Siyah alaca ırkı süt sığırlarında metabolik hastalıklar ile ilişkili snp bölgelerinin belirlenmesi
Determination of snp regions associated with metabolic diseases in holstein dairy cattle
- Tez No: 887056
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SEYRANİ KONCAGÜL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Ziraat, Biotechnology, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 198
Özet
Genomik seleksiyonda GWAS, genom boyu gen haritalarını çıkararak üzerinde durulan kantitatif özellikler ile ilişkilendirme yapmaya imkan sağlamaktadır. Bu çalışmada, Türkiye Siyah Alaca referans popülasyonunda metabolik hastalıklar-SNP ilişkileri araştırılmıştır. Çalışmanın materyalini Türkiye Damızlık Sığır Yetiştiricileri Merkez Birliği e-Islah veri tabanı soykütüğü bilgi sisteminde kayıtlı olan ve 2013-2019 yılları arası hastalık/sağlık kayıtları (abomasum deplasmanı (AD), asidosiz, ketosiz (KET), laminitis (LAME), mastitis (MAST), metritis (MET) ve distosi) tutulan 5 farklı işletmedeki 1494 baş sığır oluşturmuştur. Hayvanların işletmelere dağılımı sırasıyla 314, 273, 396, 239 ve 272 baştır. Genotiplendirme AffymetrixThermo Fisher Axiom™ 2.0 Assay Mini 96-Array 54 K çipi ile cihazı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. SNP kalite kontrollerinden sonra toplam 31944 SNP analize dahil edilmiştir. SNP kalite kontrolleri ve SNP imputasyonu“R-programı statgenGWAS paketi codeMarkers”fonksiyonu ile gerçekleştirilmiştir. SNP önemlilik düzeyleri Bonferroni ve false discovery rate (FDR) analiz yöntemlerine göre yapılmıştır. Araştırma sonucunda, AD için BTA1 üzerinde rs108977638, BTA6 üzerinde rs41653382, rs42434064, rs42716880, rs41599002, rs42483723, rs42596633, rs41599001, rs42225005, rs110875592, rs110555091, rs109362007, rs109898977, rs42800435, rs43468476, rs109535691 olmak üzere 15 SNP tespit edilmiştir. Asidosiz için, BTA5 üzerinde, rs109061965, rs109135444, rs110898024, rs41589061, rs109144266 ve rs110910863, BTA6 üzerinde rs43470825, BTA10 üzerinde rs110586840, BTA13 üzerinde rs109213987, BTA23 üzerinde rs110496103, rs43561770 ve rs43561026, BTA29 üzerinde rs42195584 olmak üzere 13 SNP tespit edilmiştir. KET için, BTA5 üzerinde rs41660455, BTA11 üzerinde rs42877074, rs109209415, rs41571435 ve rs41255381, BTA14 üzerinde rs111011634, BTA19 üzerinde rs109275827, BTA23 üzerinde rs41640755, rs110762232, rs110985849, rs41640101, rs29011724 ve rs41640801, BTA24 üzerinde rs109722348, rs109736258 ve rs110839120 olmak üzere 16 SNP tespit edilmiştir. LAME için BTA6 üzerinde rs41656198, BTA20 üzerinde rs29019948 ve rs133216555, BTA23 üzerinde rs110698184, BTA25 üzerinde rs110902197 ve rs111021726, BTA26 üzerinde rs109412361, rs41648690, rs41584050, rs41584051 ve rs109886785 olmak üzere 11 SNP tespit edilmiştir. 6 MAST için, BTA4 üzerinde rs446835931, rs437402990, rs133577863, BTA13 üzerinde rs41691619, BTA15 üzerinde rs135984951, BTA16 üzerinde rs41569572, rs43028823, rs41596552, rs109807671, rs41593666, BTA17 üzerinde rs41641183, rs41845660, rs110588231, BTA21 üzerinde rs109500593 ve BTA24 üzerinde rs109467990 toplamda 15 SNP tespit edilmiştir. MET için, BTA7 üzerinde rs109608698, BTA11 üzerinde rs41592128 ve BTA28 üzerinde rs109575431 olmak üzere 3 SNP tespit edilmiştir. Distosi için, BTA3 üzerinde rs42253081 ve rs42254986, BTA12 üzerinde rs42440851 ve rs110130678, BTA15 üzerinde rs109306973, BTA19 rs41919745 ve BTA27 üzerinde rs41584780, rs42120913, rs42121639 'da 9 SNP tespit edilmiştir. Sonuç olarak, ilgili hastalıklar bakımından dirençli Siyah Alaca sığır popülasyonu elde etmek için, tespit edilen bu SNP'ler genomik seleksiyon programında kullanılmak üzere aday gen olarak önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
In genomic selection, GWAS enables making associations with the quantitative traits emphasized by creating genome-wide gene maps. In this study, metabolic diseases-SNP relationships were investigated in the holstein dairy cattle reference population.The material of the study was collected from the disease/health records (abomasum displacement (AD), acidosis, ketosis (KET), laminitis (LAME), mastitis (MAST)) registered in the Turkish Breeding Cattle Breeders' Central Association e-Islah database pedigree information system between 2013 and 2019. ), metritis (MET) and dystocia) consisted of 1494 head of cattle in 5 different enterprises. The distribution of animals to holdings is 314, 273, 396, 239 and 272 heads, respectively. Genotyping was performed using a instrument with the AffymetrixThermo Fisher Axiom™ 2.0 Assay Mini 96-Array 54K chip. After SNP quality checks, a total of 31944 SNPs were included in the analysis. SNP quality checks and SNP imputation were performed with the“R-program statgenGWAS package codeMarkers”function. SNP significance levels were made according to Bonferroni and false discovery rate (FDR) analysis methods. As a result of the research, rs108977638 on BTA1, rs41653382, rs42434064, rs42716880, rs41599002, rs42483723, rs42596633, rs41599001, rs42225005, rs11087559 on BTA6. 15 SNPs were detected: 2, rs110555091, rs109362007, rs109898977, rs42800435, rs43468476, rs109535691. For acidosis, rs109061965, rs109135444, rs110898024, rs41589061, rs109144266 and rs110910863 on BTA6, rs43470825 on BTA6, rs110586840 on BTA10, rs109 on BTA13 13 SNPs were detected: 213987, rs110496103, rs43561770 and rs43561026 on BTA23, and rs42195584 on BTA29. For KET, rs41660455 on BTA5, rs42877074, rs109209415, rs41571435 and rs41255381 on BTA14, rs111011634 on BTA19, rs109275827 on BTA19, rs41640755 on BTA23, rs11 16 SNPs including 0762232, rs110985849, rs41640101, rs29011724 and rs41640801, rs109722348, rs109736258 and rs110839120 on BTA24 has been detected. For LAME: rs41656198 on BTA6, rs29019948 and rs133216555 on BTA20, rs110698184 on BTA23, rs110902197 and rs111021726 on BTA25, rs109412361, rs41648690 on BTA26, rs4 11 SNPs were detected: 1584050, rs41584051 and rs109886785. 8 For MAST, rs446835931, rs437402990, rs133577863 on BTA4, rs41691619 on BTA13, rs135984951 on BTA15, rs41569572, rs43028823, rs41596552 on BTA16, rs109807 A total of 15 SNPs were detected: 671, rs41593666, rs41641183 on BTA17, rs41845660, rs110588231, rs109500593 on BTA21 and rs109467990 on BTA24. has been made. For MET, 3 SNPs were detected: rs109608698 on BTA7, rs41592128 on BTA11, and rs109575431 on BTA28. For dystocia, rs42253081 and rs42254986 on BTA3, rs42440851 and rs110130678 on BTA12, rs109306973 on BTA15, rs41584780, rs42120913 on BTA19 and rs41919745 on BTA27 9 SNPs were detected in 21639. As a result, these identified SNPs are recommended as candidate genes to be used in the genomic selection program in order to obtain a population of Holstein Friesian cattle resistant to relevant diseases.
Benzer Tezler
- Süt sığırlarında kuru dönemde düşük enerji içeren rasyon ile beslemenin doğum sonrası metabolik rahatsızlıklar ve süt verimi üzerine etkisi
The effect of feeding with low-enegry diet in dry period on postpartum metabolic disordersand milk yield in dairy cow
YUSUF KOÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Veteriner HekimliğiSelçuk ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUSUF CUFADAR
- Süt sığırlarında verimli yaşam uzunluğuna ait kalıtım derecesinin survival analizi ile tahminlenmesi
Estimation of heritability related to length of productive life for dairy cows using survival analysis techniques
İSA ALTUN
- Siyah Alaca'larda topallığın sıralı lojistik regresyon analizi ile değerlendirilmesi
Evaluation of lameness for Holstein Friesian cows with ordinal logistic regression analysis
ŞEYDA ER
- Trakya bölgesinde yetiştirilen siyah alaca süt sığırlarında döl ve süt verimlerinin bazı sistematik faktörler açısından değerlendirilmesi
The genetic parameter estimates of holstein dairy cattles raised in Trakya region
ECE ÖZEL CURA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatNamık Kemal ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YAHYA TUNCAY TUNA
- Farklı iklim koşullarındaki tarım işletmelerinde yetiştiriciliği yapılan siyah alaca süt sığırlarında sıcaklık ve bağıl nemin süt verimi üzerine etkisi
The effect of temperature and relative humidity on milk yield of holstein dairy cattle raised in agricultural enterprises under different climatic conditions
GÖKHAN GELİR