Identifying Pea3 phosphorylation sites specifically regulated by different growth factors
Çeşitli büyüme faktörleri tarafından düzenlenen Pea3 fosforilasyon bölgelerinin belirlenmesi
- Tez No: 472559
- Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Çeşitli genlerde aktivatör veya susturucu gibi düzenleyici rolü olan ETS (E26 transformasyon spesifik) domain transkripsiyon faktörü ailesi; hücresel farklılaşma, proliferasyon ya da gelişim gibi temel durumları etkilemektedir. Dizi homolojilerine göre çeşitli alt gruplara kategorize edilen bu transkripsiyon faktörleri her bir üyesinde ortak pürince zengin DNA bağlanma dizisi çermektedir. ETS transkripsiyon faktörünün bir üyesi olan Pea3 (ETV4/E1AF) transkripsiyon faktörünün sinirsel gelişim esnasında özel büyüme faktörleri tarafından MAPK/ERK yolağı aracılığıyla Serin/Treonin rezidülerinin fosforillenmesi ile düzenlendiği bilinmektedir. Bu tezde temelde, hangi büyüme faktörünün Pea3 üzerindeki hangi fosforlanma bölgelerini düzenlediği sorusuna odaklanılmaktadır. Büyüme faktörü olduğunda veya olmadan Pea3 protein ifadesinde herhangi bir değişim olup olmadığını anlamak için Pea3'nin öngörülen fosforilasyon bölgelerinde yer değiştirme mutasyonu yapıldı. Öncelikle Pea3'nin öngörülen fosforilasyon bölgelerinde serin amino asitleri ya alanin ya da glutamik asite çevrilerek mutasyonlar yapıldı. Mutant Pea3 plasmitleri SH-SY5Y insan nöroblastom hücrelerine transfekte edildikten sonra çeşitli büyüme faktörleri ile indükleme yapıldı. Protein ifade düzeyi yabani tip Pea3 ve diğer mutant Pea3'ler arasında karşılaştırılarak hücre kültürü, immunopresipitasyon, Western Blot Analizi, SDS-PAGE elektroforezi teknikleri yardımı ile gözlemlendi. Pea3 protein ifade düzeyi çalışamalarının yanısıra, Pea3 ve çeşitli promotörler arasındaki regülasyon da luciferase reporter assay tekniği ile araştırıldı. Bu tez çalışması büyüme faktörlerinin Pea3 fosforilasyon bölgeleri üzerinde ne gibi etkisini anlamada ve Pea3'nin fosfarilasyon bölgelerini belirlemede yardımcı olacaktır. Pea3'nin nörit uzamasında rolünün olduğu bilinmektedir ve Pea3 aktivasyonun aydınlatılması nörit uzama prosesinin anlaşılmasında katkıda bulunacaktır. Dolayısıyla da nörorejenerasyon mekanizmasının anlaşılmasına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The ETS (E26-transformation specific) domain transcription factor family that have regulatory roles in numbers of cellular genes as activators or repressors effects fundamental circumstances such as cellular differentiation, proliferation or development etc. These transcription factors categorized into several members as their sequence homologies contain common purine-rich DNA binding sequence in all members. Pea3 (ETV4/E1AF) transcription factor which is one of the ETS family member known to be regulated by specific growth factors through MAPK/ERK pathway by phosphorylation of Serine/Threonine residues during neural development. In the thesis, we fundamentally focused the question of which growth factor regulates which phosphorylation sites on Pea3. Substitutional mutation on putative phosphorylation sites was performed to understand whether these motifs are indeed important in growth factor induced activity of Pea3. Firstly, putative phosphorylation sites of Pea3 were mutated with replacement of amino acids from Serine to Alanine or Glutamic acid. After the transfection of mutant Pea3 plasmids into SH-SY5Y human neuroblastoma cells, various growth factors were applied. The protein expression levels were observed and compared with wild type Pea3 and among themselves by cell culture techniques, immunoprecipitation technique, Western Blot Analysis and SDS-PAGE electrophoresis. Regulation between mutant Pea3 and different promoters was also investigated with luciferase reporter assay as well as Pea3 protein expression studies. This thesis could be provided to help understanding of what kind of effects of growth factors have on Pea3 and to identify Pea3 phosphorylation sites. Pea3 is known to have a role in neurite outgrowth, and the elucidation of Pea3 activation would contribute to understanding of process of neurite outgrowth. Thereby, it would illuminate mechanisms of neuroregeneration.
Benzer Tezler
- JAK2 ve MPL mutasyonu negatif esansiyel trombositoz ve primer myelofibroz hastalarında kalretikülin (CARL) mutasyon durumunun belirlenmesi
Identifying calreticulin mutation status in JAK2 and MPL mutation negative patients with essential thrombocytosis and primary myelofibrosis
ENVER OKAN ÖTE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
GenetikBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN
- Türk yapım şantiyelerindeki israfların ve nedenlerinin tespit edilmesi ve yalın inşaat uygulamalarıyla çözüm önerisi geliştirilmesi
Identifying wastes and causes of wastes in Turkish construction sites and proposing solutions using lean construction methods
ALPER TOKAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELÇİN FİLİZ TAŞ
- Termal turizm işletmelerinde konaklayan müşterilerin medeni durum ve cinsiyet değişkenlerine dayalı olarak memnuniyetlerinin belirlenmesi: Antakya ilçesi oteller örneği
Identi̇fyi̇ng sati̇sfacti̇on of thermal touri̇sm hotels' customers based on gender and mari̇tal status vari̇ables: Sample of Antakya regi̇on hotels
GÜLHAN ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
TurizmÇağ Üniversitesiİşletme Yönetimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EDA YAŞA ÖZELTÜRKAY
- İşletmelerin dış kaynak kullanımını etkileyen faktörlerin yapısal eşitlik modeli yaklaşımı ile belirlenmesi
Identifying the factors which i̇s affecting the outsourcing of enterprises / businesses with structural equation modeling
HİKMET ZEYNEP KARAMAN
- Identifying spatio-molecular distribution of vertebrate Olfactory bulb through SC-RNA sequencing in mouse and zebrafish
Fare ve Zebra Balığı'nda tek hücre RNA dizileme yoluyla omurgalı Olfaktör bulbus'unun moleküler ve bölgesel dağılımının belirlenmesi
ERSİN BERKAY PEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoistatistikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyoistatistik ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN
PROF. DR. EMRE YAKSI