Kantitatif özelliklerde genomik değerlendirme: Tahmin isabetini etkileyen faktörler ve GBLUP yönteminin isabeti için bir üst sınır
Genomic evaluation of quantitative traits: Factors affecting the prediction accuracy, and an upper bound for accuracy of GBLUP
- Tez No: 450489
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ZİYA FIRAT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Ziraat, Genetics, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Genomik kalıtım derecesi, Tüm genom regresyon yöntemleri, Güvenilirlik, Genetik değer, Genomic heritability, Whole genome regression methods, Reliability, Genetic value
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, genomik tahmin R2 değerinin asimptotik davranışının belirlenmesi amaçlanmıştır. İnsanlardaki bağlantı dengesizliğini yansıtması ve çok sayıda bireye ait genomik verinin elde edilmesi amacıyla, 1,000 Genom Projesi (1,000 Genomes Project) kapsamında 85 Caucasian (Beyaz ırk) bireyinden elde edilen haplotip verileri kullanılarak 10,000 birey 111 kuşak boyunca şansa bağlı olarak eşleştirilecek şekilde bir simülasyon gerçekleştirilmiştir. Genom uzunluğu 0.5 Morgan olarak kısıtlanmış ve simülasyonlar yalnızca ilk 5 kromozomdan seçilen 0.1 Morgan uzunluğundaki bir alanda yer alan lokuslar kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Toplam uzunluğu 30 Morgan olan bir genom için elde edilecek genomik tahmin R2 değeri bu çalışmadakinin 60 katı büyüklüğünde bir referans popülasyon gerektirecektir. Kalıtım derecesi 0.8 olan bir özellik için QTL ve marker allel frekanslarının dağılımları bakımından farklılık gösteren bazı senaryolar oluşturulmuştur. Her bir senaryodaki marker sayısı 4,200, QTL sayısı ise 70 olarak belirlenmiştir. Genomik degerlendirmede isabet bir tahmin edilebilirlik problemi şeklinde ele alınarak güvenilirlik ve dolayısıyla da genomik tahmin R2 değeri için bir üst sınır önerilmiştir. Ayrıca bazı genomik tahmin yöntemleri de, GBLUP, BayesB ve BayesC, isabetleri bakımndan karşılaştırılmıştır. Sonuçlar, genom boyu 30 Morgan olarak alındığında Bayesçi değişken seçim yöntemleri BayesB ve BayesC'nin görece düşük referans popülasyon büyüklüklerinde (< 6, 000 birey) GBLUP yöntemine göre bir üstünlüklerinin olmadığını ortaya koymuştur. Diğer yandan, referans popülasyon büyüklüğü arttıkça söz konusu yöntemlerin GBLUP yöntemine göre daha isabetli tahminler sağladığı ortaya konmuştur. Referans popülasyon büyüklüğü yaklaşık yarım milyona ulaştığında her üç tahmin yöntemi de benzer genomik tahmin R2 değerleri vermiş olup, bu değerler genomik kalıtım derecesine yaklaşmaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aims at characterizing the asymptotic behavior of genomic prediction R2. Haplotypes derived from whole-genome sequence of 85 Caucasian individuals from the 1,000 Genomes Project were used to simulate random mating in a population of 10,000 individuals for 111 generations to create the LD structure in humans for a large number of individuals. To reduce computational demands, only SNPs within a 0.1 Morgan region of each of the first 5 chromosomes were used in simulations, and therefore, the total genome length simulated was 0.5 Morgan. When the genome length is 30 Morgan, to get the same genomic prediction R2 as with a 0.5 Morgan genome would require a reference population 60 fold larger. Three scenarios were considered varying in minor allele frequency distributions of markers and QTL, for h2=0.8 resembling height in humans. Total number of markers was 4,200 and QTL were 70 for each scenario. In this study, we considered the prediction accuracy in terms of an estimability problem, and thereby provided an upper bound for reliability of prediction, and thus, for prediction R2. Genomic prediction methods GBLUP, BayesB and BayesC were compared. Our results imply that variable selection methods BayesB and BayesC applied to a 30 Morgan genome have no advantage over GBLUP when the size of reference population was small (<6,000 individuals), but are superior as more individuals are included in the reference population. All methods become asymptotically equivalent in terms of prediction R2, which approaches genomic heritability when the size of the reference population reaches about half a million individuals.
Benzer Tezler
- Derin sinir ağları ile genomik tahminler: Deneysel yaklaşım
Genomic predictions with deep neural networks: Experimental approach
ANIL KASAKOLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatAnkara ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEYRANİ KONCAGÜL
PROF. DR. RUKİYE DAĞALP
- Türkiye Karadeniz Bölgesi Aedes albopictus popülasyonlarında defensin-C geninin moleküler karakterizasyonu, filogenetik analizi ve probiyotik lactococcus lactis uygulamasına bağlı ekspresyon düzeyinin incelenmesi
Molecular characterization, phylogenetic analysis and expression profiling of the defensin-c gene in Aedes albopictus populations from the Black Sea Region of Türkiye following probiotic lactococcus lactis treatment
TUNCER BİÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
ParazitolojiErciyes ÜniversitesiVeterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
- Array-CGH ile tespit edilen kopya sayısı değişikliklerinin doğrulanmasında kantitatif PCR yönteminin kullanılması
Başlık çevirisi yok
AYSEL ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERDA EMRİYE PERÇİN
- Bazı Salvia türlerinin sekonder metabolitlerinin analizi, genomik karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Analysis, genomic characteristics and biological activities of secondary metabolites of some Salvia species
SEDA DAMLA HATIPOĞLU
Doktora
Türkçe
2017
Botanikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURAN ÖZTÜRK
PROF. DR. GÜLAÇTI TOPÇU
- Kistik fibrozis hastalarında Pseudomonas aeruginosa: Antibiyotik toleransı, hipermutasyon, biyofilm ve pulsed field (darbeli alan) jel elektroforezi (PFGE)/ Multilokus Sekans Tiplendirmesi (MLST) yöntemleri ile hastalar arası bulaşın genomik analizi
Pseudomonas aeruginosa in patients with cystic fibrosis: Genomic analysis of interpatient transmission using antibiotic tolerance, hypermutation, biofilm formation, and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) / multilocus sequence typing (MLST) methods
ÖZNUR GÜRPINAR TOSUN
Doktora
Türkçe
2026
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGEN ESER