Lncrna Erıcd'nin düzenlenmesinde arıd3a'nın rolü
Role of arid3A in the regulation of LNCRNA Ericd
- Tez No: 473977
- Danışmanlar: PROF. DR. ECİR ALİ ÇAKMAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
ERICD (E2F1-Regulated Inhibitor of Cell Death) yakın zamanda kromozom 8'de bulunmuş uzun kodlanmayan bir RNA'dır. Transkripsiyon faktörü E2F1 tarafından düzenlenmektedir. ARID3A/DRIL1/Bright çeşitli biyolojik süreçlerde görev alan AT Rich Interaction Domain (ARID) DNA bağlanma proteinidir. ARID3A E2F trankripsiyon faktörüne bağlanarak E2F-bağımlı transkripsiyonu aktifleştirir. ERICD üzerinde ARID3A'nın varsayılan bağlanma bölgeleri bulunmaktadır. Bu tez çalışmasındaki hipotezimiz ARID3A ve ERICD'nin, kanserde, biyolojik süreçlerde birbirlerini düzenliyor olabilecekleridir. ARID3A ve ERICD'yi seçmemizin bir diğer sebebi DNA hasarı durumunda gelişen apoptotik süreçte ikisinin karşıt roller üstleniyor oluşudur. ARID3A'nın lncRNA ERICD'nin ifadesini düzenleyip düzenlemediğini araştırmak amacıyla ARID3A ve ERICD'de ifade edilen osteosarkom hücre hattı (U2OS) kullanılmıştır. DNA bağlayıcı protein geni ARID3A ve lncRNA ERICD arasındaki ilişkiyi ortaya koymak amacıyla susturma ve aşırı ifadelendirme deneyleri yapılmıştır. U2OS hücre hatlarında hücre göçü ve koloni oluşum deneyleri de yapılmıştır. ARID3A'nın ve ERICD'nin siRNA aracılığı ile susturulması, U2OS hücrelerinin göçünü ve kolonilerin oluşumunu belirgin bir şekilde baskılamıştır. Diğer bir taraftan, ARID3A'nın aşırı ifade edilmesi U2OS hücrelerinde yara kapanmasında önemli bir tetikleyici olduğunu doğrulamıştır ve U2OS hücrelerinin koloni oluşum kabiliyetini arttırdığı bulunmuştur. Özetle, ARID3A ve ERICD'nin E2F1 aracılığı ile birbirleri ile dolaylı olarak ilişkili olduğu, ARID3A ve lncRNA ERICD'nin osteosarkomda onkogenik işlevlerinin olduğu ortaya konulmuştur. ARID3A ve lncRNA ERICD arasında bulunan ilişki yeni bir bulgudur ve DNA bağlayıcı proteinleri hedefleyen lncRNA'lar hakkındaki önemli bir kilometre taşıdır.
Özet (Çeviri)
ERICD (E2F1-Regulated Inhibitor of Cell Death) is a newly found lncRNA located on chromosome 8. ERICD is regulated by E2F1. ARID3A/DRIL1/Bright is a family member of the AT rich interaction domain (ARID) DNA-binding proteins that are involved in diverse biological processes. ARID3A binds to the E2F transcription factor and activates E2F-dependent transcription. I have found putative binding sites of ARID3A on ERICD. I think that ARID3A and ERICD might be regulated by each other for several biological processes in cancer. The other hypothesis for selecting these two in our study is that both of them have just opposite roles in apoptosis in case of DNA damage indicating a probability of reciprocal interaction between each other. To explore if ARID3A regulates expression of lncRNA ERICD, I took advantage of a human osteosarcoma cell line (U2OS) that each express conditionally active ARID3A and ERICD. Overexpression and knockdown experiments were carried out for ARID3A and knockdown experiment was done for ERICD. Migration assay and colony formation assays were also performed in U2OS. siRNA-mediated knockdown of ARID3A and ERICD inhibited cell migration and reduced the formation of colonies in U2OS cells to a considerable degree. On the other side overexpression of ARID3A confirmed a significant induction in wound closure and increased colony forming ability of U2OS cells. In summary, the obtained data in my thesis suggest that ARID3A and ERICD interact with each other indirectly via E2F1. Moreover, ARID3A and lncRNA ERICD have oncogenic functions in osteosarcoma. The interaction that has been found between ARID3A and lncRNA ERICD is novel and adds a further milestone regarding lncRNAs targeting DNA binding proteins.
Benzer Tezler
- LNCRNA'ların pankreas kanserinin tanı ve prognozundaki önemi
Significance of LNCRNA's in diagnosis and prognosis of pancreatic cancer
NEVİN ORUÇ
Doktora
Türkçe
2019
GastroenterolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA ZUHAL EROĞLU
- LncRNA part1 SNP (RS8176070) polimorfizminin Türkiye'deki diz osteoartritli hasta popülasyonunda DNA sekans analizi ile araştırılması
Investigation of LncRNA part1 SNP (RS8176070) polymorphism in Turkey knee osteoartritis patient population by DNA sequence analysis
İLKAY PİŞKİN
Doktora
Türkçe
2020
Histoloji ve EmbriyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ÇEVİK TUFAN
- Expression levels in various cell lines of naturalantisense transcripts
Farklı hücre hatlarında doğal antisenstranskriptlerin ifade seviyelerinin belirlenmesi
AYSHAN RAFAT YASSIN
Doktora
İngilizce
2019
GenetikGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. Sibel OĞUZKAN BALCI
- Primer glioblastoma tümörlerinde long non coding RNA MALAT1'in prognostik öneminin araştirilmasi
Investigation of the prognostic importance of long non coding RNA MALAT1 in primary glioblastoma tumors
ÖMER GÖKAY ARGADAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN KOCAELİ
- Kodlama yapmayan uzun ve kısa boyutlu RNA'lar ile hastalıklar ve çevresel faktörler arasındaki bağlantıların tahmini
Prediction of associations between diseases and environmental factors of long and short non-coding RNAs
HÜSEYİN VURAL
Doktora
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET KAYA