The molecular dissection of ataxias in Turkey and the impact of whole exome sequencing in their precise differential diagnosis
Türkiye'deki ataksilerin moleküler temeli ve tüm ekzom dizilemenin kesin ayırıcı tanıdaki önemi
- Tez No: 459450
- Danışmanlar: PROF. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ataksiler klinik, genetik ve mekanistik açıdan heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Farklı ataksi tipleri arasındaki klinik örtüşmelerin yanında, ataksinin benzer nörolojik hastalıklarda ek semptom olarak görülmesi de kesin tanıyı zor hale getirmektedir. Sık görülen ataksi tiplerinin dışlanmasının ardından genetik tanı almamış göz ardı edilemeyecek miktarda ataksi hastası mevcuttur. Son yıllarda yeni nesil dizileme teknolojileri hem monogenik, hem de kompleks kalıtım gösteren hastalıkların genetik nedeninin tanımlanmasında kendini ispatlamış sağlayan güçlü bir araçtır. Farklı uygulamalar arasında ekzom dizileme yöntemi, özellikle Mendel türü kalıtım gösteren hastalıkların genetik nedenlerinin bulunmasında etkili ve kullanılışlı olmuştur. Bu tez kapsamında, 47 ataksi ailesi, hastalık nedenini anlama amacıyla ekzom dizilemeye tabi tutuldu. Resesif kalıtım gösteren ailelerde, mutasyonu barındırması muhtemel olan ortak homozigot segmentleri saptamak için homozigotluk haritalama yöntemi kullanıldı. Bu çalışma çerçevesinde incelenen ailelerin yarısına yakınında (%43) ataksi fenotipine neden olan gen / mutasyon bulundu ve doğrulandı. Bu oran literatürle uyumludur ve ekzom dizileme yönteminin ayırıcı tanıdaki önemini göstermektedir. Sonuç alamadığımız ailelerde daha detaylı fenotip bilgisine ulaşılması ve hızla evrimleşen veri analiz yöntemlerinin benimsenmesi yeni hastalık genleri tanımlamanın önünü açacaktır.
Özet (Çeviri)
Ataxias are a diverse group of genetically, clinically and mechanistically heterogeneous neurodegenerative disorders. There is significant overlap in the phenotype of different subtypes of ataxia, which can also manifest as additional symptoms with other neurological diseases; thus making a precise clinical diagnosis becomes challenging. After the elimination of common late-onset spinocerebellar ataxias, still a high number of ataxia patients remain genetically undiagnosed. In recent years, next generation sequencing (NGS) technologies have proven to be very powerful to detect the genetic causes of both monogenic and complex disorders. Among these, whole exome sequencing is especially effective in the identification of disease genes, particularly in pedigrees manifesting a Mendelian inheritance pattern. In this study, 47 pedigrees were investigated by whole exome sequencing to dissect the cause of disease. This pipeline was coupled with homozygosity mapping in recessive cases to detect homozygous strecthes likely to contain mutated disease genes. In the framework of this thesis, we identified and validated the genetic causes of ataxia in almost half (43%) of the pedigrees investigated. This diagnostic yield, in accordance with the literature, is a demonstration of the usefulness of the approach in definitive diagnosis. Detailed phenotyping of the remaining individuals in our pedigrees, combined with the adaptation of rapidly evolving approaches to analyze the data, are expected to pave the ways to identification of novel disease genes in the yet unsolved families.
Benzer Tezler
- Molecular and functional dissection of the retinal degeneration protein CCDC66
Başlık çevirisi yok
DENİZ ÇONKAR
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- The role of molecular markers and clinicopathological features in predicting central lymph node metastasis of papillary thyroid microcarcinoma
Papiller tiroid mikrokarsinomunun santral lenf nodu metastazını öngörmede moleküler belirteçler ve klinikopatolojik özelliklerin rolü
ORHAN AĞCAOĞLU
- Stratiomys (Diptera: Stratiomyidae) cinsine ait bazı türlerin moleküler filogenetik analizi
Molecular phylogenetic analysis of some species belonging to the genus stratiomys (diptera: Stratiomyidae)
HATİCE KÜBRA KOYUNCU
- Fibrilin-1 proteininin ve ilişkili olduğu miR144-3p'nin insanda akut servikal arter diseksiyonuna bağlı inme patofizyolojisindeki rolü
The role of fibrillin-1 protein and its associated miR-144-3p in the pathophysiology of stroke due to acute cervical artery dissection in humans
ELİF SARIÖNDER GENCER
Doktora
Türkçe
2025
NörolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRAN BURÇAK YOLDAŞ
- Determination of the atomic structure of Bag-1S:p97/VCP interaction, an important complex for ubiquitin-dependent degradation mechanism in breast cancer
Meme kanserinde ubikitin bağımlı yıkım mekanizması açısından önemli bir kompleks olan Bag-1S:p97/VCP etkileşiminin atomik düzeyde yapısının belirlenmesi
EZGİ BAŞTÜRK
Doktora
İngilizce
2025
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY