Geri Dön

GJB1 mutation screening and in vitro investigation of its upstream mutations

GJB1 mutasyon taraması ve promotör mutasyonlarının gen anlatımına etkilerinin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 474332
  2. Yazar: OĞUZ ARI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Charcot-Marie-Tooth Tip 1X (CMTX1), CMT hastalığının X kromozomuna bağlı seyreden tipidir ve gap junction protein 1 (GJB1) gen mutasyonlarından kaynaklanır. GJB1 geni tüm CMT tipleri içinde, PMP22 gen duplikasyonundan sonra, en sık mutasyon görülen ikinci gendir ve hastaların %10'unu kapsar. Bugüne kadar yaklaşık 400 farklı GJB1 gen mutasyonu tanımlanmıştır. Gende yanlış anlam ve anlamsız mutasyonlar, küçük delesyon ve insersiyonlar olabileceği gibi tüm genin silindiği hastalar da belirlenmiştir. Genin 5' ucundaki promotör bölgesinde ise çok az sayıda mutasyon tanımlanmıştır; protein dizisine etki etmeseler de genin anlatım düzeyini düşürerek işlev kaybına neden oldukları savlanmaktadır. Önceki yıllarda, laboratuvarımızda iki yeni promotör mutasyonu (c.-541A>G ve c.-528T>C) belirlenmiştir. Bu çalışmada ise, toplumumuz CMT hastaları arasından seçilen 50 hastada yeni mutasyonların belirlenmesi amacıyla GJB1 geni tarandı ve üçü 5' düzenleyici bölgede toplam sekiz farklı varyant saptandı. Bunlardan, üçü daha önce rapor edilmemiş yeni mutasyonlardır. İkinci bölümde, laboratuvarımızda tanımlanan dört düzenleyici bölge varyantının gen anlatımına etkileri lusiferaz raportör geni aracılığıyla araştırıldı. Bu analizde varyant (c.-18A>G, c.-541A>G, c.-528T>C ve c.-713G>A) içeren promotör dizileri altında lüsirefaz geni içeren plazmidler HEK293T hücrelerine aktarılarak lüsiferaz gen anlatımı sağlandı. Promotör bölgesinde yer aldığı bilinen c.-541A>G ve c.-528T> C varyantlarının, lüsiferaz anlatımında anlamlı düşüşe neden oldukları gösterilerek CMT fenotipinden sorumlu olabilecekleri gösterildi. Aynı zamanda, c.-18A>G varyantının da gen anlatımında azalmaya neden olduğu belirlendi. Söz konusu varyant genin kırpılma bölgesinde bulunduğundan bozuk protein üretiminden sorumlu olabileceği öngörülmektedir. Son olarak, c.-713G>A varyantının, literatürle uyumlu olarak, gen anlatımı üzerinde bir etkiye neden olmadığı gösterildi. Bu çalışma ile CMTX1 moleküler tanısına katkıda bulunulmuş, CMT hastalarında yaygın bir varyant tanımlanmış ve üç yeni promotör varyantının GJB1 anlatımını düşürdüğü gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

Charcot-Marie-Tooth Type 1X (CMTX1) is the X chromosome linked form of the disease and caused by mutations in the gap junction protein 1 (GJB1) gene. This gene is the second most commonly mutated gene in all CMT forms after PMP22 gene duplication and covers 10% of all CMT cases. More than 400 different mutations have been identified in all regions of this gene, up to date. All types of mutations such as missense, nonsense, splice site mutations, small insertions, deletions leading to formation of truncated protein were reported and some rare patients have whole gene deletions. Variants in 5' promoter region were reported in a few patients. These variants are expected to reduce the gene expression level and cause loss of function. In previous years, two novel upstream mutations (c.-541A> G and c.-528T> C) were identified in our lab. In this study, we screened 50 patients from our Turkish CMT cohort for GJB1 mutations using PCR and direct sequencing strategy. Eight different variants were identified in GJB1 including three 5' UTR variants. Among them, two coding region and one upstream variants were novel mutations. In the second part, we investigated the effects of 5' mutations that were identified in our lab, using luciferase reporter gene assay by expressing these GJB1 upstream variants (c.-18A>G, c.-541A> G, c.-528T> C and c.-713G>A) in HEK293T cells. The c.-541A> G and c.-528T> C mutations are located inside the promoter of GJB1 gene and caused significant reduction in gene expression level providing evidence for the loss of function effect of these variants. The c.-18A>G variant was also shown to cause a slight decrease in gene expression. It is located in a splice site of the gene and possibly responsible for abnormal protein production. Lastly, c.-713G>A which was previously reported as a polymorphism caused no significant effect on luciferase expression. This study contributed to molecular diagnosis of CMTX1, described a common upstream variant in our CMT population, and demonstrated reduced gene expression effect for three novel upstream variants.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    338921

    Evaluation of exome sequencing data & mutation screening in GDAP1, GJB1, MPZ, NDRG1 VE PMP22 genes in Turkish CMT patients

    Türk CMT ailelerinde ekzom dizileme verilerinin değerlendirilmesi ve GDAP1, GJB1, MPZ, NDRG1 VE PMP22 genlerinde mutasyon taraması

    MERVE SIVACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU

  2. Tez No

    325511

    Mutation, exome sequencing and linkage analyses in Turkish CMT families

    Türk CMT ailelerinde mutasyon, ekzom dizileme ve bağlantı analizleri

    ALPEREN ERDOĞAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. ESRA BATTALOĞLU

  3. Tez No

    246256

    X-linked Charcot-Marie-Tooth neuropathy: Mutation and haplotype analyses

    X?e bağlı kalıtım gösteren Charcot-Marie-Tooth hastalarında mutasyon ve haplotip analizi

    İREM AKAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. ESRA BATTALOĞLU

  4. Tez No

    129431

    Charcot-Marie-Tooth disease: A molecular genetic approach

    Charcot-Marie-Tooth hastalığı: Moleküler genetik bir yaklaşım

    NİSRİNE BİSSAR TADMOURİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2003

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ESRA BATTALOĞLU

  5. Tez No

    366165

    Şanlıurfa ilindeki sensorinöral işitme kayıplı çocuk hastaların etyolojik ve epidemiyolojik degerlendirilmesi

    Etiological and epidemiological assessment of pediatric patients with sensorineural hearing loss in the province of Şanliurfa

    MEHMET ALİ ÇİFTÇİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Kulak Burun ve BoğazHarran Üniversitesi

    Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü

    DOÇ. DR. İSMAİL İYNEN

Geri Dön