Expression levels in various cell lines of naturalantisense transcripts
Farklı hücre hatlarında doğal antisenstranskriptlerin ifade seviyelerinin belirlenmesi
- Tez No: 566616
- Danışmanlar: PROF. DR. Sibel OĞUZKAN BALCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Tıbbi Biyoloji, Genetics, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Cancer, HAGLR, LCMT1AS, NAV2AS5, Natural Antisense RNAs. E.mail ( [email protected])
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
(lncRNA) Uzun kodlanmayan RNA'ların en önemli fonksiyonel özelliği RNA susturulması ve mRNA'nın kontrol ve düzenlenmesidir. LncRNA'lar kanserin bir çok safhasında düzenleyici rol oynar.. Antisens lncRNA'lar bir gen boyunca veya genin bir kısmını içerecek şekilde genin tersi yönünde aktivite göstererek o geni düzenler. Çalışmamızda kullanacağımız TSIX antisens lncRNA'sı XIST genine bağlanarak ifadesini düzenlenmektedir bunada lncNAT denilmekte . TSIX yeni bir regülatör molekuludur özelikle kolejen ekspresyon seviyesinin düzenlenmektedir . HAGLR, farklı kanser türlerinde kanserojenez ve metastaz için kritik bir düzenleyicidir. LCMT1, Akt proto-onkogen'in negatif regülatörüdür. böylelikle sonraki çalışmalarla desteklendiği taktirde kanserdeki rolünü anlamamıza yardımcı olacaktır. Çalışmamızda kullanacağımız antisensler; HAGLR, LMCT1, ve NAV2AS5 için henüz yeterli çalışma yapılmamıştır. Ancak literatürdeki bazı veriler kanser gelişimi ile ilişkili olabileceklerini göstermektedir. Bu nedenle çalışmamız sonucunda bu dört antisensin çeşitli kanser ve normal hücre hatında (Beas2B, CRL4010, CRL8798) and kanser (A549, MCF7, MDA-MB-231, CRL2329) hücre hatında ifade seviyelerinin belirlenmesi. İlk aşamada TSIX, HAGLR, LMCT1AS, ve NAV2AS antisens transkriptleri için primer dizaynı yapıldı. Hücre kültürü yöntemi kullanılarak çeşitli kanser ve normal hücre hatları kültüre edildikten sonra RNA izolasyonu yapıldı . İzolasyon sonrası elde edilen RNA'lar normal -PCR metodu ile cDNA'ya çevirilecektir. cDNA'lar kullanılarak tasarlanan primerlerle RT-PCR yapılarak, jel elektroforezinde yürütülerek antisens transkriptlerin çeşitli kanserli ve normal hücrelerdeki ifade seviyeleri nitel olarak belirlendi. Anahtar kelime: Kanser, HAGLR, LCMT1AS, NAV2AS5, Doğal Antisense RNA'ları.
Özet (Çeviri)
lncRNAs (long non-coding RNAs), with various important molecular and cellular functions and natural antisense transcripts (NATs), complementary to protein-coding or non-coding RNA sequences are important regulators of eukaryotic gene expression drew a great attention recent years to uncover their importance for diagnostic, prognostic and therapeutic purposes because of their dysfunctions leads to diseases including cancer.Earlier NATs were described as lncRNAs. This convergence between NAT and lncRNA determination raised confusion and gradually started to be disappeared with the increasing knowledge. Specific pcGen (protein coding Gene) regulation by their corresponding ncNATs (non-coding NATs) has been reported. TSIX is a new regulator of collagen expression which stabilizes the collagen mRNA.HOXD-AS1/ HAGLR is a critical regulator for carcinogenesis and metastasis in different types of cancers. LCMT-1 is a negative regulator of Akt proto-oncogene. Different tissue-specificity of NAV2AS5 wasobserved from human tissue samples. Antisense transcripts that bind to long noncoding RNAs are called lncNATs.Among the potential clinical utilities of lncNATs, are of high interest for cancer treatment, even though the biological significance remains still under scientific investigation with major key questions yet to be elucidated.We hypothesized that lncNATsTSIX, HAGLR, LMCT1AS, and NAV2AS5 might have important roles for several tumorigenic processes. To explore their roles, ATCC normal (Beas2B, CRL4010, CRL8798) and cancer (A549, MCF7, MDA-MB- 231, CRL2329) cell lines were subjected to examine through RNA isolation, cDNA conversion, Semiquantitative (by agarose gel and ImageJ program) and quantitative RT- PCRfor expression analyses. TSIX, HAGLR, LMCT1AS and NAV2AS5 genes have differential expression pattern in both normal and cancer cell lines. The obtained results indicate their importance for biological processes in cancer.
Benzer Tezler
- Meme kanserinde CLDN10'un hücre döngüsü, hücre proliferasyonu ve hücre ölümü üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Examination of the effects of CLDN10 on cell cycle, cell proliferation and cell death in breast cancer
AYTEN KILINÇLI ÇETİN
Doktora
Türkçe
2024
Tıbbi Biyolojiİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF YEŞİLADA
- Rho kinaz ve siklooksijenaz inhibitörleri ile siklofosfamid kombinasyonlarının çeşitli tümör hücre serilerine etkileri
The effects of rho kinase and cyclooxygenase inhibitors and their combinations with cyclophosphamide in various tumor cell lines
EBRU DERİCİ
Doktora
Türkçe
2007
BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. NURCAN ARAS ATEŞ
- Çeşitli hücre hatlarında Silimarinin epigenetik etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of epigenetic effect of Silymarin in various cell lines
YEŞİM KORKMAZ KASAP
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERKAN YURTCU
- Malat1 ve B-MYB genlerin farklı kanser hücre hatlarında gen ekspresyonların ve apoptozisin araştırılması
Investigation of gene expressi̇on and apoptosis in different cancer cell lines of malat1 and B-MYB genes
HASAN DAĞLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN KILINÇ
- Laringeal skuamöz hücreli karsinomlu hastalarda ceRNA düzenleyici yolakta bulunan UCA1/MİR-138/CDK6 ekspresyon seviyelerinin değerlendirilmesi
Evaluation of UCA1/MİR-138/CDK6 expression levels in ceRNA regulatory network in patients with laryngeal squamous cell carcinoma
NESLİHAN CİNKARA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikAtatürk ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM YÜCE KAHRAMAN