Different types of modellings and the inference of model parameters for complex biological systems
Karmaşık biyolojik sistemler için farklı türlerde modellemeler ve model parametrelerinin çıkarımı
- Tez No: 474858
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, İstatistik, Genetics, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
Bir sistem olu¸sturan boolean, adi diferansiyel denklemler ve stokastik modellemeler gibi bir dizi reaksiyon matematiksel olarak farklı yollarla modellenebilir. Bunların arasında rasgele sistemde, reaksiyonlardaki bilinen molekül sayısına dayanan stokastik yakla¸sımla dikkate alınır ve sistemin kararlı durum ko¸sulu altında davranı¸sını göz önüne alırsak, modelleme adi diferansiyel denklem gibi deterministik yöntemlerle yapılabilir. Bu tezde, sistemin kararlı durum davranı¸sını tanımlamak için modellenen gerçekçi karma¸sık bir biyokimyasal sistemin model parametrelerini tahmin etmeyi amaçlıyoruz. Alternatifler arasında, bu sınıfta iyi bilinen olasılık modellerinden biri olan Gauss grafiksel modellerini (GGM) uygulamaktayız. Burada ba¸slangıçta, parametrik olmayan da˘gılımda GGM'e alternatif bir yakla¸sım geli¸stiriyoruz ve bu amaçla LMARS yöntemini öneriyoruz. Ardından, bu modellerin performansını artırmak için ham veriler için Bernstein polinomları adı verilen bir normalizasyon adımını öneriyoruz. Son olarak, parametrik sınıfta ba¸ska bir GGM alternatifi öneriyoruz ve model parametresini MMLE olarak adlandırılan yeni bir tahmin yöntemi ile tahminliyoruz. Tüm bulguları simüle edilmi¸s ve gerçek verilerle de˘gerlendirip, sistemin hesaplama zamanı yanısıra do˘gruluklarınıda hesaplıyoruz.
Özet (Çeviri)
A reaction set that form a system can be modeled mathematically in different ways such as boolean, ordinary differential equations and stochastic modellings. Among them the random system is merely taken into account by the stochastic approach that is based on the known number of molecules in the reactions and if we consider the behaviour of the system under steady state condition, the modelling can be done via deterministic methods such as the ordinary differential equation. In this thesis, firstly, we aim to estimate the model parameters of a realistically complex biochemical system that is modelled to describe the steady state behaviour of the system. Among alternatives, we implement the Gaussian graphical models (GGM) which is one of the well known probabilistic model in this class. Here initially we develope an alternative approach of GGM in nonparametric distribution. For this purpose, we suggest LMARS (lasso-type multivariate adaptive regression spline) method. Then, we propose a normalization step called Bernstein polynomials for raw data to improve the performance of these models. Finally we suggest another alternative of GGM in parametric class and infer the model parameter via a novel estimation method, called the MMLE (modified maximum likelihood estimator). We evaluate all over findings with simulated and real data compute their accuracies as well as computational time behaviour of the system.
Benzer Tezler
- Disk keskilere ait kesme kuvveti tahmini için bir bulanık mantık modeli
A fuzzy logic model to estimate cutting force of the CCS disc cutter
ALİ CAN KÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Maden Mühendisliği ve Madencilikİstanbul Teknik ÜniversitesiMaden Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMÜR ACAROĞLU ERGÜN
- Demiryolu ağında trafik sayımlarından O-D matrisi tahmini
Başlık çevirisi yok
ZEYNEP AĞCI
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUlaştırma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK GERÇEK
- Bulanık mantık kontrolör ile klasık PID kontrolör algoritmalarının karşılaştırılması
Comparative study of PID controllers and fuzzy logic controllers
ÇİĞDEM ERGÜVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. İBRAHİM EKSİN
- Kesikli seçim modelleri ve istanbuldaki deniz yolcuları için araba sahipliği modeli
A survey of discrete choice models and carownership behaviour of the commuters across the bosphorus on the ferries and the seabuses in Istanbul
MAHMUT KAYA
- Esnek hesaplama yöntemlerinin jeodezide uygulamaları
Applications of soft computing methods in geodesy
ORHAN AKYILMAZ
Doktora
Türkçe
2005
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Fotogrametri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. TEVFİK AYAN