Biological activities of levan-based polymers: In silico approach
Levan bazlı biyopolimerlerin biyolojik aktiviteleri: In silico yaklaşımı
- Tez No: 472611
- Danışmanlar: PROF. DR. SEYDA MALTA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Kimya, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Chemistry, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 191
Özet
Oligo ve polisakkaritler bağışıklık sistemi, dokuların yapışması ve hücresel sinyal iletimi gibi biyolojik mekanizmalarda önemli rol oynarlar. Bu sebeple oldukça önemli çalışmalar, yapı-fonksiyon analizleri ile bu polisakkaritlerin biyolojik aktivite mekanizmalarını aydınlatmaya yönelmiştir. Bu çalışmalarda değişik hücre içi ve hücre dışı biyoaktivite deneylerinin kullanımı, kimyasal yapı ile gözlemlenen biyolojik aktivitede konformasyonun ilişkilendirilmesini önlemektedir. Buna ek olarak, polisakkaritlerin konformasyonlarındaki çeşitlilik ve yapısal çokyapımlılık, polisakkaritleri deneysel ve teorik karakterizasyon çalışmaları için en ilgi duyulan biyopolimer tipi haline getirmiştir. Levan, fruktoz halkalarında β (2→6) bağları bulunan ve doğal ortamda oluşsan β-D-fructofuranoz tipi polimerdir. Gıdada, beslenmede, kozmetikte, ilaç ve kimya endüstrisinde fonksiyonel biyopolimer olarak kullanımı yüksek potansiyele sahip bir homosakkarittir. Polisakkaritlerin 3D yapısal analizindeki günümüz teknolojisinin sınırlı gelişmiş olması yapısal-fonksiyon çalışmalarında bilgisayar metotlarının kullanımını desteklemektedir. Bu çalışmanın amacı, levan bazlı polimerlerin moleküler dinamik simülasyonlarını kullanarak değişik ortamlarda, kondisyonlarda ve potansiyel ilaç taşınım sistemlerinde konformasyonlarını çalışmaktır. Levan zincirinin konformasyonları, dönme yarıçapı (RG) iki uç arasındaki uzaklık (R), bağ uzunluğu, bağ açısı, kiriş uzaklığı, torsiyon açısı, radyal dağılım fonksiyonu ve ortalama mesafe değeri hesaplanarak analiz edilmiştir. Biyopolimerlerin biyolojik aktivitesine etkisi olduğu düşünülerek tek levan zincirinin, çoklu levan zincirinin ve sulfatlanmış levan zincirinin değişik ortam ve sıcaklıklardaki konformasyonları elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Oligo- and polysaccharides play an important role in various biological mechanisms such as immune response, adhesion and signal transduction by covering the surface of most cells. Hence considerable research has been directed on elucidating the biological activity mechanism of these polysaccharides by structure-function analysis. Use of different in vivo and in vitro bioactivity assays in such studies prevents to make generalizations in relating the chemical structure and conformation to the observed biological activity. Moreover, diversity of their conformations and their structural heterogeneity make polysaccharides the most challenging type of biopolymer for experimental and theoretical characterization studies. Levan is a naturally occurring polymer which is composed of β-D-fructofuranose with β (2→6) linkages between fructose rings. It is a homopolysaccharide that has great potential to be used as a functional biopolymer in foods, feeds, cosmetics, and pharmaceutical and chemical industries. Limited success of current technologies in analyzing the 3D structure of polysaccharides promoted the use of computational methods in structure-function studies. The main objective of this work is to study the conformations of levan-based polymers in different media, conditions and potential drug delivery systems by using molecular dynamics (MD) simulations. The conformation of levan chains were analyzed in terms of radius of gyration (Rg), end-to-end distance (R), bond length, bond angle, chord length, torsion angle, radial distribution function and mean square displacement. The conformational difference was obtained between single levan chain, multiple levan chain and sulphated levan in different media and temperatures which may affect the biological activity of biopolymers.
Benzer Tezler
- Bioactivity of levan based surfaces
Levan temelli yüzeylerin biyoaktivitesi
MERVE ERGİNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU TOKSOY ÖNER
- Fabrication of levan-containing fibrous matrices
Levan içeren fibröz matrislerin üretimi
GÜLBEN AVŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU TOKSOY ÖNER
YRD. DOÇ. OĞUZHAN GÜNDÜZ
- Biological activities of levan by Halomonas sp.
Halomonas sp.'den üretile levanın biyolojik aktiviteleri
HANDE KAZAK SARILMIŞER
Doktora
İngilizce
2016
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EBRU TOKSOY ÖNER
- Narda bulunan antosiyaninlerin biyoyararlılığına gıda matrisi ve bileşenlerinin etkisi
Effects of food matrix and food components on bioavailability of anthocyanins in pomegranate
HAFİZENUR ŞENGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DİLARA NİLÜFER ERDİL
- Levant bölgesine ait bazı bitkilerle zenginleştirilen et köftelerinin antioksidan ve antihipertansif özelliklerinin belirlenmesi
Determination of antioxidant and antihypertensive properties of beef burgers enriched with some selected herbs from the levant region
NOUR M.H AWAD
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiErciyes ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULATEF AHHMED