Geri Dön

The molecular dissection of ataxias in Turkey and the impact of whole exome sequencing in their precise differential diagnosis

Türkiye'deki ataksilerin moleküler temeli ve tüm ekzom dizilemenin kesin ayırıcı tanıdaki önemi

  1. Tez No: 459450
  2. Yazar: CEMİLE KOÇOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 126

Özet

Ataksiler klinik, genetik ve mekanistik açıdan heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Farklı ataksi tipleri arasındaki klinik örtüşmelerin yanında, ataksinin benzer nörolojik hastalıklarda ek semptom olarak görülmesi de kesin tanıyı zor hale getirmektedir. Sık görülen ataksi tiplerinin dışlanmasının ardından genetik tanı almamış göz ardı edilemeyecek miktarda ataksi hastası mevcuttur. Son yıllarda yeni nesil dizileme teknolojileri hem monogenik, hem de kompleks kalıtım gösteren hastalıkların genetik nedeninin tanımlanmasında kendini ispatlamış sağlayan güçlü bir araçtır. Farklı uygulamalar arasında ekzom dizileme yöntemi, özellikle Mendel türü kalıtım gösteren hastalıkların genetik nedenlerinin bulunmasında etkili ve kullanılışlı olmuştur. Bu tez kapsamında, 47 ataksi ailesi, hastalık nedenini anlama amacıyla ekzom dizilemeye tabi tutuldu. Resesif kalıtım gösteren ailelerde, mutasyonu barındırması muhtemel olan ortak homozigot segmentleri saptamak için homozigotluk haritalama yöntemi kullanıldı. Bu çalışma çerçevesinde incelenen ailelerin yarısına yakınında (%43) ataksi fenotipine neden olan gen / mutasyon bulundu ve doğrulandı. Bu oran literatürle uyumludur ve ekzom dizileme yönteminin ayırıcı tanıdaki önemini göstermektedir. Sonuç alamadığımız ailelerde daha detaylı fenotip bilgisine ulaşılması ve hızla evrimleşen veri analiz yöntemlerinin benimsenmesi yeni hastalık genleri tanımlamanın önünü açacaktır.

Özet (Çeviri)

Ataxias are a diverse group of genetically, clinically and mechanistically heterogeneous neurodegenerative disorders. There is significant overlap in the phenotype of different subtypes of ataxia, which can also manifest as additional symptoms with other neurological diseases; thus making a precise clinical diagnosis becomes challenging. After the elimination of common late-onset spinocerebellar ataxias, still a high number of ataxia patients remain genetically undiagnosed. In recent years, next generation sequencing (NGS) technologies have proven to be very powerful to detect the genetic causes of both monogenic and complex disorders. Among these, whole exome sequencing is especially effective in the identification of disease genes, particularly in pedigrees manifesting a Mendelian inheritance pattern. In this study, 47 pedigrees were investigated by whole exome sequencing to dissect the cause of disease. This pipeline was coupled with homozygosity mapping in recessive cases to detect homozygous strecthes likely to contain mutated disease genes. In the framework of this thesis, we identified and validated the genetic causes of ataxia in almost half (43%) of the pedigrees investigated. This diagnostic yield, in accordance with the literature, is a demonstration of the usefulness of the approach in definitive diagnosis. Detailed phenotyping of the remaining individuals in our pedigrees, combined with the adaptation of rapidly evolving approaches to analyze the data, are expected to pave the ways to identification of novel disease genes in the yet unsolved families.

Benzer Tezler

  1. Molecular and functional dissection of the retinal degeneration protein CCDC66

    Başlık çevirisi yok

    DENİZ ÇONKAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR

  2. Molecular dissection of Kif15

    Kif15'in moleküler diseksiyonu

    AYŞEGÜL DİLSİZOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  3. Mechanistic dissection of the centriole duplication and ciliogenesis proximity interaction maps

    Sentriyol duplikasyonu ve sil biyogenezi proksimite etkileşim haritalarının aydınlatılması

    EFRAİM CULFA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR

  4. Hayvan ıslahı ve genetiğinde kullanılan moleküler teknolojiler

    The Molecular technologies used in animal breeding and genetics

    HACER KOZANOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    ZiraatEge Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. İSMAİL OĞUZ

  5. İzmir yöresinde culicoides türlerinin moleküler karakterizasyonu ve haemosporidia enfeksiyonları yönünden vektörlük potansiyellerinin araştırılması

    Molecular characterization of culicoides species in İzmir vicinity and investigation of their vector potential for haemosporidia infections

    HAKAN YEŞİLÖZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Veteriner HekimliğiErciyes Üniversitesi

    Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM