Geri Dön

Investigation of motor neuron diseases by wes: genetic dissection of a Turkish ALS cohort

Tüm ekzom dizileme ile motor nöron hastalıklarının analizi: Türk ALS kohortunun genetik incelenmesi

  1. Tez No: 474333
  2. Yazar: FULYA AKÇİMEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU, PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 136

Özet

En yaygın motor nöron hastalığı olan amiyotrofik lateral skleroz (ALS), motor korteks, beyin sapı ve omurilikteki motor nöronların dejenerasyonunun yol açtığı kas zayıflığı ve atrofi ile karakterize edilir. Geleneksel gen bulma yöntemleri ve ilişkilendirme çalışmaları ALS fenotipine yol açan birçok genetik varyasyonunun tanımlanmasında etkili olmuştur. Günümüzde, tüm ekzom dizilemedeki hızlı gelişmeler ile, genom üzerinde protein kodlayan bölgelerin düşük maliyetle ve kısa sürede dizilenmesi mümkün olmuş, bu yolla ALS de dahil olmak üzere hastalık genetiği araştırmaları yeni bir boyut kazanmış ve ALS'de bugün Mendel türü kalıtım gösteren 40'dan fazla mutasyonun tanımlanmasını sağlamıştır. Buna rağmen, hastalığın karmaşık genetik altyapısı nedeniyle olguların büyük bir kısmı genetik olarak hala açıklanamamıştır. Bu tez çerçevesinde, ALS ve diğer motor nöron hastalarından oluşan 57 kişilik bir kohortta ekzom dizileme uygulanarak hastalık nedeni olabilecek varyasyonlar incelendi. Ham veriden başlayarak aday varyasyon listesi ile sonuçlanan biyoinformatik analizlerin bütünü laboratuvarımızda gerçekleştirildi. Resesif geçişli olgularda homozigotluk haritalaması da uygulandı. Bunların sonucunda, 19 birbirinden farklı gende tanımlanan mutasyonlar 20 ailedeki hastalığın genetik nedeni olarak tanımlandı. Olguların bazılarında gösterilen beyinde demir birikimi ya da distal spinal müsküler atrofiye neden olduğu bilinen genlerdeki değişimler, hastaların öncül ve ayırıcı tanılarında olası uyuşmazlıkların olabileceğine işaret etmektedir. Bu bulgular; (i) Fenotiplerindeki örtüşmeler dolayısıyla ALS ve diğer motor nöron hastalıklarının kompleks ve heterojen doğalarını ve (ii) tüm ekzom dizilemenin nadir hastalıkların genetiği ve ayırıcı tanısındakı etkin başarısını anlamamıza yardımcı olmuştur.

Özet (Çeviri)

Amyotrophic lateral sclerosis (ALS), the most common motor neuron disease, is characterized by muscle weakness and atrophy due to the degeneration of motor neurons in the motor cortex, brain stem and spinal cord. Both conventional gene discovery methods and association studies helped identify the genetic variants causing several ALS phenotypes. Recently, with the advent of whole exome sequencing (WES), it became possible to sequence the coding regions of the genome for a low cost and in a short time, changing the landscape of genetic disease research, including ALS. Thus, there are more than 40 genes with Mendelian inheritance identified in ALS. However, a significant portion of ALS cases is still genetically unexplained due to the complex genetic background of the disease. In this study, WES was applied to investigate disease-causing variants in a cohort of 57 cases with ALS or other motor neuron diseases. In silico workflow was performed in our laboratory from the raw sequencing data to the final candidate variant lists. Homozygosity mapping was applied to recessively inherited pedigrees. Mutations in 19 distinct genes were identified as the genetic cause in 20 families. Identification of genes causing distal spinal muscular atrophy and neurodegeneration with brain iron accumulation in some cases, suggested controversies between the initial and the final diagnosis of the patients. These findings allowed us to draw two main facts: (i) the complex and heterogeneous nature of ALS and other motor-neuron diseases due to phenotypic overlaps, and (ii) the great success of WES as a current trend in rare disease genetics and differential diagnosis.

Benzer Tezler

  1. Herediter spastik paraparezi tanısı alan hastalarda genetik etiyolojinin araştırılması

    Investigation of genetic etiology in patients with hereditary spastic paraparesis

    MEHMET BUĞRAHAN DÜZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SEVEN

  2. SMN1 gen delesyonu dışlanmış spinal musküler atrofi ön tanılı çocuklarda etiyolojinin tüm ekzom dizi analizi verilerine dayanarak retrospektif olarak araştırılması

    Investigation of the etiology in the children with a presumptive diagnosis of spinal muscular atrophy, whose SMN1 gene deletion was excluded, based on the retrospective data from whole exome sequence analysis

    ABDULLAH SEZER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikGazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA TUĞ

    PROF. DR. MEHMET ALİ ERGÜN

  3. Investigation of the potential of post-translational modifications as biomarkers and therapeutic targets for amyotrophic lateral sclerosis disease

    Amiyotrofik lateral skleroz hastalığı için translasyon sonrası modifikasyonların biyobelirteç potansiyelinin ve terapötik hedeflerinin incelenmesi

    MELİS KALKAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN

  4. Smn eksikliğinde rho-ilişkili protein kinazın (Rock) mikrotübül stabilitesi üzerine etkisinin araştırılması

    Investigation of the effect of rho-associated protein kinase (Rock) on microtubule stability in smn deficiency

    DUDU GÜMÜŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GAMZE BORA

  5. Kauçuk el yanılsamasının ayna nöron aktivitesi üzerine etkisinin elektrofizyolojik olarak incelenmesi

    Electrophysiological investigation of the effect of rubber hand illusion on mirror neuron activity

    HATİCE ESRA YAVUZER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonGazi Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT ZİNNUROĞLU

    PROF. DR. BÜLENT CENGİZ