Investigation of motor neuron diseases by wes: genetic dissection of a Turkish ALS cohort
Tüm ekzom dizileme ile motor nöron hastalıklarının analizi: Türk ALS kohortunun genetik incelenmesi
- Tez No: 474333
- Danışmanlar: PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU, PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
En yaygın motor nöron hastalığı olan amiyotrofik lateral skleroz (ALS), motor korteks, beyin sapı ve omurilikteki motor nöronların dejenerasyonunun yol açtığı kas zayıflığı ve atrofi ile karakterize edilir. Geleneksel gen bulma yöntemleri ve ilişkilendirme çalışmaları ALS fenotipine yol açan birçok genetik varyasyonunun tanımlanmasında etkili olmuştur. Günümüzde, tüm ekzom dizilemedeki hızlı gelişmeler ile, genom üzerinde protein kodlayan bölgelerin düşük maliyetle ve kısa sürede dizilenmesi mümkün olmuş, bu yolla ALS de dahil olmak üzere hastalık genetiği araştırmaları yeni bir boyut kazanmış ve ALS'de bugün Mendel türü kalıtım gösteren 40'dan fazla mutasyonun tanımlanmasını sağlamıştır. Buna rağmen, hastalığın karmaşık genetik altyapısı nedeniyle olguların büyük bir kısmı genetik olarak hala açıklanamamıştır. Bu tez çerçevesinde, ALS ve diğer motor nöron hastalarından oluşan 57 kişilik bir kohortta ekzom dizileme uygulanarak hastalık nedeni olabilecek varyasyonlar incelendi. Ham veriden başlayarak aday varyasyon listesi ile sonuçlanan biyoinformatik analizlerin bütünü laboratuvarımızda gerçekleştirildi. Resesif geçişli olgularda homozigotluk haritalaması da uygulandı. Bunların sonucunda, 19 birbirinden farklı gende tanımlanan mutasyonlar 20 ailedeki hastalığın genetik nedeni olarak tanımlandı. Olguların bazılarında gösterilen beyinde demir birikimi ya da distal spinal müsküler atrofiye neden olduğu bilinen genlerdeki değişimler, hastaların öncül ve ayırıcı tanılarında olası uyuşmazlıkların olabileceğine işaret etmektedir. Bu bulgular; (i) Fenotiplerindeki örtüşmeler dolayısıyla ALS ve diğer motor nöron hastalıklarının kompleks ve heterojen doğalarını ve (ii) tüm ekzom dizilemenin nadir hastalıkların genetiği ve ayırıcı tanısındakı etkin başarısını anlamamıza yardımcı olmuştur.
Özet (Çeviri)
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS), the most common motor neuron disease, is characterized by muscle weakness and atrophy due to the degeneration of motor neurons in the motor cortex, brain stem and spinal cord. Both conventional gene discovery methods and association studies helped identify the genetic variants causing several ALS phenotypes. Recently, with the advent of whole exome sequencing (WES), it became possible to sequence the coding regions of the genome for a low cost and in a short time, changing the landscape of genetic disease research, including ALS. Thus, there are more than 40 genes with Mendelian inheritance identified in ALS. However, a significant portion of ALS cases is still genetically unexplained due to the complex genetic background of the disease. In this study, WES was applied to investigate disease-causing variants in a cohort of 57 cases with ALS or other motor neuron diseases. In silico workflow was performed in our laboratory from the raw sequencing data to the final candidate variant lists. Homozygosity mapping was applied to recessively inherited pedigrees. Mutations in 19 distinct genes were identified as the genetic cause in 20 families. Identification of genes causing distal spinal muscular atrophy and neurodegeneration with brain iron accumulation in some cases, suggested controversies between the initial and the final diagnosis of the patients. These findings allowed us to draw two main facts: (i) the complex and heterogeneous nature of ALS and other motor-neuron diseases due to phenotypic overlaps, and (ii) the great success of WES as a current trend in rare disease genetics and differential diagnosis.
Benzer Tezler
- Herediter spastik paraparezi tanısı alan hastalarda genetik etiyolojinin araştırılması
Investigation of genetic etiology in patients with hereditary spastic paraparesis
MEHMET BUĞRAHAN DÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Genetikİstanbul ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SEVEN
- SMN1 gen delesyonu dışlanmış spinal musküler atrofi ön tanılı çocuklarda etiyolojinin tüm ekzom dizi analizi verilerine dayanarak retrospektif olarak araştırılması
Investigation of the etiology in the children with a presumptive diagnosis of spinal muscular atrophy, whose SMN1 gene deletion was excluded, based on the retrospective data from whole exome sequence analysis
ABDULLAH SEZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA TUĞ
PROF. DR. MEHMET ALİ ERGÜN
- Investigation of the potential of post-translational modifications as biomarkers and therapeutic targets for amyotrophic lateral sclerosis disease
Amiyotrofik lateral skleroz hastalığı için translasyon sonrası modifikasyonların biyobelirteç potansiyelinin ve terapötik hedeflerinin incelenmesi
MELİS KALKAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
- Smn eksikliğinde rho-ilişkili protein kinazın (Rock) mikrotübül stabilitesi üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of rho-associated protein kinase (Rock) on microtubule stability in smn deficiency
DUDU GÜMÜŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GAMZE BORA
- Kauçuk el yanılsamasının ayna nöron aktivitesi üzerine etkisinin elektrofizyolojik olarak incelenmesi
Electrophysiological investigation of the effect of rubber hand illusion on mirror neuron activity
HATİCE ESRA YAVUZER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonGazi ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT ZİNNUROĞLU
PROF. DR. BÜLENT CENGİZ