The molecular dissection of ataxias in Turkey and the impact of whole exome sequencing in their precise differential diagnosis
Türkiye'deki ataksilerin moleküler temeli ve tüm ekzom dizilemenin kesin ayırıcı tanıdaki önemi
- Tez No: 459450
- Danışmanlar: PROF. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 126
Özet
Ataksiler klinik, genetik ve mekanistik açıdan heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Farklı ataksi tipleri arasındaki klinik örtüşmelerin yanında, ataksinin benzer nörolojik hastalıklarda ek semptom olarak görülmesi de kesin tanıyı zor hale getirmektedir. Sık görülen ataksi tiplerinin dışlanmasının ardından genetik tanı almamış göz ardı edilemeyecek miktarda ataksi hastası mevcuttur. Son yıllarda yeni nesil dizileme teknolojileri hem monogenik, hem de kompleks kalıtım gösteren hastalıkların genetik nedeninin tanımlanmasında kendini ispatlamış sağlayan güçlü bir araçtır. Farklı uygulamalar arasında ekzom dizileme yöntemi, özellikle Mendel türü kalıtım gösteren hastalıkların genetik nedenlerinin bulunmasında etkili ve kullanılışlı olmuştur. Bu tez kapsamında, 47 ataksi ailesi, hastalık nedenini anlama amacıyla ekzom dizilemeye tabi tutuldu. Resesif kalıtım gösteren ailelerde, mutasyonu barındırması muhtemel olan ortak homozigot segmentleri saptamak için homozigotluk haritalama yöntemi kullanıldı. Bu çalışma çerçevesinde incelenen ailelerin yarısına yakınında (%43) ataksi fenotipine neden olan gen / mutasyon bulundu ve doğrulandı. Bu oran literatürle uyumludur ve ekzom dizileme yönteminin ayırıcı tanıdaki önemini göstermektedir. Sonuç alamadığımız ailelerde daha detaylı fenotip bilgisine ulaşılması ve hızla evrimleşen veri analiz yöntemlerinin benimsenmesi yeni hastalık genleri tanımlamanın önünü açacaktır.
Özet (Çeviri)
Ataxias are a diverse group of genetically, clinically and mechanistically heterogeneous neurodegenerative disorders. There is significant overlap in the phenotype of different subtypes of ataxia, which can also manifest as additional symptoms with other neurological diseases; thus making a precise clinical diagnosis becomes challenging. After the elimination of common late-onset spinocerebellar ataxias, still a high number of ataxia patients remain genetically undiagnosed. In recent years, next generation sequencing (NGS) technologies have proven to be very powerful to detect the genetic causes of both monogenic and complex disorders. Among these, whole exome sequencing is especially effective in the identification of disease genes, particularly in pedigrees manifesting a Mendelian inheritance pattern. In this study, 47 pedigrees were investigated by whole exome sequencing to dissect the cause of disease. This pipeline was coupled with homozygosity mapping in recessive cases to detect homozygous strecthes likely to contain mutated disease genes. In the framework of this thesis, we identified and validated the genetic causes of ataxia in almost half (43%) of the pedigrees investigated. This diagnostic yield, in accordance with the literature, is a demonstration of the usefulness of the approach in definitive diagnosis. Detailed phenotyping of the remaining individuals in our pedigrees, combined with the adaptation of rapidly evolving approaches to analyze the data, are expected to pave the ways to identification of novel disease genes in the yet unsolved families.
Benzer Tezler
- Molecular and functional dissection of the retinal degeneration protein CCDC66
Başlık çevirisi yok
DENİZ ÇONKAR
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Molecular dissection of Kif15
Kif15'in moleküler diseksiyonu
AYŞEGÜL DİLSİZOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Mechanistic dissection of the centriole duplication and ciliogenesis proximity interaction maps
Sentriyol duplikasyonu ve sil biyogenezi proksimite etkileşim haritalarının aydınlatılması
EFRAİM CULFA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Hayvan ıslahı ve genetiğinde kullanılan moleküler teknolojiler
The Molecular technologies used in animal breeding and genetics
HACER KOZANOĞLU
- İzmir yöresinde culicoides türlerinin moleküler karakterizasyonu ve haemosporidia enfeksiyonları yönünden vektörlük potansiyellerinin araştırılması
Molecular characterization of culicoides species in İzmir vicinity and investigation of their vector potential for haemosporidia infections
HAKAN YEŞİLÖZ
Doktora
Türkçe
2017
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM