Molecular characterisation of sunflower broomrape (Orobanche cumana) germplasm
Ayçiçeği canavarotu (Orobanche cumana) gen havuzunun moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 470691
- Danışmanlar: PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Ziraat, Bioengineering, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
Ayçiçeği (Helianthus annuus L.) içerdiği yağ ve diğer besin maddeleri açısından çok önemli bir bitkidir; fakat canavarotu (Orobanche cumana Wallr.) sebebiyle büyük tehdit altındadır. Bir tam parazit olan O. cumana sadece ayçiçeğinin paraziti olduğu için ayçiçeği canavarotu diye de adlandırılır. O. cumana kaynaklı verim kayıpları genellikle % 50 civarında olup % 100'e de ulaşabilmektedir. Bu çalışmada, ekonomik, güvenilir ve kolayca tekrarlanabilen bir genotipleme teknolojisi olan floresan işaretli allele özgü PZR tabanlı kompetitif allel spesifik PZR (KASP) analizi kullanılarak, Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden sağlanan O. cumana gen havuzunun, moleküler karakterizasyonunu gerçekleştirilmesi planlanmıştır. Bu amaçla, bitki ıslah programlarında geniş bir kullanım alanına sahip tek nükleotid polimorfizmi (single nucleotide polymorphism, SNP) markörleri KASP analizinde kullanılmıştır. Genetik yapısı hakkında yeterli bilgi bulunmayan O. cumana genomundaki varyasyonları bulmak için veri tabanları ve literatür taranmıştır. Gerçekleştirilen literatür taraması sonucunda, polimorfik yapı gösteren dört basit dizi tekrarı (simple sequence repeats, SSR) markör (Ocum-197, Ocum-006, Ocum-023 and Ocum-151) bölgesi, olası SNP'leri bulmak için kullanılmıştır. SNP içerebilecek olan bölgelerin çoğaltılması için primer çiftleri tasarlanmıştır ve bu primer çiftleriyle PZR çoğaltımları gerçekleştirilmiştir ve 1 aday delesyon (deletion) gözlemlenmiştir. Daha sonra bulunan delesyon KASP primerlerine çevrilerek KASP analizi gerçekleştirilmiştir. Delesyon primeri, Del-197, elde edilen allelik ayrım grafiğinde dokuz lokasyondan toplanmış olan örnekleri gruplandırmıştır ve bu gruplandırmaya göre, O. cumana ırklarının değerlendirilmesi için bir bulaştırma işlemi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Del-197 primerinin O. cumana ırkları için ayırıcı bir markör olabileceği kabul edilmiştir ve Trakya bölgesindeki O. cumana ırklarının A, D, H ve I olarak değerlendirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Sunflower (Helianthus annuus L.) as a very important plant with regards to oil and other nutrients, is under a big threat of broomrape (Orobanche cumana Wallr.). O. cumana is a holoparasitic plant for only sunflower, hence it is called as sunflower broomrape. Yield loss created by O. cumana which is generally 50 % can reach to 100 %. In this study, it was planned to perform molecular characterisation of O. cumana germplasm as nine locations of Trakya region obtained from Trakya Agricultural Research Institute by using Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers, widely used in plant breeding programs, in Competitive Allele Specific PCR (KASP) assay which is a fluorescent tagged allele specific PCR method based, economic, reliable and easily repeatable genotyping technology. Databases and literature were scanned to spot variations on O. cumana genome which is not known clearly. So far, four SSR (Simple Sequence Repeat) marker (Ocum-197, Ocum-006, Ocum-023 and Ocum-151) regions showing polymorphic pattern were used for searching possible SNPs. Primer pairs were designed for amplification of the regions possibly having SNPs and PCR amplifications with these primer pairs were performed and 1 candidate deletion was detected on the amplicon which was amplified by Ocum-197 SSR marker. Following, the deletion was converted to KASP primers and KASP assay was performed. The deletion primer, Del-197, has grouped the samples from nine locations in the resulting allelic discrimination plot and infestation was performed according to this grouping, for the evaluation of O. cumana races. As a conclusion, it is considered that Del-197 primer can be a selective marker for O. cumana races and O. cumana races in Trakya region were evaluated as races A, D, H and I.
Benzer Tezler
- Bazı canavar otu popülasyonlarının moleküler belirteçler ile genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of some broomrape populations via molecular markers
TUĞBA ARI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEHİYE BANU BİLGEN
- Ayçiçeği (Helianthus spp) yabani tür ve melezlerinin orobanşa dayanıklılık açısından genetik karakterizasyonu
The genetic characterization of wild sunflower species (Helianthus spp) and interspecific hybrids based on broomrape resistance
HAVVA AKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikTrakya ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YALÇIN KAYA
- Ayçiçeği (Helianthus spp) yabani türlerinin moleküler filogenetik analizi ve genetik karakterizasyonu
Molecular phylogenetic analysis and genetic characterization of wild species of sunflower (Helianthus spp)
SİMGE BAĞCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikTrakya ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YALÇIN KAYA
- Ayçiçeği tohumlarından lipaz enzimi izolasyonu, saflaştırılması ve karakterizasyonu
Characterization and purification of lipase enzyme from sunflower seeds
NİLAY ARABACI
- Ayçiçeğinde kendilenmiş hatların morfolojik ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Characterization of inbred lines with morphological and molecular methods in sunflower
AYŞE NURAN ÇİL