Investigation of cell cycle network of yeast using Lab-on-a Chip platform
Çip-üzerinde-platform kullanarak maya hücresinin yaşam döngüsünün incelenmesi
- Tez No: 453612
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN, DOÇ. DR. ŞENOL MUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 345
Özet
Genom istikrarsızlığı, kanser ve nörodejenerasyon gibi yaşlanma ve yaş ile ilgili hastalıklarda rol oynayan belirgin bir faktör olarak gösterilmiştir. Bununla birlikte, genetik istikrarsızlık ile ilişkili moleküler mekanizmalar belirsizliğini korumaktadır. Son çalışmalar, maya ve daha kompleks ökaryotlarda bulunan büyüme sinyalinin DNA hasarına sebep olan DNA eşlenme stresini aktive etmesi ile oksidatif stres ve yaşlanmaya bağlı hastalıkları etkileyebileceğini göstermiştir. Bu tez kapsamında, maya hücrelerinde Sld7 proteininin rolünü araştırmak için, mayanın interaktom ve transkriptom verilerini birleştiren bir ağ biyolojisi yaklaşımı uygulanmıştır. Gelişmekte olan mayadaki hücre döngüsü ve kronolojik yaşlanma süreçlerinin protein-protein etkileşim ağları yeniden oluşturulmuştur. Nihai amaç, farklı koşullar altında Çip-üzerinde-Laboratuvar platformu kullanılarak yabanıl tip doğal fenotipli ve sld7Δ mutant hücrelerinin davranışlarının izlendiği mikroakışkan teknolojisi kullanarak Sld7 proteininin varsayılan moleküler fonksiyonunu belirlemek ve hesaplama çalışmalarını deneysel bulgularla desteklemektir. Yabanıl tip hücreler ve mutant maya hücreleri, hem alkilleyici bir faktör ile hemde normal koşullarda glikoz açısından zengin YNB veya YPD ortamında yetiştirildi. Tutulan hücrelerin ışık mikroskobu görüntüleri Nikon Eclipse-T ters mikroskop ile düzenli aralıklar ile çekilmiş ve daha sonra ImageJ yazılımı ile işlenmiştir. Hücre sayımı, alan ve çevre değerlerinin sonuçları analiz edilmiş ve hücre boyutlarını (ana ve tomurcuk) hesaplamak için kullanılmıştır. Yabanıl tip ve sld7Δ mutant hücrelerinin G1 ve S / G2 / M fazlarının süreleri, kontrol ve çeşitli çevresel stres koşulları altında belirlenmiştir. Çoklu omik verileriyle sistem biyolojisi yaklaşımı sonucunda, Sld7 proteininin iki farklı görevi olduğu görülmüştür, ve bunlar: hücre döngüsünde“makromoleküler kompleks bağlanmaya”katılması ve tomurcuklanan mayada kronolojik yaşlanmada ise“oksidoredüktaz aktivitesi”şeklindedir. Mayada bulunan Sld7 proteininin bu muhtemel fonksiyonları, insandaki homolog proteini olarak varsayılan MTBP'nin insan metabolizmasındaki rolü hakkında yeni bilgiler sunabilir.
Özet (Çeviri)
Genome instability has long been implicated as a salient causal factor in aging and age related diseases such as cancer and neurodegeneration. However, the molecular mechanisms associated with genome instability remain unclear. Recent studies suggest that growth signaling in the organism Saccharomyces cerevisiae and in higher eukaryotes might affect oxidative stress and aging/age-related diseases by activating DNA replication stress that causes DNA damage. Within the scope of this thesis, to investigate the role of Sld7p in yeast cells, a network biology approach, combining the interactome and transcriptome data of budding yeast, was applied. The protein-protein interaction networks of cell cycle and chronological aging processes in budding yeast were reconstructed. The ultimate aim was to determine the putative molecular function of the Sld7p by using microfluidic technology, where the behavior of the wild-type and sld7∆ mutant cells were followed on a Lab-on-a-Chip (LoC) platform under different conditions and consequently to support the computational studies by experimental findings. The wild type and mutant yeast cells were grown in glucose rich YNB or YPD media with or without an alkylating agent. The brightfield microscopy images of the trapped cells were captured by Nikon Eclipse-T inverted microscope at regular time intervals and then processed via ImageJ software. The results of cell count, area and perimeter values were analyzed and used to calculate the cell sizes (mother and bud). The durations of G1 and S/G2/M phases of wild type and sld7∆ mutant cells were determined under control and environmental stress conditions. Our multi-omics approach indicated a dual role for Sld7: it participates in“macromolecular complex binding”in cell cycle and has“oxidoreductase activity”in chronological aging in budding yeast. These potential functions of Sld7 in yeast can offer new insights on the role of its putative homolog MTBP in humans.
Benzer Tezler
- MDA-MB-231 ve FUCCI MDA-MB-231 hücrelerinde sentrozomal proteinlerin yerleşimlerinin araştırılması
The investigation of the localization of centrosomal proteins in MDA-MB-231 and FUCCI MDA-MB-231 cell lines
DOĞAN DURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
- Computational investigation of protein dynamics based on energy dissipation
Proteın dinamiği üzerine enerji dağılımına dayalı hesapsal araştırma
ELİF NAZ BİNGÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. PEMRA ÖZBEK SARICA
- Investigation of the effects of centrosome defects on the development of prostate cancer
Sentrozom hatalarının prostat kanseri gelişimine olan etkilerinin araştırılması
AADIL JAVED
Doktora
İngilizce
2022
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL SAMİ KORKMAZ
- Investigation of the effects of nicotine on the expression profile of SW620 colon adenocarcinoma cells using a functional genomics approach
Nikotinin SW620 kolon adenokarsinom hücrelerinin gen ifade profili üzerine olan etkisinin işlevsel genomik yaklaşımlarla araşırılması
ONUR KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Design and synthesis of anthracenetetrone-based redox-active porousorganic polymer as a cathode material for zinc-ion batteries
Çinko-iyon bataryalar için katot malzemesi olarak antrasentetron-esaslı redoks-aktif gözenekli organik polimerin tasarımı ve sentezi
FERİT BEGAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR BÜYÜKÇAKIR