Pseudomonas aeruginosa klinik izolatlarında beta-laktamaz direnç genleri ile integronların belirlenmesi ve bazı bitki ekstrelerinin dirençli izolatlar üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of beta-lactamases genes and integron cassettes in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates and effects of some plant extract on resistant isolates
- Tez No: 456958
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. FATİH ŞABAN BERİŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu doktora tez çalışmasında, 91 Pseudomonas aeruginosa klinik izolatında β-laktamaz direnç genleri ve integronlar araştırıldı. Ayrıca dirençli izolatlar üzerinde bazı bitki ekstrelerinin etkileri agar kuyucuk yöntemiyle belirlendi. blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaGES, blaVEB, blaPER-2, blaPER-1-3-4-5, blaPER-6, blaKPC, blaIMP, blaVIM, blaNDM-1, blaOXA-23, blaOXA-40, blaOXA-48, blaOXA-51, blaOXA58, blaGIM-1, blaSIM-1, blaSPM-1 ve blaCMY'yi içeren β-laktamaz direnç genleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile araştırıldı. Sınıf 1 ve Sınıf 2 integronlarını tespit etmek için sırasıyla 5'-CS/3'-CS, hep51/hep74 değişken bölge primerleri kullanılarak PZR yapıldı. PZR çalışmaları sonucunda blaTEM-1, blaPER-1, blaVIM-2 blaVIM-38 blaNDM-1 genleri tespit edildi ve baz dizin analizi ile doğrulandı. 91 P. aeruginosa izolatının 33'ünde Sınıf 1 integron gen kaseti tespit edildi. Tespit edilen integronların AacA4, AacA4/OXA-2 benzeri, AAC(6')-Ib/AacA4/AadA7e, AacA4/“AAC6'IB”, GcuD/AAC(6')-I/QacK, AacA4/AadA1, VIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 gen kasetlerini içerdikleri baz dizin analizi ile belirlendi. Bir P. aeruginosa klinik izolatında 3,239 bp büyüklüğünde metallo β-laktamaz (MBL) geni içeren yeni bir gen kaseti blaVIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 gen kaseti tespit edildi. İzolatların hiçbirinde Sınıf 2 integron belirlenmedi. REP-PZR ile tüm izolatlar 9 farklı grup altında toplandı. Ribes rubrum, Prunus divaricata ve Duchesnea indica'nın meyve, Punica granatum'un yaprak ve Vitis vinifera'nın taze sürgün kısımlarının metanol özütlerinde direnç genleri ve direnç gen kasetlerini taşıyan klinik P. aeruginosa suşları üzerine inhibisyon etkisinin bulunduğu belirlendi.
Özet (Çeviri)
β-lactamase genes and integrons in clinical isolates of 91 Pseudomonas aeruginosa were investigated for in this PhD thesis. And also, inhibitory effects of 15 plant extracts on resistant isolates were determined by the agar well method. β-lactamase resistance genes including blaTEM, blaSHV, blaCTX-M1, blaCTX-M2, blaGES, blaVEB, blaPER-2, blaPER-1-3-4-5, blaPER-6, blaKPC, blaIMP, blaVIM, blaNDM-1, blaOXA-23, blaOXA-40, blaOXA-48, blaOXA-51, blaOXA58, blaGIM-1, blaSIM-1, blaSPM-1 ve blaCMY were determined by PCR. Class I and Class II integron cassette were amplified by PCR with 5'-CS /3'-CS and hep51/hep74 variable region primers, respectively. blaTEM-1, blaPER-1, blaVIM-2, blaVIM-38, and blaNDM-1 were determined and verified by DNA sequenced. Class I integron casette including 91 isolates as AacA4, AacA4/OXA-2 like, AAC(6')-Ib/AacA4/AadA7e, AacA4/“AAC6'IB”, GcuD/AAC(6')-I/QacK, AacA4/AadA1 and VIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 was found in 33 isolates but no Class II ones. A novel gene cassette array blaVIM-38/AAC(6')-Ib/EmrE/aadA1 with an metallo β-lactamase (MBL) gene was detected in a P. aeruginosa clinical isolate as 3,239 bp. All isolates were classified into 9 different groups by REP-PCR. Extract from fruits, leaves, flowers, and/or young branches parts of 15 different plants were used to determine growth inhibitory effect on resistant isolates. Extract from R. rubrum fruit, P. divaricata fruit, D. indica fruit, P. granatum leaf, and V. vinifera young branches were observed against clinical P. aeruginosa strains which carrying resistance genes and resistance gene cassette
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarındaki antibiyotik direncinin moleküler analizi
Molecular analysis of antibiotic resistance in carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates isolated from clinical samples
GÜLŞAH ALTAN
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- Boğazdan izole edilen coliform bakterilerin B- laktamaz enzim aktivitelerinin tesbit edilmesi ve B-laktamaz pozitif coliformların penisilinetkisinin inaktivasyonunun in vitro deneylerle gösterilmesi
The Detection of beta-lactamasa activity of coliform bacteria isolated from th roat cultures and slovving the inactivation of penicilin by this beta lactamase produced by this caliform organisms
GÜVEN URAZ
Doktora
Türkçe
1986
MikrobiyolojiGazi ÜniversitesiGenel Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN BERKMAN
- Pseudamanas syringae ve pathavarlarının tanılanmalarında biyokimyasal ve morfolojik özelliklerin belirlenmesi üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
A.ALEV GÖKDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatEge ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HİKMET SAYGILI
- Antalya ili domates alanlarında bakteriyel hastalıklar üzerinde araştırmalar
An Investigation on the bacterial diseases of tomato in Antalya
ERDEM KAHVECİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatAnkara ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH GÜRCAN