Elektron konformasyonel-genetik algoritma metodu ile fenilpirazolglutamik asit piperazin bileşiklerinde farmakofor belirlenmesi ve 4D-QSAR analizi
Pharmacophore modelling and 4D-QSAR analysis of phenylpyrazole glutamic acid piperazine by electron conformational-genetic algorithm method
- Tez No: 438907
- Danışmanlar: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Bu çalışmada, fenilpirazolglutamik asit piperazin bileşiklerine ait molekül serisi için sorumlu farmakofor grubunun belirlenmesi ve bileşik serisinin nicel biyoaktivite tahmini tarafımızdan geliştirilen Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma (EC-GA) 4D-QSAR metodu kullanılarak yapılmıştır. Kuantum kimyasal hesaplamalar HF 3-21 G metodu kullanılarak (vakumlu ortamda) yapıldıktan sonra yük, bağ derecesi, kartezyen koordinatları ve konformasyon analiz bilgilerinden faydalanılarak serideki bileşiklerin bütün konformerleri için Elektron Konformasyonel Uygunluk Matrisleri (ECMC) hazırlanmıştır. EMRE programı kullanılarak ECMC'ler belirli tolerans değerleri içerisinde karşılaştırılıp fenilpirazolglutamik asit piperazin bileşiklerine için aktiviteden sorumlu farmakofor grubu bulunmuştur. Seride aktivitiye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için EMRE yazılımı içinde olan genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (Isqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca belirli sayıda R ve S yapısındaki bileşikler modellenerek bunlarında farmakofor grubu ve aktiviteleri hesaplanacak ve enantiomerlerin (R ve S) aktivite üzerine etkisi belirlenecektir.. Modellerin geçerliliğini doğrulamak için LOO-çapraz doğrulama (Leave-one-out Cross Validation), regresyon, dahili ve harici doğrulama ve uygunluk korelasyon katsayısı (CCC) analizleri istatiksel olarak yapılacaktır. Model 1 için R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 ve con3 değerleri sırasıyla 0.809, 0.758, 0.747, 0.784, 0.704, 0.765, 0.898, 0.837, 0,894'tir.
Özet (Çeviri)
In this study, the electron conformational genetic algorithm (EC-GA) method had been employed as a 4D-QSAR approach to reveal the pharmacophore (Pha) and to predict anticancer activity of the Phenylpyrazole Glutamic Acid Piperazine derivatives. After quantum chemical calculations were made by using the HF 3-21 G method, the Electron Conformational Matrices of Congruity (ECMC) were prepared by means of the charge, bond order, the cartesian coordinates conformational analysis information for all conformers of compounds in the series. ECMC's were compared within a certain tolerance values by using the program EMRE and responsible pharmacophore group for Phenylpyrazole Glutamic Acid Piperazine compound was found. For selecting of sub-parameter which had the most effect on activity in serial and calculation of theoretical activity values non-linear least square method and genetic algorithm which was taken part in EMRE program was used. In addition, compounds were classified as the training and test set and accuracy of the models was made as cross-validation and the statistical. In this study, calculations were made by two different sets. For model 1 R2eğitim, R2test, q2, q2ext1, q2ext2, q2ext3 ve con1, con2 and con3 values were 0.809, 0.758, 0.747, 0.784, 0.704, 0.765, 0.898, 0.837, 0,894 respectively.
Benzer Tezler
- Anti-HIV etkili HEPT, TIBO, tiyazolidin ve DABO türevlerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma metodu kullanılarak yeni bir 4D-QSAR yöntemi ile aktif gruplarının belirlenmesi
Determination of the active groups of anti-HIV effective HEPT, TIBO, thiazolidin and DABO derivatives using electron conformational-genetic algorithm method as a new 4D-QSAR method
LALEHAN AKYÜZ
- Elektron konformasyonel-genetik algoritma qsar metodu ile penisilin türevlerine ait farmakofor grupların belirlenmesi ve biyoaktivite hesabı
Pharmacophore identification and bioactivity prediction for penicillin derivatives by electron conformational-genetic algorithm qsar method
ERSİN YANMAZ
- Elektron konformasyonel genetik algoritma 4D QSAR metodu ile benzodiazepin ve melanokortin-4 serilerinde farmakofor belirlenmesi ve biyoaktivite hesabı
Pharmacophore modelling and 4D QSAR analysis of benzodiazepine and melanocortin-4 derivatives by electron conformational-genetic algorithm method
AYHAN ÖZALP
- Elektron konformasyonel genetik algoritma 4d-QSAR metodu ile pirazol, benzotriazin, dibenzazosin ve kinazolin serilerinde farmakofor belirlenmesi ve biyoaktivite hesabı
Pharmacophore identification and bioactivity calculation for pyrazol, benzotriazin, dibenzazocine and quinazoline derivatives by electron conformational-genetic algorithm 4d QSAR method
KADER ŞAHİN
- Elektron konformasyonel-genetik algoritma 4D-QSAR metodu ile piridin karboksilik asit, oksadiazol, pirimidin ve oksazoltürevlerine ait farmakofor gruplarının belirlenmesi ve biyoaktivite hesabı
4D-QSAR study of some pyridine carboxylic acid, oxadiazole, pyrimidine and oxazol derivatives by electron conformational-genetic algorithm method
BURAK TÜZÜN
