Escherichia coli'de oksidatif stres ile ilişkili genlerin metal direncindeki rollerinin araştırılması
Investigation of oxidative stress related genes in Escherichia coli metal resistance
- Tez No: 456132
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖNDER İDİL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, Metal stresi, Reaktif oksijen radikali, Escherichia coli, metal stress, reactive oxygen radicals
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Amasya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 142
Özet
Bu çalışmanın amacı, bazı metallerin sebep olduğu stres altında, Escherichia coli'nin yaşamında oksidatif stres genlerinin rollerinin belirlenmesidir.Escherichia coli, doğada birçok stres faktörü ile başa çıkmak zorundadır. En önemlilerinden biri olan oksidatif stres, canlıların doğada ve aerob metabolizmalarının gereği oldukça sık karşılaştıkları bir stres faktörüdür. Bu stres ile başa çıkabilmek için birçok enzimatik ve enzimatik olmayan korunma mekanizmalarına sahiptir. Çalışmada Escherichia coli'nin oksidatif strese karşı korunmada rol alan sodA, sodB, sodC, katE, katG, ahpC, zwf, btuE enzimleri ile bu enzimlerin regülasyonunda görev alan oxyR, soxR, soxS düzenleyici genlerine sahip mutant bakteriler kullanılmıştır. Japon Ulusal Genetik merkezinden temin edilen Escherichia coli BW25113 mutantlarından P1 transdüksiyon ile mutasyon bölgeleri Escherichia coli W3110 bakterisine aktarılarak, mutant genlere sahip E. coli W3110 elde edilmiştir. Aynı şekilde Japonyadan temin edilen plazmitler doğrulama testleri için bu mutantlara transformasyon ile aktarılmıştır. Belirtilen genlerin metal direncindeki rollerinin analizi için; Cu, Zn, Ni, Co, Mn, Al, Pb, Cd, Cr, Mo, Hg metallerinin Minimal İnhibisyon Konsantrasyonu testleri, fosfat tamponunda Minimal İnhibisyon Konsantrasyonu değerinin yarısı ile metal varlığında yaşam deneyleri, farklı konsantrasyonlarda çeşitli metallerin bulunduğu katı besiyerlerinde ise farklı sayılarda bakteriler ile üreme testleri yapılmıştır. Önemli rol oynadığı belirlenen genlerin doğrulaması için plazmit transformasyonu yapılmış genlere sahip mutantlar ile aynı testler tekrarlanmıştır. Çalışma sonucunda, metal stresi altında oksidatif stres genlerinden sodB ve katE'nin metal direncinde en önemli gen bölgeleri olduğu belirlenmiştir. Bu ilişki ile literatüre, metal stresine karşı korunmada global mekanizmanın nasıl olduğuyla ilgili katkı sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
The purpose of this work is to determine the roles of the oxidative stres genes in the survival of Escherichia coli under the effect of some metals that cause stress.Escherichia coli has to cope with the stress factor in nature. Oxidative stress is a common stres factor that microorganisms often encounter in nature and related to their aerobic metabolisms. They have various enzymatic and nonenzymatic protection mechanisms to overcome this stress. In this study, to research of the roles of sodA, sodB, sodC, katE, katG, ahpC, zwf, btuE enzymes and oxyR, soxR, soxS regulation genes on the protection of Escherichia coli again oxidative stres the relation with metals, mutant bacteria were used. The mutant genes of Escherichia coli BW25113 obtained from Japan National Genetic Center were transfered with P1 transduction Escherichia coli W3110 bacteria, and E. coli W3110 that have a mutant gene were obtained. Plazmits that obtained from Japan were transfered to these mutants for complementation tests. For the analyses of metal resistance of these genes, Minimal Inhibitory Concentration tests in microplates of Cu, Zn, Ni, Co, Mn, Al, Pb, Cd, As, Cr, Mo, Hg metals, the viable experiments in metal existence with the half of Minimal Inhibitory Concentration values in phosphate buffer, the reproduction tests are carried out with various amount of bacteria in nutrient agar with the concentration of different metals. At the end of the studies, the same tests are repeated with the mutants that have the plazmit transformation genes for the accuracy of the genes that play an important roles. At the end of the study, the role of the oxidative stress genes relation with the metal stress, and what genes play roles on the metal resistance under different conditions were determined. It is aimed to contribute global mechanisms to protect againts metal stress in literature with the help of this project.
Benzer Tezler
- Escherichia coli'nin farklı pH'larda fotooksidatif stres altında yaşamı
Life of Escherichia coli under photooxidative stress at different pH
MUSA CAN MANSUROĞLU
- Farklı Raphanus sativus (siyah, kırmızı ve Çin) çeşitlerinin antibakteriyel ve antioksidan aktivitesi
Antibacterial and antioxidant activity of different Raphanus sativus (black, red and Chinese) varieties
ABDULMAJEED HAMEED KHALAF KHALAF
- Acı yavşan otu ve sinir otunun antimikrobiyal, antioksidan ve antifungal etkileri
Antimicrobial, antioxidant and antifungal properties of Artemisia absinthium L. and Plantago major
SİBEL DABAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyolojiKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTAÇ KOCABAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ÇİÇEK
- Microbial decontamination of food packaging films using corona non-thermal plasma
Korona deşarjlı soğuk plazma uygulaması ile gıda ambalaj filmlerinin mikrobiyal dekontaminasyonu
EMİNE GİZEM ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRBÜZ GÜNEŞ
- Recombinant production and characterization of aquaporin protein isolated from geobacillus thermoleovorans ARTR1 and virgibacillus sp. agtr strains
Vırgıbacıllus sp. agtr, geobacıllus thermoleovorans ARTR1 suşlarından izole edilen akuaporin proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
ŞEVVAL UYSALCAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DR. ÖĞR. ÜYESİ NACİYE ESRA ATEŞ GENCELİ