Investigation of zoonotic disease pathogens (Aeromonas hydrophila, Pseudomonas fluorescens, Streptococcus iniae) seen in carp farms in the Northern Iraq-Erbil region by molecular methods
Kuzey Irak Erbil bölgesinde bulunan sazan çiftliklerinde görülen zoonoz hastalık etkenlerinin (Aeromonas hydrophila, Pseudomonas fluorescens, Streptococcus iniae) moleküler yöntemlerle araştırılması araştırılması
- Tez No: 463784
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED ARABACI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Bu çalışmanın amacı Kuzey Irak Erbil Bölgesi'nde sazan çiftliklerinde zoonoz bakterilerin belirlenmesidir. Sazan balığı Erbil Bölgesi'nde kültürü yapılan en önemlı balık türüdür. Sazan çiftliklerinde genellikle en yaygın görülen zoonoz bakteriler, Aeromonas hydrophila, Pseudomonas fluorescens ve Streptococcus iniae'dir. Bu yüzden, sazan balığı çiftliklerinde bölgesel zoonoz hastalıkların haritasının çıkarılması amaçlanmıştır. Bu, sazan balığı çiftlikleri yönetimi ve halk sağlığı açısından çok önemlidir. Örnekler, Kuzey Irak Erbil Bölgesi'nde 25 adet sazan balığı çiftliğinden toplandı. Her bir sazan çiftliğinden 6 adet örnek toplandı. Ön böbrek ve bağırsak doku örnekleri her sazan çiftliğinden ayrı toplandı. Bakteriyel DNA izolasyonu, 25 adet böbrek ve 25 adet bağırsak dokusundan yapıldı. Etkenler için primerler 16S Ribozomal RNA gen bölgesinden dizayn edildi. Zoonoz bakteriler tüm doku örnekleri ile RT-PCR'da var/yok analizi ile tarandı. RT-PCR'dan sonra kapiller jel elektroforez bantları primer dizayn sırasında hedeflenen amplikon boyutlarının doğrulanması için kullanıldı. Sonuç olarak, 13 sazan balığı çiftliği Aeromonas hydrophila yönünden pozitifti. Sekiz sazan balığı çiftliği, ön böbrekten yapılan Aeromonas hydrophila izolasyonu yönünden pozitiftir ve 6 sazan balığı çiftliği ise bağırsak Aeromonas hydrophila izolasyonundan yönünden pozitiftir. Yanlızca bir sazan balığı çiftliği ise hem ön böbrek hem de bağırsak dokusunda Aeromonas hydrophila yönünden pozitiftir. S. iniae açısından dört sazan çiftliği, ön böbrekten yapılan izolasyonda S. iniae yönünden pozitiftir ve iki sazan balığı çiftliği ise bağırsak dokusunda yapılan izolasyonda S. iniae yönünden pozitiftir. Ayrıca, bir sazan balığı çiftliği ise bağırsaklardan yapılan izolasyonda Pseudomonas fluorescens izolasyonu yönünden pozitiftir. Toplamda 25 sazan balığı çiftliğinden 9 tanesi zoonoz bakteriler yönünden negatiftir. Sonuç olarak, Zoonoz bakteriler Kuzey Irak Erbil bölgesindeki sazan balığı çiftliklerinde yüksek oranda görülmektedir (% 64). Aeromonas hydrophila yönünden 13 sazan çiftliği pozitiftı, yanlızca bir sazan balığı çiftliği ise Pseudomonas fluorescens yönünden pozitif çıkmıştır. Ayrıca, Streptococcus inia yönünden 6 sazan balığı çiftliği pozitiftir. Yirmi beş adet sazan balığı çiftliğinden yanlızca 9 tanesi Aer. hydrophila, P. fluorescens, Streptococcus iniae yönünden negative çıkmış ve bu sazan balığı çiftlikleri A tipi çiftlikler olarak sınıflanmıştır. Dokuz sazan balığı çiftliği yanlızca Aeromonas hydrophila yönünden pozitif ve B tipi çiftlikler olarak sınıflanmıştır. Ek olarak, 3 sazan balığı çiftliği yanlızca Streptococcus iniae yönünden pozitif olup B tipi çiftlikler olarak sınıflandrılmıştır. Bir adet sazan balığı çiftliği hem Aeromonas hydrophila hem de Pseudomonas fluorescens yönünden pozitif durumda ve 3 sazan balığı çiftliği Aeromonas hydrophila ve Streptococcus iniae yönünden pozitiftir. İki zoonotik bakteri yönünden pozitif olan dört adet sazan balığı çiftliği C tipi çiftlik olarak sınıflandırılmıştır. Kontamine olmayan sazan balığı çiftliklerinin zoonoz bakteriler açısından kontamine olmalarını önlemek için bir eylem planının uygulanması zorunludur. Eylem planına göre, sazan balığı çiftlikleri A, B, ve C tipi çiftlikler olarak sınıflandırılabilir. A tipi 9 sazan balığı çiftliği kontamine olmayan çiftlikler olarak sınıflandırılabilir. Bu çiftlikler kendi aralarında ve kontamine olan çiftliklere satış yapabilirler. B tipi (B1-Aeromonas hydrophila, B2-Streptococcus iniae) 12 sazan balığı çiftliği yanlızca bir zoonoz bakteri yönünden kontamine çiftlik olarak sınıflandırılabilir. B tipi çiftlikler aynı zoonotik bakteri taşıyan sazan balığı çiftliklerinden ve kontamine olmayan balık çiftliklerinden balık alabilirler, fakat farklı zoonoz bakterileri (9 sazan balığı çiftliği Aeromonas hydrophila yönünden pozitif ve 3 sazan balığı çiftliği Streptococcus iniae yönünden pozitif) taşıyan çiftliklere satış yapamazlar. C tipi 4 sazan balığı çiftliği 2 zoonoz bakteri yönünden kontamine çiftlikler olarak sınıflandırılabilir. C tipi balık çiftlikleri aynı zoonoz bakteriler ile kontamine olmuş çiftliklerden alışveriş yapabilirler (1 sazan balığı çiftliği Aeromonas hydrophila ve Pseudomonas fluorescens yönünden pozitif (C1) ve 3 sazan balığı çiftliği Aeromonas hydrophila ve Streptococcus iniae yönünden pozitiftir (C2) ve kontamine olmayan çiftliklerden balık satın alabilirler Zoonoz patojenlerin bir çiftlikten diğerine ya da balıktan insana kontaminasyonunu önlemek için, en iyi yönetim zorunludur. Sazan balığı göletleri ve bu amacla kullanilan sular özellikle Aeromonas kontaminasyonu açısından evsel atıklardan uzak tutulmalıdır. Çiftlikler arasında balık transferleri ve su kaynakları düzenli bir şekilde izlenmelidir. Ayrıca balık yetiştiricileri zoonoz patojenlerinin kontaminasyon şekli, korunma yöntemleri ve bu patojenlerin balıklar ve insan üzerindeki etkileri yönünden bilgilendirilmelidir.
Özet (Çeviri)
The goal of this study was to determine the zoonotic bacteria in carp farms in the Northern Iraq-Erbil region. Carp is the main fish species cultured in Erbil region. The most common zoonotic bacteria generally seen in carp farms are Aeromonas hydrophila, Pseudomonas fluorescens and Streptococcus iniae. In this stage, it was aimed to determine a regional map of zoonotic disease in carp farms. This determination carries valuable information for management of carp aquaculture and public health. Samples were collected from 25 carp farms in the Northern Iraq-Erbil region. Six carp samples were collected from each carp farm. Head kidney and intestine tissue samples were collected from each carp sample. Then head kidney and intestine tissue samples were pooled separately from each carp farm. Total bacterial DNA had been extracted from the 25 pooled head kidney and 25 intestinal tissue samples. The pathogen Primers were originally designed from 16S RNA gene region. Zoonotic bacteria were scanned in all tissue samples with absent/present analysis by RT-PCR. Furthermore, the capillary gel electrophoresis bands were used for confirmation of amplicon size which was planned during primer designing stage. As a result, thirteen carp farms were positive in the respect to Aeromonas hydrophila, eight carp farms were positive from head kidney and six carp farms were positive from the intestine, only one carp farm was positive from both head kidney and the intestine tissue samples. In the respect to Streptococcus iniae, four carp farms were positive from head kidney and two carp farms were positive from the intestine. Only one carp farm was positive in the respect to Pseudomonas fluorescens from the intestine. Totally, 9 of 25 carp farms were cleared (negative) the zoonotic bacteria. In conclusion, the zoonotic bacteria were high (64 %) in carp farms in the Northern Iraq-Erbil region. Thirteen carp farms in the respect to Aeromonas hydrophila were positive, while only one carp farm was positive in the respect to Pseudomonas fluorescens. Also in the respect to Streptococcus iniae 6 carp farms were positive. Only 9 carp farms from 25 carp farms were negative for zoonotic bacteria (Aer. hydrophila, P. fluorescens, Streptococcus iniae), those carp farms considered as Type A farm. Nine carp farms were positive for Aeromonas hydrophila, and were considered as type B farm. In addition, 3 carp farms were positive for Streptococcus iniae were also considered as Type B farm. While in the case of type C farms there were 4 carp farms, 1 carp farm was from both of Aeromonas hydrophila and Pseudomonas fluorescens and there were 3 carp farms from both of Aeromonas hydrophila and Streptococcus iniae. For preventing of zoonotic pathogen contamination to uncontaminated carp farms, an action plan must be applied. According to that plan, the carp farms can be classified as A, B, and C type farms. Type A, 9 carp farms could be classified as not contaminated farms. Those farms might sell fish among themselves and sell to contaminated farms. Type B, 12 carp farms could be classified as a contaminated farm only one zoonotic bacteria. The type B farms might shop with the carp farms carrying the same zoonotic bacteria and buy from uncontaminated farms but may not shop with farms carrying different zoonotic bacteria (9 carp farms B1 were positive in the respect to Aeromonas hydrophila and 3 carp farms B2 were positive in the respect to Streptococcus iniae). Type C, 4 carp farms could be classified as the contaminated farms two zoonotic bacteria. The type C farm may shop with the same zoonotic bacterial contaminated farms and only buy fish from other uncontaminated farms. (One carp farm was positive in the respect to Aeromonas hydrophila and Pseudomonas fluorescens C1 and 3 carp farms were positive in the respect to Aeromonas hydrophila and Streptococcus iniae C2). For preventing zoonotic pathogen contamination from farm to farm or from fish to human, best management is obligatory. The carp farm ponds and their water must be kept from human wastes, especially for Aeromonas contamination. The fish transfer among farms and water pollution resources must be monitors regularly to prevent the pathogen contamination of farms. Also, farmers must be informed zoonotic pathogen contamination keeping ways, and their effects on fish and public health
Benzer Tezler
- Investigation for zoonotic disease pathogens (Aeromonas hydrophila, Pseudomonas fluorescens, Streptococcus iniae) seen in carp farms in Duhok region of Northern Iraq by molecular methods
Kuzey Irak Duhok bölgesinde bulunan sazan çiftliklerinde görülen zoonoz hastalık etkenlerinin (Aeromonas hydrophila, Pseudomonas fluorescens, Streptococcus iniae) moleküler yöntemlerle araştırılması
KAMIRAN ABDULRAHMAN MOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Su ÜrünleriYüzüncü Yıl ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMED ARABACI
- Güvercinlerde (Columba livia) Microsporidia türlerinin prevalansinin araştirilmasi
Investigation of the prevalence of Microsporidia species in pigeons (Columba livia)
HAKAN TÜFEK
- Investigation of glucose metabolism on helicobacter-activated B cells
Helicobacter-aktive B hücrelerinde glikoz metabolizmasının incelenmesi
IŞILAY AKDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Koç testislerinde Brucella spp. varlığının bakteriyolojik ve moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Comparative investigation of the presence of Brucella spp. in ram testicles by bacteriological and molecular methods
HÜSAMETTİN AVCI
Doktora
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL METİNER
- Kanin viseral leishmaniazis ile doğalenfekte köpeklerde allopurinol sağaltımınınrezistif indeks, SDMA, NGAL biyobelirteçleriüzerine etkinliğinin araştırılması
Investigation of the effectiveness of allopurinoltreatment on resistive index, SDMA, NGAL biomarkers in dogsnaturally infected with canine vi̇seral leishmaniasis
TAHİR ÖZALP
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiAydın Adnan Menderes Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN ERDOĞAN