Geri Dön

Histon deasetilaz (HDAC) inhibitörü olan bazı hidroksamik asit türevlerinin bağlanma özelliklerinin moleküler kenetlenme yöntemiyle teorik olarak incelenmesi

Examining the binding properties of some hydroxamic acid derivatives theoretically as a histone deacetylase (HDAC) inhibitor using the molecular docking method

PDF İndir

  1. Tez No: 445139
  2. Yazar: ELİF ÇİÇEK
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA EMİRİK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 95

Özet

Bu çalışmada inhibisyon aktiviteleri daha önceden belirlenmiş 59 adet hidroksamik asit bileşiğinin enzimin aktif bölgesine bağlanma özellikleri moleküler kenetlenme (Docking) yöntemiyle teorik olarak incelenmiştir. Tüm ligant molekülleri Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) yöntemiyle B3LYP fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) temel seti kullanılarak Gaussian09 programında optimize edilmiştir. Optimize edilen bileşiklerin oluşum (toplam) Enerjisi, HOMO enerjisi, LUMO enerjisi, HOMO-LUMO enerji farkı (Egap), Kimyasal sertlik (η), Yumuşaklık(S), kimyasal potansiyel (μ), Elektronegativite (χ), İyonlaşma Potansiyeli (IP), Elektrofilisiti index (ω), Elektron Afinitesi (EA) gibi kuantum kimyasal parametreleri hesaplanmıştır. Hesaplanmış olan moleküler tanımlayıcılar ile bu moleküllere ait ölçülmüş inhibisyon aktiviteleri arasındaki ilişki incelenmiştir. Ligand moleküllerinin enzim aktif bölgesindeki bağlanma konformasyonları ve etkileşimleri moleküler kenetlenme yöntemiyle incelenmiştir. Protein Data Bank(PDB)'dan alınan HDAC8'e ait üç boyutlu yapı koordinatlarını içeren 1T64, 1T67, 1T69, 1W22, 4RN0 ve 1VKG PDB kodlu yapılar kullanılarak AutoDock Vina ve Schrödinger Suite programı yardımıyla moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır.

Özet (Çeviri)

In this study, the binding properties to enzyme active region of 59 hydoxamic acid derivetives of which inhibition activities were defined in literature before were investigated theoretically using Molecular Docking Method. Whole ligand molecules were optimized with DFT method in B3LYP/6-311G(d,p) level using G09 program. Quantum chemical parameters of optimized molecules were calculated such as total Energy, HOMO, LUMO, Egap, hardness (η), softness (S), Chemical Potential (μ), Electronegativity (χ), electrophilicity index (ω), İyonlaşma Potansiyeli (IP) and Elektron Afinitesi (EA). The relationship between calculated molecular descriptors and their inhibition activities were investigated. Docking poses and interactions of the ligand molecules at the enzyme active site were investigated using Molecular Docking Method. For this propose, various type of HDAC8 enzyme structure PDB ID: 1T64, 1T67, 1T69, 1W22, 4RN0 and 1WKG were downloaded from protein databank and molecular Docking studies were done using AutoDock Vina and Schrödinger Suite programs.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    305544

    'C6 glioma hücrelerinde histon deasetilaz inhibitörlerinin ve sinir büyüme faktörü'nün rolü'

    'The role of nerve growth factor and histone deacetylase inhibitors in C6 glioma cells'

    SEVİNÇ NARİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEHNAZ BOLKENT

  2. Tez No

    426869

    Pankreatik β-hücre farklılaşmasında bazı histon deasetilazların rolü

    The role of some histone deacetylases in pancreatic β-cell differentiation

    EDİZ ÇOŞKUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SELDA OKTAYOĞLU

  3. Tez No

    667476

    Spinal müsküler atrofi'li drosophila melanogaster modelinde RDP3 proteini ve histon asetilasyon düzeylerinin araştırılması

    Investigation of RPD3 protein and histone acetylation levels in drosophila melanogaster model of spinal muscular atrophy

    CEM HAZIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAYAT YURTER

  4. Tez No

    473056

    Assessing the function of chromatin modifying enzymes in medulloblastoma

    Medulloblastoma'da kromatin değiştirici enzimlerin fonksiyonlarının incelenmesi

    TOLGA LOKUMCU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER

  5. Tez No

    798729

    Deneysel ülseratif kolitte bazı histon deasetilaz inhibitörlerinin etkileri

    Effects of some histone deacetylase inhibitors in experimental ulcerative colitis

    CANSU ÖZAL COŞKUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BAHRİYE PELİN ARDA PİRİNÇÇİ

Geri Dön