Ruminant atıklarında brusella türlerinin multipleks PCR ve konvansiyonel yöntemler ile tanısı, yöntemlerin birbirleri ile karşılaştırılması
Diagnosis of Brucella species in ruminant fetuses by multiplex PCR and conventional methods and compare these methods with each other
- Tez No: 466677
- Danışmanlar: PROF. DR. SEYYAL AK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Molecular Medicine, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
Bu çalışmada, ruminant atık örneklerinden, bruselloz etkenlerinin tür ve cins düzeyinde hızlı tanımlanmasını sağlayan direkt PCR yöntemlerinin geliştirilmesi ve uygulanabilirliklerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla 166 ruminant atığına ait 137 akciğer, 137 karaciğer ve 52 fetüs mide sıvısı olmak üzere toplam 326 örnek incelendi. İnceleme örneklerine, ilk aşama olarak etken izolasyonu ve identifikasyonu ile kültürden tür spesifik multipleks PCR (m-PCR) uygulandı. Ayrıca, direkt inceleme örneklerine bu çalışmada modifiye edilen ve ismi“Modifiye Mayer-Scholl”olarak adlandırılan PCR ile ufak değişikliklerle düzenlenen cins spesifik Bcsp31 PCR olmak üzere toplam dört farklı yöntem uygulandı ve elde edilen sonuçlar karşılaştırıldı. Bakteriyolojik izolasyon ve identifikasyon, standart yöntem olarak kabul edilerek moleküler yöntemlerin sensitivite ve spesifiteleri hesaplandı. İnceleme örnekleri atık seviyesinde değerlendirildiğinde (n=166), Modifiye Mayer-Scholl m-PCR yöntemi için sensitivite ve spesifite değerleri sırasıyla %94,11 ve %98,76, direkt cins spesifik Bcsp31 PCR için değerler ise sırasıyla %95,29 ve %98,76 olarak tespit edildi. Tüm organ örnekleri dikkate alındığında ise (n=326), Modifiye Mayer-Scholl m-PCR yöntemi için sensitivite ve spesifite değerleri sırasıyla %85,38 ve %98,06 direkt cins spesifik Bcsp31 PCR yöntemi için sırasıyla %83,62 ve %98,06 olarak hesaplandı. Sonuç olarak, çalışmada kullanılan PCR yöntemlerinin sensitivite ve spesifite değerleri atık düzeyinde değerlendirildiğinde,“testlerin tanısal gücü yüksek”, organ düzeyinde değerlendirildiğinde“klinik olarak yararlı”olduğu bulundu. Bu çalışmada yapılan değişikliklerle geliştirilen ve“Modifiye Mayer-Scholl”olarak adlandırılan yöntem ile direkt klinik örneklerden Brucella türlerine ait DNA'ların belirlenerek tür düzeyinde identifikasyonlarının tanısal gücü yüksek düzeyde yapılabileceği ortaya konuldu.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to develop direct PCR methods allowing quick identification of Brucella spp. from aborted fetus samples in genus and species level and to determine the applicability of the methods. For this purpose, a total of 326 specimens consisted of 137 lungs, 137 livers and 52 fetal stomach fluid from 166 aborted ruminant fetuses were examined. In first stage, bacterial isolation and identification method (culture) and species specific m-PCR method from cultures were applied to the test samples. Also two different methods, one of them was modified in this study namely Modified Mayer-Scholl m-PCR (method A) and another one was modified with minor changes called genus spesific Bcsp31 PCR (method B) were applied to clinical samples directly. Totally four different methods were applied and their results were compared. Sensitivities and specificities of the molecular methods were calculated by considering culture as gold standard. Sensitivity and specificity for method A according to the number of fetuses were 94.11% and 98.76%, respectively. For B, sensitivity was 95.29% and specificity was 98.76%. Sensitivity and specificity for method A based on the number of organ samples were 85.38% and 98.06%, respectively. For B, sensitivity was 83.62% and specificity was 98.06%. In conclusion, when the sensitivity and specificity results of the PCR methods used in this study are evaluated based on the fetuses, the diagnostic power of the PCR methods was found to be high. When they are evaluated based on the organs, the methods were found to be clinically useful. It has been shown that direct m-PCR method called modified Mayer-Scholl developed in this study could be used at high diagnostic level for species-level identification.
Benzer Tezler
- Organik ve konvansiyonel yöntemlerle üretilen çayların (Camellia sinensis) fabrika atıklarında besin madde içeriği ve in vitro sindirilebilirlik değerlerinin belirlenmesi
Determination of nutrient content in factory wastes of tea (Camellia sinensis) produced by organic and conventional methods and digestibility values by in vitro gas production method
NADİR ÖZYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs ÜniversitesiHayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BUĞRA GENÇ
- Energetic utilization of lignocellulose-rich agricultural wastes by enriched microorganisms from high performance natural and engineered systems
Yüksek performanslı doğal ve mühendislik sistemlerinden zenginleştirilen mikroorganizmaların lignoselülozca zengin tarım atıklarından enerji üretiminde kullanımı
EMİNE GÖZDE ÖZBAYRAM
Doktora
İngilizce
2018
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- İzmir ili Bornova ilçesi marketleri sebze-meyve atıklarının hayvan yemi olarak potansiyeli
Potential of vegetable-fruit wastes of markets in Bornova district of İzmir province as animal feed
BÜLENT DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Çevre MühendisliğiEge ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILMAZ ŞAYAN
- Keçi ve koyunlarda tahta, kauçuk ve ızgara zemin tercihi
Observations on preference of barn floor in goat and sheep
SERDAR ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEMİL TÖLÜ
- Ege bölgesi folklorunda veteriner hekimliği ve hayvancılık üzerine araştırmalar
Başlık çevirisi yok
ERDEN SEDAT ARSLAN
Doktora
Türkçe
1998
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiVeteriner Hekimliği Tarihi ve Deontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERRUH DİNÇER