Geri Dön

Ruminant atıklarında brusella türlerinin multipleks PCR ve konvansiyonel yöntemler ile tanısı, yöntemlerin birbirleri ile karşılaştırılması

Diagnosis of Brucella species in ruminant fetuses by multiplex PCR and conventional methods and compare these methods with each other

  1. Tez No: 466677
  2. Yazar: AHMET MURAT SAYTEKİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEYYAL AK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Molecular Medicine, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 127

Özet

Bu çalışmada, ruminant atık örneklerinden, bruselloz etkenlerinin tür ve cins düzeyinde hızlı tanımlanmasını sağlayan direkt PCR yöntemlerinin geliştirilmesi ve uygulanabilirliklerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla 166 ruminant atığına ait 137 akciğer, 137 karaciğer ve 52 fetüs mide sıvısı olmak üzere toplam 326 örnek incelendi. İnceleme örneklerine, ilk aşama olarak etken izolasyonu ve identifikasyonu ile kültürden tür spesifik multipleks PCR (m-PCR) uygulandı. Ayrıca, direkt inceleme örneklerine bu çalışmada modifiye edilen ve ismi“Modifiye Mayer-Scholl”olarak adlandırılan PCR ile ufak değişikliklerle düzenlenen cins spesifik Bcsp31 PCR olmak üzere toplam dört farklı yöntem uygulandı ve elde edilen sonuçlar karşılaştırıldı. Bakteriyolojik izolasyon ve identifikasyon, standart yöntem olarak kabul edilerek moleküler yöntemlerin sensitivite ve spesifiteleri hesaplandı. İnceleme örnekleri atık seviyesinde değerlendirildiğinde (n=166), Modifiye Mayer-Scholl m-PCR yöntemi için sensitivite ve spesifite değerleri sırasıyla %94,11 ve %98,76, direkt cins spesifik Bcsp31 PCR için değerler ise sırasıyla %95,29 ve %98,76 olarak tespit edildi. Tüm organ örnekleri dikkate alındığında ise (n=326), Modifiye Mayer-Scholl m-PCR yöntemi için sensitivite ve spesifite değerleri sırasıyla %85,38 ve %98,06 direkt cins spesifik Bcsp31 PCR yöntemi için sırasıyla %83,62 ve %98,06 olarak hesaplandı. Sonuç olarak, çalışmada kullanılan PCR yöntemlerinin sensitivite ve spesifite değerleri atık düzeyinde değerlendirildiğinde,“testlerin tanısal gücü yüksek”, organ düzeyinde değerlendirildiğinde“klinik olarak yararlı”olduğu bulundu. Bu çalışmada yapılan değişikliklerle geliştirilen ve“Modifiye Mayer-Scholl”olarak adlandırılan yöntem ile direkt klinik örneklerden Brucella türlerine ait DNA'ların belirlenerek tür düzeyinde identifikasyonlarının tanısal gücü yüksek düzeyde yapılabileceği ortaya konuldu.

Özet (Çeviri)

In this study, it was aimed to develop direct PCR methods allowing quick identification of Brucella spp. from aborted fetus samples in genus and species level and to determine the applicability of the methods. For this purpose, a total of 326 specimens consisted of 137 lungs, 137 livers and 52 fetal stomach fluid from 166 aborted ruminant fetuses were examined. In first stage, bacterial isolation and identification method (culture) and species specific m-PCR method from cultures were applied to the test samples. Also two different methods, one of them was modified in this study namely Modified Mayer-Scholl m-PCR (method A) and another one was modified with minor changes called genus spesific Bcsp31 PCR (method B) were applied to clinical samples directly. Totally four different methods were applied and their results were compared. Sensitivities and specificities of the molecular methods were calculated by considering culture as gold standard. Sensitivity and specificity for method A according to the number of fetuses were 94.11% and 98.76%, respectively. For B, sensitivity was 95.29% and specificity was 98.76%. Sensitivity and specificity for method A based on the number of organ samples were 85.38% and 98.06%, respectively. For B, sensitivity was 83.62% and specificity was 98.06%. In conclusion, when the sensitivity and specificity results of the PCR methods used in this study are evaluated based on the fetuses, the diagnostic power of the PCR methods was found to be high. When they are evaluated based on the organs, the methods were found to be clinically useful. It has been shown that direct m-PCR method called modified Mayer-Scholl developed in this study could be used at high diagnostic level for species-level identification.

Benzer Tezler

  1. Organik ve konvansiyonel yöntemlerle üretilen çayların (Camellia sinensis) fabrika atıklarında besin madde içeriği ve in vitro sindirilebilirlik değerlerinin belirlenmesi

    Determination of nutrient content in factory wastes of tea (Camellia sinensis) produced by organic and conventional methods and digestibility values by in vitro gas production method

    NADİR ÖZYILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Veteriner HekimliğiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BUĞRA GENÇ

  2. Energetic utilization of lignocellulose-rich agricultural wastes by enriched microorganisms from high performance natural and engineered systems

    Yüksek performanslı doğal ve mühendislik sistemlerinden zenginleştirilen mikroorganizmaların lignoselülozca zengin tarım atıklarından enerji üretiminde kullanımı

    EMİNE GÖZDE ÖZBAYRAM

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN İNCE

  3. İzmir ili Bornova ilçesi marketleri sebze-meyve atıklarının hayvan yemi olarak potansiyeli

    Potential of vegetable-fruit wastes of markets in Bornova district of İzmir province as animal feed

    BÜLENT DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Çevre MühendisliğiEge Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YILMAZ ŞAYAN

  4. Keçi ve koyunlarda tahta, kauçuk ve ızgara zemin tercihi

    Observations on preference of barn floor in goat and sheep

    SERDAR ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Zootekni Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEMİL TÖLÜ

  5. Ege bölgesi folklorunda veteriner hekimliği ve hayvancılık üzerine araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    ERDEN SEDAT ARSLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Veteriner Hekimliği Tarihi ve Deontoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERRUH DİNÇER