı PZR sonrasında elde edilen ürünlerdeki bantları göstermek için, FastStart High Fidelity PCR System, dNTPack kiti kullanılarak konvansiyonel PZR yöntemi uygulandı. Saflaştırılan PZR ürünlerine BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit kullanılarak dizi analizi-döngü PZR uygulandı. PZR ürünleri tekrar saflaştırılarak ABI Prism 3100/3100 cihazına yüklendi çift yönlü dizi analizi gerçekleştirildi. Elde edilen diziler National Center of Biotechnology Information 'ın web sayfasındaki (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) Nucleotide BLAST programı kullanılarak karşılaştırıldı. Çalışmada elde edilen veriler SPSS 17.0 (Inc, Chicago, IL, USA) paket programı ile değerlendirildi. Analitik analizlerde ki-kare testi kullanıldı. Filogenetik analizler Geneious 9.1.3 programı kullanılarak yapıldı. Analizlerde rhinovirusun VP4/VP2 kapsit kodlayan bölgesinin yaklaşık 400 bp uzunluğundaki kısmı kullanıldı. Türler, filogenetik ağaç ve VP4/VP2 proteini kodlayan referans dizilerin neighbour-joining metodu ile değerlendirilmesi ile belirlendi. Referans sekanslar GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) dan indirildi. Test parametreleri minimum identifikasyon %70, Bootstrap değeri 1000 tekrar olarak ayarlandı. Referanslar ile aynı kümede (cluster) toplanan izolatların türleri belirlendi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen çocuk hastaların yaşları 22 gün-16 yaş arasında değişmekte olup yaş ortalaması 24 ay (6,19-72), erişkin yaş grubundaki hastalarda ise yaş aralığı 18-86 yaş olup, yaş ortalaması 57,63±15,68 olarak belirlendi. İki ticari multipleks gerçek zamanlı PZR testi ile RV pozitifliği saptanan 127 örneğe uygulanan kantitatif gerçek zamanlı PZR sonucunda, viral yükleri belirlenemeyen 31 örnek çalışmadan çıkarıldı. Viral yükleri belirlenen 96 örneğe uygulanan konvansiyonel PZR sonucunda 32 erişkin, 33 çocuk olmak üzere toplam 65 örnekte beklenen boyutlarda bant görüldü. Dizi analizine alınan 65 örnekte 28 (%43,07) RV-A, 7 (%10,76) RV-B ve 28 (% 43,07) RV-C ; birer örnekte ise EV-D68 (%1,53) ve EV-C (%1,53) belirlendi. Erişkin hastalarda tür dağılımı 15 (%48,3) RV-A, 5 (%16,1) RV-B, 11 (%35,4) RV-C; Çocuk hastalardaki dağılım ise ise 13 (%40,6) RV-A, 2 (%6,3) RV-B ve 17 (%53,1) RV-C olarak bulundu. Hem çocuk hem erişkin hastalarda belirlenen RV türleri ve hastaların klinik tanıları, viral yükleri, yaş ve cinsiyet verileri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p> 0,05). Sonuç: Çalışmamızda tüm hasta grubunda RV-A ve RV-C eşit oranda, RV-B daha az oranda saptanmıştır. Çocuk hastalarda RV-C, erişkinlerde ise RV-A en sık tür olarak belirlenmiştir. Hem erişkin hem de çocuk hasta gruplarında, belirlenen RV türleri ve hastaların klinik tanıları, viral yükleri, yaş ve cinsiyet verileri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa RV türlerinin epidemiyolojisi ortaya konmaya çalışılmıştır. Elde edilen veriler, RV enfeksiyonlarının epidemiyolojisi ve patogenezinin daha iyi anlaşılmasını sağlayabilecektir. Klinik tanı ve RV türleri arasındaki ilişkinin gösterilebilmesi için daha geniş hasta popülasyonları ile yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır.

Özet (Çeviri)

Introduction: Rhinovirus (RV) is the most frequent cause of acute respiratory illness. RV is usually the causative agent of upper respiratory infections with mild symptoms and cold. However, it is related with asthma, cystic fibrosis and chronic obstructive pulmonary disease (COPD), pneumonia, sinusitis otitis and wheezing especially in children. RV was identified in three species by molecular methods which are RV-A, RV-B and RV-C. In most of the cases, it was reported that RV-A and RV-C were related to lower respiratory tract infections and asthma inflammation, while RV-B was rarely reported in lower respiratory tract infections. It was also reported that RV-C causes severe infections in children. The aim of the present study was detection of RV species by sequence analysis among the patients with respiratory tract infections and RV positive in nasopharyngeal samples. Additionally, the relation between species and clinical picture, viral load, age and gender was also in the purpose of study. Materials and Methods: The study group was consisted of 96 patients (50 children and 46 adults) who admitted to Adnan Menderes University Hospital with acute respiratory claims and were detected as RV positive previously with two commercial kits [(FTD Respiratory pathogens 21 (Fast-track diagnostics Ltd., Malta) and Anyplex™ II RV16 Detection V1.1 (Seegene Inc., Seoul, Korea)]. Viral loads of samples were determined with a quantitative real-time PCR (LightCycler® 480 RNA Master Hydrolysis Probes, USA). Following the real-time in order to represent the amplicons FastStart High Fidelity PCR System, dNTPack was used as a conventional PCR method. After purification of PCR products BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit was used in sequence analysis PCR. Purified PCR products were also loaded to ABI Prism 3100/3100 and sequencing was performed in two directions. Data from study was evaluated with SPSS 17.0 (Inc, Chicago, IL, USA) pocket program for Windows. Chi-square test was used for analytical comparisons. Phylogenetic analysis was performed with Geneious 9.1.3 program. In the analysis a 400 bp region of VP4/VP2 rhinovirus capsid protein coding region was included. Rhinovirus species were determined by analysing the sequences with references for VP4/VP2 coding region by neighbour-joining method. References were downloaded from GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Test parameters were set as minimum identification 70%, Bootstrap value 1000 replication. Clustering of sequences with references was the approach that we used to determine species of isolates. Results: The age of children were changing from 22 days to 16 years and the mean was 24 months (6,19-72) and the age of adults were changing from 18 to 86 and the mean was 57,63±15,68. After the quantitative PCR analysis, 31 isolates were excluded from the study among 127 samples which were positive with commercial multiplex PCR. Of the 96 samples in which expected amplicons were observed in 32 of adults and 33 of children, totally 65 isolates. After sequence analysis, 28 were (43,07%) RV-A, 7 were (10,76%) RV-B and 28 were (43,07%) RV-C; moreover one sample was EV-D68 (1,53%) and one sample was EV-C (1,53%). The distribution of species in adults was: 15 (48,3%) RV-A, 5 (16,1%) RV-B and 11 (35,4%) RV-C. The distribution of species in children was 13 (%40,6) RV-A, 2 (%6,3) RV-B and 17 (%53,1) RV-C. There was statistically significant relations with RV species and clinical Picture, viral loads, age and gender in both of the age groups (p> 0,05). Discussion: We detected RV-A and RV-B species in same rates, RV-B in lower rate. In child patients RV-C, in adult patients RV-A was the most common species. No statistically significant relationship was found with RV species and clinical severity, viral loads, age and gender in both of the age groups. This was the first study from Turkey that reported the RV species. The findings will have a contribution to understanding of rhinovirus epidemiology and pathogenesis. There is a gap in the field of clinical picture and RV species and that indicates the need for further studies including larger patient populations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    865489

    Akut solunum yolu enfeksiyonlarında hematolojik ve inflamatuar parametrelerin değerlendirilmesi

    Evaluation of hematological and inflammatory parameters in acute respiratory tract infections

    ALİ ZEKİ BEDİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıYeditepe Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ COŞKUN SAF

    DOÇ. DR. MUSTAFA ASIM YÖRÜK

  2. Tez No

    512766

    Akut üst solunum yolu enfeksiyonu geçiren çocuklarda antibiyotik kullanımı ile ilgili annelerin bilgi ve davranışları

    Knowledge and behaviors of mothers towards antibiotic use in children with acute upper respiratory tract infections

    ELİF NİHAN İMAMOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Aile HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    PROF. MEHMET UNGAN

  3. Tez No

    408851

    Akut solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda Human Bocavirus prevalansının saptanması

    Prevalance of Human Bocavirus in children with acute respiratory tract infection

    GÜLNUR KESLER ŞENYAĞCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SİNEM AKÇALI

  4. Tez No

    298781

    Çocukluk çağı akut solunum yolları infeksiyonlarında bocavirus saptanması

    Detection of bocavirs in akut respiratuvar tract infections in childhood

    SEVİNÇ YENİCE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRAN GERÇEKER

  5. Tez No

    781560

    Üst ve alt solunum yolu enfeksiyonu ön tanısı ile çeşitli kliniklerden gönderilen hasta numunelerinde viral patojenlerin araştırılması

    Investigation of viral pathogens in patient samples from various departments with pre-diagnosis of upper and lower respiratory tract infections

    BÜŞRA AYYILDIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHAMMET HAMİDULLAH UYANIK

Geri Dön