Türkiye'de bulunan bazı yerli sığır ırklarının mitokondrial dna d-loop bölgesi polimorfizminin dna dizi analizi yöntemi ile araştırılması
Investigation of mtdna d-loop region polymorphism with dna sequence analysis of various cattle breeds in Turkey
- Tez No: 455835
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET NİZAMLIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Genetik, Biochemistry, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Filogenetik çalışmalarda mitokondrial DNA; türlerin coğrafi dağılımına göre farklılıklar göstermesi, genomik DNA'ya oranla daha hızlı evrimleşmesi, rekombinasyon olmayışı ve maternal kalıtım göstermesi gibi özelliklerinden dolayı sıklıkla tercih edilen belirteçlerden birisidir. Bu çalışmada Güney Anadolu Kırmızısı (GAK, n=51), Yerli Kara (YK, n=50), Boz Irk (BOZ, n=54) Yerli Güney Sarısı (YGS, n=51), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK, n=54) ve Zavot (ZAV, n=19) sığır ırklarının (n=279) mitokondrial DNA çeşitlilikleri, ırklar arası farklılıkları ve bu farklılıkların coğrafik yerleşimleri ile olan ilişkisinin ortaya konulması amacıyla mitokondrial DNA D-Loop bölgesi analizi yapılmıştır. Araştırmada, öncelikle sığır ırklarından örnekleme çalışması yapılmıştır. Irkların sahip olduğu genetik çeşitliliğin güvenilir olması için ırklara ait bireylerin birbirine uzak bölgelerden olmasına, akraba olmamalarına, cinsiyet, yaş, sağlık ve ırk özelliklerine dikkat edilmiş, coğrafi alan bilgileri kaydedilmiştir. DNA izolasyonu Standart Fenol/Kloroform Yöntemi kullanılarak, mtDNA D Loop bölgesinin yükseltgenmesi ise PZR ile gerçekleştirilmiştir. DNA dizi analizi sonrası, referans DNA dizisi ile hizalanan örneklerin haplotiplerinin belirlenip soy ağaçlarının çizilmesi için BioEdit version 5.0.6, DNAsp version 5.10.01, MEGA 4.0, Network, Arlequin, Phylip ve Treeview yazılım programları kullanılmıştır. DNA dizi analizi sonrası elde edilen sekans verileri kullanılarak, nükleotid ve haplotip çeşitliliği belirlenmiş, ırkların biribirleri ile olan genetik uzaklıkları Neighbor joining ağacı ve Median joining networku ile görsel hale getirilmiş, uyumsuzluk dağılım analizi, nötralite testleri ve AMOVA analizleri yapılarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak dünya sığır ırkları ile karşılaştırıldığında, Anadolu yerli sığır ırklarının, nükleotid (?=0,02240, ±0,0005) ile haplotip çeşitliliği (H=0,9966, ±0,0006) ve haplotip sayılarının oldukça yüksek olması, ayrıca populasyon içi ve populasyonlar arası varyasyonun da yüksek olarak belirlenmesi Türkiye'nin, sığırın evcilleştirilmesinde merkezi bir konumda olduğu fikrini desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Mitochondrial DNA is one of the most preferred markers used in phylogenetic studies, due to its unique features, such as capacity to demonstrate maternal inheritance, higher evolutionary rate compared to genomic DNA, geographic distribution of species and absence of recombination. In this study, the mitochondrial DNA D-Loop region was analyzed in South Anatolian Red (SAR, n=51), Anatolian Black (NB, n=50), Anatolian Grey (AG, n=54), Native Southern Anatolian Yellow (NSAY, n=51), East Anatolian Red (EAR, n=54) ve Zavot (ZAV, n=19) cattle breeds (n=279) to reveal diversity of mitochondrial DNA, differentiation of breeds, and relevance between genetic differentiations and geographic distributions. Primarly, sampling study from native cattle breeds. İndividuals of breeds have to be from different areas, they shouldnt be relatives, gender, age, health and breed properties have to been noted and geographical areas's information has been recorded for reliability of genetic diversity of cattle breeds. Genomic DNA isolation with a Standard Phenol/Chloroform method and mtDNA D-loop sequence amplification with PCR method was done in this study. After mtDNA sequence analysis, sequence of the D-Loop region was aligned with reference sequence. Haplotypes were determined and phylogenetic tree was constructed using BioEdit version 5.0.6, DNAsp version 5.10.01, MEGA 4.0 Network, Arlequin, Phylip and Treeview software.The sequence data were examined for nucleotide and haplotypes diversity, genetic distance between breeds visualized with Neighbor joining tree and Median joining network, evaluated with mismatch distribution analyses, neutrality tests and AMOVA analyses. As a result In comparison with cattle breeds throughout the world, the higher nucleotide(?=0,02240, ±0,0005) and haplotype diversity (H=0,9966, ±0,0006) higher haplotype number and also high genetic variation within and between the populations for Native Anatolian Cattle Breeds, supports the idea that Anatolia has been situated in a central position during the domestication process of the cattle species.
Benzer Tezler
- Türkiye'de bulunan bazı yerli sığır ırklarının genetik yapılarının karakterizasyonu
Genetic characterization of some Turkish cattle breeds
YUSUF ÖZŞENSOY
Doktora
Türkçe
2011
GenetikSelçuk ÜniversitesiZootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERCAN KURAR
- Türkiye'de bulunan bazı sığır ırklarının OLR1 gen polimorfizminin araştırılması
Investigation of OLR1 gene polymorphism in gene cattle in Turkey
GÖZDE YAZICITUNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NİZAMLIOĞLU
- Türkiye'de bulunan bazı sığır ırklarının DGAT1 ve PRNP gen polimorfizminin araştırılması
Investigation of DGAT1 and PRNP Genes Polymorphism of Various Cattle Breeds in Turkey
İCLAL ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NİZAMLIOĞLU
- Türkiye'de yetiştirilen bazı yerli ve kültür ırkı sığırlarda A1 / A2 sütü üretim imkânları ile beta-kazein geni (CSN2) ekzon 7 (TaqI) bölgesi bakımından polimorfik yapının belirlenmesi
Determination of polymorphic structure on exon 7 of beta-casein gene (CSN2) and A1 / A2 milk production potentiality in some domestic and crossbreed cattle breeds reared in Turkey
ÖZCAN ŞAHİN
- Türkiye'de yetiştirilen bazı sığır ırklarında akirin 2 gen polimorfizminin PCR-RFLP yöntemi ile belirlenmesi
Detection of akirin 2 gene polymorphism with PCR-RFLP method in cattle breeds breeding in Turkey
GÜRAY COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLAL AKYÜZ