Karşılaştırmalı proteomiks ve biyoinformatik analizler ile küçük hücreli olmayan akciğer kanserlerinde protein biyomarkırların belirlenmesi
The investigation of protein biomarkers of tissue from non-small cell lung cancer patients by comparative proteomics and bioinformatics analysis
- Tez No: 477852
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ÖZASLAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Moleküler Tıp, Onkoloji, Tıbbi Biyoloji, Molecular Medicine, Oncology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, karşılaştırmalı proteomiks, kütle spektrometresi, küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHDAK), 2DE, Bioinformatics, comparative proteomics, mass spectrometry, non-small cell lung cancer (NSCLC), 2DE
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 201
Özet
Akciğer kanseri (AK), kanser kaynaklı ölümlerin en sık nedenleri arasında yer almakta olup, dünya genelinde görülme sıklığı giderek artmaktadır. AK vakalarının yaklaşık %83'ünü meydana getiren KHDAK, klinik olarak farklı histolojik alt gruplardan meydana gelmektedir. Bu çalışmada, jel temelli karşılaştırmalı proteomiks analizler ile KHDAK tümörlü doku ile tümörün yakınındaki tümörlü olmayan doku örnekleri arasındaki proteom seviye farklılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Ayrıca, biyoinformatik analiz yöntemlerinden PANTHER ile proteinler sınıflandırılmış, STRING ile protein – protein etkileşimleri gösterilmiş ve IPA network sistemi ile konanikal yolak analizleri yapılmıştır. Proteomiks olarak elde edilen veriler, western blot analizi kullanılarak doğrulanmıştır. MALDI-TOF/TOF kütle spektrometresi ile total olarak 40 tane protein spotu belirlenmiş olup, 33 protein spotu her iki doku grubu arasında farklı ekspresyon seviyesine sahip olarak tanımlanmıştır. Bu proteinlerden, 27 tanesi KHDAK tümörlü doku grubunda fazla ekspresyon seviyesine sahip iken, 6 tanesi ise düşük ekspresyon seviyesine sahip olarak belirlenmiştir. Farklı ekspresyon seviyesine sahip GDIR1, GDIR2, PARK7, CAPG ve PRDX proteinleri, KHDAK'leri için belirleyici olarak bulunmuştur. Bulgular, KHDAK tümörlü ve tümörlü olmayan dokular arasında proteom farklılıkları olduğunu göstermiştir. Farklı biyoinformatik araçlar ile kombineli olarak bu çalışmanın sonuçları; bazı proteinlerin ekspresyon seviyelerinin, KHDAK'lerinde hastalık ile ilişkili değişiklikler ile bağlantılı olabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Lung cancer is one of the most common causes of cancer-related mortality, and its incidence is steadily increasing in worldwide. NSCLC represents approximately 83% of lung cancer cases, and includes a range of different clinical histological lung cancer subtypes. Aim of this study was to identify proteome level differences between NSCLC tumor and tumor-adjacent non-tumor tissue samples using gel-based comparative proteomics. Additionally, proteins were classified using PANTHER, protein-protein interactions were mapped by STRING, and the top canonical pathway was identified using an IPA network system. Western blot analysis was used for the validation of the proteomics findings. A total of 40 protein spots were successfully identified by MALDI-TOF/TOF, where 33 proteins were found differentially expressed. Of these, 27 proteins were up-regulated and 6 proteins were down-regulated in NSCLC tumor tissues. Differential expression of GDIR1, GDIR2, PARK7, CAPG, and PRDX was found to be distinctive for NSCLC. These findings showed that proteome level differences between NSCLC tumor and non-tumor tissue samples. Results of this study indicated that the expression levels of some proteins may be linked to disease-associated changes in NSCLC through combination with different bioinformatics tools.
Benzer Tezler
- İdiyopatik epiretinal membranı olan hastaların vitreus örneklerinin proteomiks yöntemi ile değerlendirilmesi
In patients with idiopathic epiretinal membrane, vitreous samples of patients with proteomics method
FATMA SÜMER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Göz HastalıklarıKocaeli ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL LEVENT KARABAŞ
- Kronik lenfositik lösemi B hücreleri ve normal B hücrelerinin karşilaştirmali proteomik analizi ile yeni biyobelirteçlerin belirlenmesi
Determination of new biomarkers by comparative proteomic analysis of chronic lymphocytic leukemia B cells and normal B cells
AYŞE CANER
- In silico karşılaştırmalı analizler için açık kaynaklı proteomiks platformu
An open source proteomics platform for in silico comparative analysis
ERDEM TÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBilişim Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ ETHEM SÜZEK
- Renal AA amiloidoz hastalığının karşılaştırmalı idrar proteomik ve metabolomik analizi ve klinopatolojik özellikler ile korelasyonu
Comparative urine proteomics and metabolomic analysis of renal AA amyloidosis and correlation with clinopathologic scores
DENİZ ARAL ÖZBEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
NefrolojiHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT ALTUN
- İdiyopatik granülomatöz lobüler mastit hastalığının proteomik yaklaşımlarla incelenmesi
Investigation of idiopatic granulomatous lobular mastitis disease with proteomic approaches
MERVE GÜLSEN BAL ALBAYRAK
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜRLER AKPINAR