Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörü olan bazı hidroksamik asit türevlerinin bağlanma özelliklerinin moleküler kenetlenme yöntemiyle teorik olarak incelenmesi
Examining the binding properties of some hydroxamic acid derivatives theoretically as a histone deacetylase (HDAC) inhibitor using the molecular docking method
- Tez No: 445139
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA EMİRİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Bu çalışmada inhibisyon aktiviteleri daha önceden belirlenmiş 59 adet hidroksamik asit bileşiğinin enzimin aktif bölgesine bağlanma özellikleri moleküler kenetlenme (Docking) yöntemiyle teorik olarak incelenmiştir. Tüm ligant molekülleri Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) yöntemiyle B3LYP fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edilmiştir. Optimize edilen bileşiklerin oluşum (toplam) Enerjisi, HOMO enerjisi, LUMO enerjisi, HOMO-LUMO enerji farkı (Egap), Kimyasal sertlik (η), Yumuşaklık(S), kimyasal potansiyel (μ), Elektronegativite (χ), İyonlaşma Potansiyeli (IP), Elektrofilisiti index (ω), Elektron Afinitesi (EA) gibi kuantum kimyasal parametreleri hesaplanmıştır. Hesaplanmış olan moleküler tanımlayıcılar ile bu moleküllere ait ölçülmüş inhibisyon aktiviteleri arasındaki ilişki incelenmiştir. Ligand moleküllerinin enzim aktif bölgesindeki bağlanma konformasyonları ve etkileşimleri moleküler kenetlenme yöntemiyle incelenmiştir. Protein Data Bank(PDB)'dan alınan HDAC8'e ait üç boyutlu yapı koordinatlarını içeren 1T64, 1T67, 1T69, 1W22, 4RN0 ve 1VKG PDB kodlu yapılar kullanılarak AutoDock Vina ve Schrödinger Suite programı yardımıyla moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, the binding properties to enzyme active region of 59 hydoxamic acid derivetives of which inhibition activities were defined in literature before were investigated theoretically using Molecular Docking Method. Whole ligand molecules were optimized with DFT method in B3LYP/6-311G(d,p) level using G09 program. Quantum chemical parameters of optimized molecules were calculated such as total Energy, HOMO, LUMO, Egap, hardness (η), softness (S), Chemical Potential (μ), Electronegativity (χ), electrophilicity index (ω), İyonlaşma Potansiyeli (IP) and Elektron Afinitesi (EA). The relationship between calculated molecular descriptors and their inhibition activities were investigated. Docking poses and interactions of the ligand molecules at the enzyme active site were investigated using Molecular Docking Method. For this propose, various type of HDAC8 enzyme structure PDB ID: 1T64, 1T67, 1T69, 1W22, 4RN0 and 1WKG were downloaded from protein databank and molecular Docking studies were done using AutoDock Vina and Schrödinger Suite programs.
Benzer Tezler
- 'C6 glioma hücrelerinde histon deasetilaz inhibitörlerinin ve sinir büyüme faktörü'nün rolü'
'The role of nerve growth factor and histone deacetylase inhibitors in C6 glioma cells'
SEVİNÇ NARİN
- Pankreatik β-hücre farklılaşmasında bazı histon deasetilazların rolü
The role of some histone deacetylases in pancreatic β-cell differentiation
EDİZ ÇOŞKUN
- Spinal müsküler atrofi'li drosophila melanogaster modelinde RDP3 proteini ve histon asetilasyon düzeylerinin araştırılması
Investigation of RPD3 protein and histone acetylation levels in drosophila melanogaster model of spinal muscular atrophy
CEM HAZIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAYAT YURTER
- Assessing the function of chromatin modifying enzymes in medulloblastoma
Medulloblastoma'da kromatin değiştirici enzimlerin fonksiyonlarının incelenmesi
TOLGA LOKUMCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Deneysel ülseratif kolitte bazı histon deasetilaz inhibitörlerinin etkileri
Effects of some histone deacetylase inhibitors in experimental ulcerative colitis
CANSU ÖZAL COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHRİYE PELİN ARDA PİRİNÇÇİ