Characterization of the c-terminal domain of the p53 tumor suppressor
P53 tümör baskılayıcı proteininin c-terminal domain karakterizasyonu
- Tez No: 444542
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Onkoloji, Bioengineering, Genetics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Tüm kanser vakalarının yarısında mutasyona uğramış p53 geni görülmektedir. P53 proteininin c-terminal domaini post-translasyon modifikasyonlarında önemli bir rol sahibi. Bu çalışmada, HCT116 insan kolon kanser hücre hatlarında bulunan endojen p53'te bu domainin fonksiyonu çalışılmıştır. CRISPR-Cas9 aracılı genom düzenleme tekniği ile C-terminal mutant (CTM) hücre hatları oluşturulmuştur. Bu çalışmada oluşturulan p53 CTM hücre hatlarından; 1) kesilmiş p53 proteini (p53 Δ21 / Δ21), 2) tek amino asidi silinmiş p53 proteini (p53 ΔR379 / ΔR379), 3) son p53 eksonu tarafından kodlanan C-terminali içermeyen p53 proteini; içerenler üzerinde durulmuştur. Elde edilen veriler ışığında, p53 ΔR379 proteinini (silinmiş Arg379 ile) ifade eden hücrelerin doğal fenotipe (WT p53) göre daha yavaş büyüdükleri ve DNA hedeflerine WT p53 kadar verimli bağlanmadıkları belirlenmiştir. The p53 Δ21 mutantının C-terminalinde 21 amino asidi bulunmamaktadır. Bu mutant p53 DNA hasarı sonrası birikebilmekte ve DNA hedeflerine verimli bir şekilde bağlanabilmektedir, buna rağmen bu hücreler ribozom biyogenez stresinde önemli rol oynayan genler özelinde daha farklı bir transkripsiyon şablonuna sahiptir. p53 Δ26 biyosentezleyen mutant hücre hattı ise her iki alelde p53'ün son eksonunu içermemektedir ve çok farklı bir davranış sergilemektedir. Bu mutantın fenotipi p53'ü ifade etmeyen HCT116KO hücreleri ile benzerdir. Bu mutant hücreler kesik p53 proteini ifade ederler ve çok daha yavaş büyümektedirler ve HCT116KO mukabillerine göre iki kat hızlı hücre yaşlanmasına (senesans) girerler. Bu p53 mutantı Doxorubicin tedavisi ile indüklenen DNA hasarı sonrasında hücre çekirdeğine doğru yer değiştirememektedir. Bütün CTM hücre hatlarında, p53 hedef genlerinin ifade seviyeleri kantitatif RT PCR ile incelenmiş ve bu genlerde kusurlar tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, p53 C-terminal domaininin proteinin fonksiyonu için çok hassas olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Half of all cancer cases have a mutated p53 gene. The p53 protein's C-terminal domain plays an important role in its post-translational modification. We studied the function of this domain in endogenous p53 in HCT116 human colon cancer cell lines. We generated several C-terminal mutant (CTM) cell lines through CRISPR-Cas9 mediated genome editing. The focus of this study is three of these p53 CTM cell lines that encode 1) a truncated p53 protein (p53 Δ21 / Δ21); 2) a single amino acid deleted p53 protein (p53 ΔR379 / ΔR379); and 3) a p53 protein missing the C-terminus encoded by the last p53 exon (p53 Δ26 / Δ26). We show that cells which express the p53 ΔR379 protein (with deleted Arg379), grow slower than their wild type counterparts and cannot bind to DNA targets as efficiently as WT p53. The p53 Δ21 mutant lacks 21 amino acids at the C-terminus. This mutant p53 can accumulate after DNA damage and can bind to DNA targets efficiently; nevertheless, it shows a different transcription pattern for some genes that play important roles in ribosome biogenesis stress. The p53 Δ26 expressing mutant cell line lacks the last exon of p53 on both alleles, behaves in a very different way. The phenotype of this mutant is similar to HCT116KO cells that do not express p53. These mutant cells express truncated p53 and they grow much slower and go to senescence twice as fast as HCT116KO counterparts. This p53 mutant cannot translocate into the nucleus after DNA damage induced by Doxorubicin treatment. We assessed the expression of p53 target genes by quantitative RT PCR and found defects in the expression of these genes for all our CTM cell lines. These results indicate that the p53 C-terminal domain is very critical for the protein's function.
Benzer Tezler
- The productıon and pegylatıon of recombinant human granulocyte colony-stımulatıng factor produced ın e. coli
Rekombinant insan granulosit koloni stimülan faktörünün e. coli'de üretimi ve pegilasyonu
NAZLI DİLARA ERDOĞDU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Functional and structural characterization of androgen receptor variant 7(ARV7) in prostate cancer
Prostat kanserinde androjen reseptörü varyantı ARV7'nin fonksiyonel ve yapısal karakterizasyonu
ZEYNEP KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Kemikli balıklarda RNA'ya bağlanan LARP6 proteinlerinin n-terminal alanının karakterizasyonu
Characterization of the n-terminal domain of the RNA-binding LARP6 proteins from teleost fish
HATİCE KÜLKÖYLÜOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF GÖNÜLOL
YRD. DOÇ. DR. KAREN ADELL LEWIS
- Functional characterization of snurportin-1 C-terminal domain in the context of a novel muscular dystrophy
Yeni bir musküler distrofi bağlaminda snurportin-1 C-terminal bölgesinin i̇şlevsel karakterizasyonu
BURAK SARIBAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NATHALIE SONIA ESCANDE BEILLARD
- Determinants influencing polar flagellar biosynthesis and cell division in Campylobacter jejuni
Başlık çevirisi yok
MURAT BALABAN
Doktora
İngilizce
2011
MikrobiyolojiThe University of Texas Southwestern Medical Center at DallasDR. DAVID R. HENDRIXSON