Geri Dön

Bacterial uptake of antimicrobial peptides

Antimikrobiyal peptidlerin hücre içine alımı

PDF İndir

  1. Tez No: 459387
  2. Yazar: DENİZ IRVALI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ, DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 104

Özet

Beta laktam antibiyotiklerinin keşfi, bakteri kaynaklı hastalıkların tedavisinde çok önemli gelişmeler sağlamıştır. Zaman geçtikçe bazı bakteri tipleri beta laktam antibiyotiklerine karşı direnç geliştirmiş, bu durum da antibiyotiklerin etkisini önemli ölçüde azaltmıştır. En önemli direnç mekanizması bakteriler tarafından üretilen beta laktamaz enzimleridir. Antibiyotikleri beta laktamazın hidrolize edici etkilerinden korumak için sulbaktam, klavulanik asit ve tazobaktam gibi beta laktamaz inhibitörleri geliştirilmiş ve dünya çapında kullanılmaya başlanmıştır. Ne yazık ki, dirençli bakteriler farklı tipte bata laktamaz enzimleri üretmeye başlamış, bu durum da acil bir şekilde yeni inhibitörler geliştirme ihtiyacını doğurmuştur. Geliştirilecek inhibitörlerin beta laktamaz enzimlerine karşı yüksek bağlanma eğilimi göstermesi ve hücre içie etkili bir şekilde geçebilme özelliğine sahip olması gerekmektedir. Yaptığımız bu çalışmada, beta laktamaz inhibitörü olma özelliği taşıyan peptidlere, hidrofobik LLIIL kalıntısı eklenmiş, bu durumun, peptidlerin hücre içine taşınımı ve inhibite etme yetisi üzerine etkileri incelenmiştir. İnhibitör özelliği kanıtlanmış P3, ve hidrofobik kalıntılar içeren P2, P4 ve P5 kullanılarak in vitro ve in vivo deneyler yapılmış, hücre içine geçişleri, bakteri hücreleri üzerindeki etkileri ve beta laktamaz inhibite etme özellikleri incelenmiştir. Sonuçlar P2 peptidinin rekabetsiz inhibisyona neden olduğu ve K$_i$ değerinin 36$\mu$M olduğunu, P3 peptidinin ise rekabetçi inhibisyona sahip olduğunu ve K$_i$ değerinin 412.44$\mu$M olduğunu göstermiştir. P4 hem K$_m$ hem de V$_m_a_x$ değerinde kayda değer düşüşlere neden olmuş inhibisyon tipi belirlenememiştir. Hücre büyüme deneyleri de en etkili peptidein P4 olduğunu göstermiştir.

Özet (Çeviri)

The discovery of beta lactam antibiotics has been a groundbreaking improvement in the treatment of bacterial diseases. However, most bacteria have gained resistance against beta lactam antibiotics which rendered them ineffective. Beta lactamase mediated resistance is the most frequently encountered defence mechanism. To overcome this problem, several beta lactamase inhibitors have been developed such as clavulanic acid, sulbactam and tazobactam. They are generally small molecules that pose high affinity towards beta lactamase enzyme, thus protect beta lactam from being hydrolyzed. Unfortunately, bacteria started to produce different beta lactamases which are not sensitive to conventional inhibitors that led to the emergence of designing effective beta lactamase inhibitors. These inhibitors must have high affinity as well as good cell penetration capability to inhibit beta lactamase in the periplasmic space. In this study, the effect of adding five hydrophobic residues to beta lactamase inhibitory proteins was examined. The chimeric peptides P2,P4,P5, which included a hydrophobic part and an inhibitory part, and the inhibitory peptide P3 were examined for their inhibition properties and for their cell penetration capabilities ısing in vivo and in vitro techniques. P2 showed uncompetitive inhibition with K$_i$ of 36$\mu$M and P3 indicated competitive inhibition with K$_i$ of 412.44$\mu$M. P4 decreased K$_m$ and V$_m_a_x$ around 85\%. The cell growth experiments showed that P4 was the most effective peptide that inhibited cell growth in resistant cells after 250$\mu$M.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    577552

    Investigation of the bacterial uptake of fluorescently labeled peptides and motility studies using lab-on-a-chip technology

    Floresanlı peptitlerin hücreye alınma mekanizması ve motilite çalışmalarının çip teknolojisi kullanılarak incelenmesi

    MERVE YÜCE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

    DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  2. Tez No

    312122

    Understanding the membrane penetration of antimicrobial peptides

    Antimikrobiyal peptitlerin hücre zarina giriş mekanizmasinin incelenmesi

    BEGÜM ALAYBEYOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  3. Tez No

    754509

    Hedeflendirilmiş ve antibakteriyel nanosistemlerin üretimi ve biyolojik aktivitesinin değerlendirilmesi

    Production of targeted and antibacterial nanosystems and evaluation of their biological activity

    İREM ÇOKSU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERAP DERMAN

  4. Tez No

    474301

    Peptide drugs against antibiotic resistant bacteria

    Antibiyotik dirençli bakteriler için ilaç tasarımı

    BEGÜM ALAYBEYOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyofizikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  5. Tez No

    434000

    Drug design against antimicrobial resistance

    Antimikrobiyal dirence karşı ilaç tasarımı

    KEVSER BETÜL KALYON

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

    DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT

Geri Dön