Proteinlerin yapısal özelliklerinin ve dinamik davranışlarının veri madenciliği, bilgisayar grafikleri, web teknolojileri kullanılarak analiz edilmesini ve görselleştirilmesini sağlayacak platform bağımsız web-uygulaması geliştirilmesi
Developing platform independent web-application is to analyse and visualize protein's structural qualities and dynamic behaviours by using data mining, computer graphics and web technologies
- Tez No: 474016
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN KAYA, PROF. DR. AHMET ARSLAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Tıbbi Biyoloji, Biotechnology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Biyomoleküllerin dizi-yapı-fonksiyon ilişkisinin anlaşılması; birçok hastalığın moleküler seviyede teşhis ve tedavi edilebilmesi bakımından önemli rol oynamaktadır. Bu nedenle, fonksiyonel olarak aktif ve/veya kararlı protein yapılarının (konformasyonlarının) 3-boyutlu olarak görselleştirilmesini sağlayacak bilgisayar yazılımlarının geliştirilmesi büyük bir ihtiyaçtır. Bu çalışmada, proteinlerin yapısal özelliklerinin bilgisayar grafikleri yardımıyla görsel olarak incelenebilmesi için yeni bir web uygulaması geliştirilmesi amaçlanmıştır. Halen geliştirilmeye çalışılan web uygulaması; platform bağımsız olup, tüm modern web tarayıcıları, bilgisayarlar ve mobil cihazlarla uyumlu olacaktır. Bu amaçla, OpenGL grafik kütüphanesinin bir arabirimi olan WebGL ve dinamik bir programlama dili olan JavaScript kullanılmıştır. JavaScript'in kullanımını hızlandırmak ve kolaylaştırmak amacıyla jQuery ve THREE.js kütüphanelerinden yararlanılmıştır. Web uygulamamızın mevcut versiyonu proteinlerin 3-boyutlu yapısını görselleştirebilmekte ve ihtiva ettikleri amino asitlerin fiziko-kimyasal özellikleri hakkında bilgi sunabilmektedir. Bu web uygulaması tamamlandığında; sağlık ve biyolojik bilimler alanında moleküler seviyede gerçekleştirilen araştırmalarda yapısal ve fonksiyonel analizlerin daha kolay ve daha anlaşılır yapılmasına yardımcı olabilecektir.
Özet (Çeviri)
Understanding the relationship between sequence-structure-function of biomolecules plays a major role in diagnosing and treating many diseases at the molecular level. For this reason, there is a huge demand for developing computer softwares, which provides three-dimensional visualization of functionally active and/or stable protein structures. In this study, it was aimed to develop a new web application with the help of computer graphics for visually examining the structural properties of proteins. The web application, which is still under development, is a platform independent application and, therefore, will be compatible with all modern web browsers, computers, and mobile devices. For this purpose, WebGL, an interface of the OpenGL graphics library, and a dynamic programming language, JavaScript, are used. The jQuery and THREE.js libraries have also been benefited to speed up and simplify the use of JavaScript. The current version of our web application is capable of visualizing three-dimensional structure of proteins and provides the information about the physicochemical properties of the amino acids in that protein. When this web application is completed; it may help to make structural and functional analyses much easier and more understandable in researches conducted at the molecular level in the field of health and biological sciences.
Benzer Tezler
- Native state dynamics and recognition/bending processes in globular proteins
Globüler proteinlerde doğal hal dinamiği ve tanıma/bağlanma süreçleri
NEŞE KURT
- Bir boyutlu sıkıştırılmış silindirik nano geometrilerin, polipeptitlerin yapı ve dinamikleri üzerindeki etkileri
Effects of one dimentional confined cylindrical nanogeometries on structure and dynamics of polypeptides
EYLÜL TUNCEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
KimyaTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE DURAN
- Molecular dynamics investigation of the effects of F318L mutation on yeast Hog1 protein
F318L mutasyonunun maya Hog1 proteini üzerindeki etkilerinin moleküler dinamik araştırması
ALTUĞ ULUDAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT BALTA
- Poliüretan hidrojellerin plazmayla yüzey modifikasyonu ve protein adsorpsiyonu
Plasma surface modification and protein adsorption of polyurethane hydrogels
CANSU ÇITAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. F.SENİHA GÜNER
- Molecular modeling of Bcl-xL post-translational modifications and of keteniminium salts
Bcl-xL post-translasyonel modifikasyonlarının ve keteniminyum tuzlarının moleküler modellenmesi
GAMZE TANRIVER