DNA hasar yanıtında XRCC1-PARP1 etkileşimine XRCCC1 polimorfizm etkisinin co-ıp yöntemi ile incelenmesi
Investigation of the effect of XRCC1 polymorphism on XRCC1-PARP1 interaction by co-ip method in response to dna damage
- Tez No: 466768
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET GÜVEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Tıbbi Biyoloji, Biology, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
İyonize radyasyonun neden olduğu DNA hasarları, baz kesip çıkarma tamir (BER) yolağı tarafından tamir edilir. X-ray repair cross complementing group 1 (XRCC1) ve Poly (AP-ribose) polymerase 1 (PARP1), BER yolağının önemli proteinleridir. XRCC1 ve PARP1 genlerindeki tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) ile iyonize radyasyona bağlı DNA hasar düzeyleri arasında ilişki olduğunu bildiren çeşitli çalışmalar bulunmaktadır. SNP'ler protein-protein etkileşimlerini ve dolayısıyla BER etkinliğini değiştirebilir. XRCC1 Arg399Gln polimorfizmi, XRCC1'in PARP1 proteini ile etkileşen bölgesine denk gelmektedir. Çalışmamızın amacı, BER tamir mekanizmasında görevli XRCC1'in PARP1 ile etkileştiği bölgedeki polimorfizmin, bu etkileşime etkisini tespit etmektir. Bu amaçla, toplanan 53 örnekten XRCC1 Arg399Gln polimorfizminine genotiplemesi, PZR-RFLP yöntemleri ilegerçekleştirildi. Total kandan izole edilen lenfosit örneklerine 72 saatlik kültür sonrasında uygulanan 2 Gy iyonize radyasyon ile oluşturulan DNA hasar sonrası, XRCC1-PARP1 etkileşimleri Co-IP metodu ile incelendi ve genotip dağılımları ile bu protein-protein etkileşimleri arasındaki ilişki Western Blot ve ELİZA testleri ile analiz edildi. DNA hasar düzeyleri ise in vitro 2 Gy radyasyon uygulanan lenfositlerde mikronükleus testi ile tespit edildi. Çalışmamızda XRCC1 Arg399Gln genotiplerine göre Gln/Gln genotipine ait MN düzeyleri diger genotiplere göre daha yüksek olmasına rağmen bu fark istatistiksel olarak anlamlı degildi (P>0,05).Gln/Gln genotipindeki PARP1 düzeyinin istatistiksel olarak anlamlı olmamasına (P=0,14) rağmen diğer genotiplere göre daha yüksek düzeyde olması, Gln/Gln genotipindeki XRCC1-PARP1 etkileşiminin diğer genotiplere göre daha yüksek olduğunu göstermektedir. Bu sonuçlar, Western Blot çalışmasının sonuçları ile paralellik göstermektedir. Çalışmamızın sonuçları, XRCC1 Arg399Gln polimorfizmi için Gln alleline sahip olmanın daha güclü bir XRCC1-PARP1 etkileşimine ve dolayısıyla da daha güçlü DNA tamir yanıtına yol açabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
DNA damage caused by ionizing radiation is repaired by base excision repair (BER) pathway. X-ray repair cross complementing group 1 (XRCC1) and Poly (AP-ribose) polymerase 1 (PARP1) are important proteins of the BER pathway. There are several studies reporting a relationship between single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the XRCC1 and PARP1 genes and DNA damage levels due to ionizing radiation. SNPs can alter protein-protein interactions and BER activity. The XRCC1 Arg399Gln polymorphism corresponds to the region of XRCC1 that interacts with the PARP1 protein. The aim of our study is to determine the effect of this polymorphism on XRCC1-PARP1 protein-protein interaction. For this purpose, genotyping of XRCC1-399 polymorphism from 53 collected samples was performed by PCR-RFLP methods. The XRCC1-PARP1 interactions were analyzed by Co-IP method in lymphocytes treated with 2 Gy ionizing radiation and the relationship between genotype distributions and protein-protein interactions was analyzed by Western Blotting and ELISA tests. DNA damage levels were determined by micronucleus assay in lymphocytes treated with 2 Gy radiation in vitro. In our study, although the MN levels of the Gln/Gln genotypes were higher than the other genotypes according to the XRCC1 Arg399Gln polymorphism, this difference was not statistically significant (P>0.05). The fact that PARP1 levels in the Gln/Gln genotype were not statistically significant (P = 0.14) compared to other genotypes. These results suggest that the XRCC1-PARP1 interaction in the Gln/Gln genotype is higher than the other genotypes. These results are in consistent with Western Blotting. Our results show that having Gln alleles for the XRCC1 Arg399Gln polymorphism may lead to stronger XRCC1-PARP1 interaction and increased DNA repair response.
Benzer Tezler
- Tedavi almış kanserli çocuklarda bazal ve indüklenmiş DNA zincir kırıkları sıklığı, DNA onarım kapasitesi, oksidatif DNA hasarı ve antioksidan savunmanın değerlendirilmesi
Evaluation of frequency and induced DNA strand breaks, DNA repair capacity and antioxidant defence in children cancer survivors
SELİN YÜKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ DİNÇER
- Farklı sentetik polimerler ile kaplanan manyetik demir oksit (manyetit) nanopartiküllerinin sitotoksik ve genotoksik etkilerinin araştırılması
Investigation of cytotoxic and genotoxic effects of magnetic iron oxide (magnetite) nanoparticles coated with different synthetic polymers
BURÇİN YALÇIN
- Farklı formlardaki nanohidroksiapatitlerin sitotoksik ve genotoksik etkilerinin araştırılması
Investigation of the cytotoxic and genotoxic effects of different forms of nanohydroxyapatites
MERVE GÜNEŞ
- Investigation of the interactions between NFIB and potential binding partners MAD2B and ATXN3
NFIB proteininin potansiyel bağlanma partnerleri olan ATXN3 ve MAD2B ile etkileşiminin araştırılması
EDA YILMAZYILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Triple negatif meme kanserinde elimusertib ATR inhibitörünün anti-kanser etkisinin belirlenmesi
Determination of anti-cancer effect of elimusertib ATR inhibitor on triple-negative breast cancer
AYTEN HACIEFENDİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiSakarya ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GAMZE GÜNEY ESKİLER