Geri Dön

Anti-HIV etkili HEPT, TIBO, tiyazolidin ve DABO türevlerinin elektron konformasyonel-genetik algoritma metodu kullanılarak yeni bir 4D-QSAR yöntemi ile aktif gruplarının belirlenmesi

Determination of the active groups of anti-HIV effective HEPT, TIBO, thiazolidin and DABO derivatives using electron conformational-genetic algorithm method as a new 4D-QSAR method

  1. Tez No: 276783
  2. Yazar: LALEHAN AKYÜZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. EMİN SARIPINAR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 203

Özet

Bu çalışmada, Elektron Konformasonel metot ve Genetik Algoritma optimizasyon metodunun kombinasyonu şeklinde, hibrid bir 4D-QSAR yaklaşımı olan Elektron Konformasyonel-Genetik Algoritma EC-GA metot 1-[(2-hidroksietoksi)metil]-6-(feniltiyo)timin (HEPT), tetrahidro-imidazo[4,5,1-jk][1,4]-benzodiazepin-2(1H)-on ve -tion (TIBO), dihidro-alkil (yada siklo-alkil)tiyo-benzil-oksopirimidin (DABO), ve 2,3-Diaril-1,3-tiyazolidin-4-on türevlerinin farmakoforunu açıklamak ve anti-HIV-1 aktivitesini tahmin etmek için uygulanmıştır. Bu amaçla kapsamlı bir 4D-QSAR yazılım paketi (EMRE, ECSP ve Matlab kodları) geliştirilmiştir. EC-GA metodun ilk kısmında her bir serideki bileşiklerin semiempirik-PM3/HF metodu ile kuantum kimyasal hesaplamaları ve konformasyonel analizleri gerçekleştirilmiştir. Elektronik ve yapısal özelliklerle temsil edilen elektron konformasyonel uygunluk matrisleri (ECMC) kuantum kimyasal hesaplamalardan elde edilen verileri kullanarak her bir bileşiğin her bir konformeri için EMRE programı ile hazırlanmıştır. Referans olarak seçilen en aktif bileşiğin en düşük enerjili konformerinin ECMC si diğer bileşiklerin ECMC'leri ile belirli tolerans aralığında ECSP programı ile karşılaştırılmış vefarmakoforu temsil eden elektron konformasyonel alt matris (ECSA) belirlenmiştir. Daha sonra belirlenen farmakoforu da dikkate alarak EMRE programı ile her bir bileşik serisi için bir parametre havuzu oluşturulmuştur. Her bir seride aktiviteye en fazla etkisi olan alt parametre setini seçmek ve teorik aktivite değerlerini hesaplamak için genetik algoritma ve doğrusal olmayan en küçük kareler (lsqnonlin) yöntemi kullanılmıştır. HEPT, TIBO, Tiyazolidin ve DABO serileri için R2eğitim, R2test ve q2değerleri sırasıyla 0.867, 0.923, 0.811; 0.889, 0.916,0.824; 0.759, 0.795, 0.641 and 0.805, 0.743, 0.692'dir.

Özet (Çeviri)

In this work, electron conformational-genetic algorithm, EC-GA method, a hybrid 4D-QSAR approach that combines genetic algorithm optimization method (GA) and electron conformational (EC) method, has been applied in order to explain pharmacophore (Pha) and to predict anti HIV-1 activity for 1-[(2-hydroxyethoxy)-methyl]-6-(phenylthio) thymine (HEPT), tetrahydroimidazo[4,5,1-jk][1,4]benzodiazepinone and thione (TIBO), dihydro-alkyl (or cyclo-alkyl)thio-benzyloxopyrimidines (DABO) and 2,3-Diaryl-1,3-thiazolidin-4-ones derivatives. We present a pharmacophore identification, molecular descriptor and activity calculation using a comprehensive 4D-QSAR program package (EMRE, ECSP and codes of activity) which runs on personal computers. In the part of EC-GA method, the three dimensional structures of compounds were geometry-optimized and subjected to conformational analysis by means of the semiemprical PM3/HF method. The electron-conformational matrices of congruity (ECMCs) which are representation of structural and electronic features are constructed for each conformer of the molecules in the compound series by EMRE programme using the data obtained from quantum chemical calculations. ECMC of the most active compound chosen as a template is compared with other ECMCs to reveal Pha by ECSP software, within given tolerances and identified electron conformational submatrix of activity (ECSA) which represents the Pha. Later, a descriptor pool was generated for each compound series taking into account the revealed pharmacophore with EMRE software. To predict the theoretical activity and select the best subset of variables affecting bioactivities, nonlinear least square regression method and genetic algorithm were performed. For HEPT, TIBO, Thiazolidin and DABO series R2training, R2test ve q2 values are 0.867, 0.923, 0.811; 0.889, 0.916,0.824; 0.759, 0.795, 0.641 and 0.805, 0.743, 0.692 respectively.

Benzer Tezler

  1. Substitüye naftofuranların sentezi

    Substitued dinaphtnofurano derivetives

    MİNE İSTİF

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Y.DOÇ.DR. OKAN SİRKECİOĞLU

  2. Doğal bağışıklık faktörlerine etki eden Anti-HIV nötralizan antikorların efektör fonksiyonları

    Effector functions of Anti-HIV neutralizing antibodies and their effects on natural immunity factors

    RUHİDİL GÜLŞEN ÖZKAYA ŞAHİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DÜRDAL US

  3. Olası antiviral etkili 5-ariliden-2-heteroarilimino-1,3-tiyazolidin-4-on türevlerinin sentezi ve yapılarının aydınlatılması

    Synthesis and characterization of 5-arylidene-2-heteroarylimino-1,3-thiazolidine-4-one derivatives with potential antiviral activity

    GİZEM ÇAKIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Eczacılık ve FarmakolojiMarmara Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLKAY KÜÇÜKGÜZEL

  4. HIV-1 VIF-APOBEC3G eksen inhibitörünün karakterizasyonu ve DFT yöntemiyle moleküler modellenmesi

    HIV-1 VIF-APOBEC3G axis inhibitor characterization and molecular modeling with dft method

    MERVE ÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    KimyaNamık Kemal Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. YELDA YALÇIN GÜRKAN

  5. HIV test sonuçlarının hastalarla paylaşılmasında etik yaklaşım: Hasta izlenimlerinin demografik veriler ile değerlendirilmesi

    Ethical approach in sharing HIV test results with patients: Evaluation of patient impressions with demographic data

    AYSUN UYANIK ÖCAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ AĞAÇFİDAN